Geri Dön

Polikistik böbrek hastalığının moleküler yöntemlerle araştırılması

Investigation of polycystic kidney disease by molecular methods

PDF İndir

  1. Tez No: 858383
  2. Yazar: ÖZGE SARICA YILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. NURAY ALTINTAŞ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Nefroloji, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Nephrology, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Manisa Celal Bayar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 191

Özet

Amaç: Dünya çapında milyonlarca kişiyi etkileyen ve son dönem böbrek yetmezliği (SDBY)' nin en yaygın nedeni olarak bilinen polikistik böbrek hastalığı (PBH) klinik ve genetik olarak heterojen bir gruptur. Tek gen mutasyonlarının neden olduğu, yaşamı tehdit eden en yaygın genetik bozukluklardan biri olan PBH, otozomal dominant (ODPBH) ve otozomal resesif (ORPBH) olarak kalıtım göstermektedir. ODPBH çoğunlukla Polycystic Kidney Disease 1 (PKD1) ve Polycystic Kidney Disease 2 (PKD2) genindeki mutasyonlardan, ORPBH ise çoğunlukla Polycystic Kidney and Hepatic Disease 1 (PKHD1) genindeki mutasyonlardan kaynaklanmaktadır. PBH' da genetik araştırmalar ile hastalığın kesin tanısı konabilmekte, hastalığın prognozu öngörülebilmekte, tedaviye uygun hastalar seçilip tedavi yöntemi belirlenebilmekte, aile planlaması için genetik danışmanlık verilebilmekte ve böbrek transplantasyonu seçeneklerinde rehberlik edebilmektedir. Kalıtsal böbrek hastalıklarında 100' den fazla genin aydınlatıldığı Next Generation Sequencing (NGS) teknolojisinin gen hedefli analiz yöntemleri ile daha kısa zamanda, daha güvenilir sonuçlar alınabilmektedir. Çalışmamızda PBH' na sahip hastalarda, NGS yöntemi ile PKD1, PKD2 ve PKHD1 genlerindeki mutasyonların araştırılması, fenotip-genotip ilişkisinin karşılaştırılması, elde edilebilecek yeni mutasyonların literatüre katkı sağlaması, hastalığa özgü biyobelirteç olarak kullanılabilmesi ile erken tanı ve tedaviye yardımcı olması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Çalışma grubuna dahil olan 31 hastanın pedigrileri çizilip kalıtım tipleri belirlenerek, klinik verileri ve kan örnekleri toplandı. DNA izolasyonu yapılıp, saflıkları değerlendirilen örnekler, kütüphane hazırlığı ve hedef zenginleştirme işlemleri tamamlandıktan sonra, NGS cihazına yüklendi ve çalışma başlatıldı. Sonuçların biyoinformatik analizi veri tabanları kullanılarak gerçekleştirildi. Elde edilen sonuçların fenotip-genotip ilişkisi değerlendirildi. Bulgular: NGS verilerinin analizi sonucunda, PKD1 geninde saptanan toplam 85 varyantın; % 3,53' ü Patojenik (P), % 5,88' i Muhtemel Patojenik (LP), % 24,71' i Klinik Önemi Bilinmeyen (VUS), % 51,76' sı Benign (B), % 14, 12' si Muhtemel Benign (LB) olarak değerlendirildi. PKD1 geninde saptanan“P”ve“LP”varyantların, % 62,50' si,“VUS”varyantların % 23,81' i“Novel”varyantlar olarak değerlendirildi. PKD2 geninde saptanan toplam 10 varyantın; % 20' si“P”, % 10' u“VUS”, % 50' si“B”, % 20' si“LB”olarak değerlendirildi. PKDH1 geninde saptanan toplam 56 varyantın, % 1,79' u“LP”, % 30,36' sı“VUS”, % 67,86' sı“B”olarak değerlendirildi. PKHD1 geninde saptanan tek“LP”varyant“Novel”ve“VUS”varyantların % 29,41' i“Novel”varyantlar olarak değerlendirildi. Genlerde saptanan varyantlar hastaların klinik verileriyle birlikte değerlendirildiğinde, fenotip-genotip ilişkileri uyumlu olarak bulundu. Sonuç: Çalışmamızda elde edilen verilerin, PBH' da tanı, prognoz ve potansiyel terapötik müdahalelere odaklanan gelecekteki araştırmalara katkı sağlaması hedeflendi. Sonuçlarımız, PBH' nın altında yatan genetik faktörlerin daha derinlemesine anlaşılmasına, hastalığa özgü biyobelirteç olarak kullanılabilmesi ile erken tanı ve tedaviye katkıda bulunabilecektir. Ege bölgesi Manisa ve yöresinde ilk kez elde edilen orijinal sonuçlarımız ve“Novel”olarak değerlendirilen varyantlar veri tabanlarında yer alarak bu konuda çalışacak araştırmacılara referans olabilecektir.

Özet (Çeviri)

Aim: Polycystic kidney disease (PKD), which affects millions of people worldwide and is known as the most common cause of end-stage renal disease (ESRD), is a clinically and genetically heterogeneous group. PKD, one of the most common life-threatening genetic disorders caused by single gene mutations, inherited as autosomal dominant (ADPKD) and autosomal recessive (ARPKD). ADPKD is mostly caused by mutations in the Polycystic Kidney Disease 1 (PKD1) and Polycystic Kidney Disease 2 (PKD2) genes, while ARPKD is mostly caused by mutations in the Polycystic Kidney and Hepatic Disease 1 (PKHD1) gene. With genetic research in PKD, a definitive diagnosis of the disease can be made, the prognosis of the disease can be predicted, patients suitable for treatment can be selected and the treatment method can be determined, genetic counseling can be given for family planning and can be guidance in kidney transplant options. More reliable results can be obtained in a shorter time by the gene-targeted analysis methods of Next Generation Sequencing (NGS) technology, in which more than hundred genes are elucidated in hereditary kidney diseases. In our study, it was aimed to investigate mutations in the PKD1, PKD2 and PKHD1 genes in patients with PKD using the NGS method, to compare the phenotype-genotype relationship, to contribute to the literature of the new mutations that can be obtained, and to help early diagnosis and treatment by using them as disease-specific biomarkers. Materials and Methods: The pedigrees of thirty one patients included in the study group were drawn, their inheritance types were determined, and their clinical data and blood samples were collected. After DNA isolation and purity evaluation of the samples were completed, library preparation and target enrichment processes were completed, were loaded into the NGS device and the study was started. Bioinformatics analysis of the results was performed using databases. The phenotype-genotype relationship of the obtained results was evaluated. Results: As a result of the analysis of NGS data, a total of eighty five variants detected in the PKD1 gene; 3.53 % is pathogenic (P), 5.88 % is likely pathogenic (LP), 24.71 % is of unknown clinical significance (VUS), 51.76 % is benign (B), % 14.12 of them were evaluated as likely benign (LB). 62.50 % of the“P”and“LP”variants detected in the PKD1 gene and 23.81 % of the“VUS”variants were evaluated as“Novel”variants. A total of ten variants detected in the PKD2 gene; 20 % were evaluated as“P”, 10 % as“VUS”, 50 % as“B”, and 20 % as“LB”. Of the fifty six variants detected in the PKDH1 gene, 1.79 % were evaluated as“LP”, 30.36 % as“VUS”, and 67.86 % as“B”. The only“LP”variant detected in the PKHD1 gene was“Novel”and 29.41% of“VUS”variants were evaluated as“Novel”variants. When the variants detected in the genes were evaluated together with the clinical data of the patients, phenotype-genotype relationships were found to be compatible. Conclusion: The data obtained in our study was aimed to contribute to future research focusing on diagnosis, prognosis and potential therapeutic interventions in PKD. Our results may contribute to a more in-depth understanding of the genetic factors underlying PKD and to early diagnosis and treatment by using it as a disease-specific biomarker. Our original results obtained for the first time from Manisa province in the Aegean region and the variants evaluated as“Novel”will be included in the databases and can be a reference for researchers who will work on this subject.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    732370

    Otozomal dominant polikistik böbrek hastalığında kallistatin, VEGF-A, TNF-α VE Nf-κB ile oksidatif stres arasındaki ilişkinin incelenmesi

    Investigation of the relationship between kallistatin, VEGF-A, TNF-α VE Nf-κB with oxidative stress in autosomal dominant polycystic kidney disease

    BURÇİN KIRCA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    BiyokimyaHatay Mustafa Kemal Üniversitesi

    Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SERDAR DOĞAN

  2. Tez No

    805412

    PKD1 gen varyantlarının PC1 proteinin yapısı ve fonksiyonu üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of the effects of PKD1 gene variants on the structure and function of the PC1 protein

    BERKAY KIRNAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyoteknolojiEge Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ

    PROF. DR. AFİG BERDELİ

  3. Tez No

    553020

    Diyaliz tedavisi almayan kronik böbrek yetmezliği hastalarında glomerüler filtrasyon hızı ile ortalama platelet hacmi arasındaki ilişkinin araştırılması

    The i̇nvestigation of relationship between the glomerular filtration rate and the mean platelet volume in chronic kidney disease patients with non-dialysis

    ZEYNEP ATA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    NefrolojiBalıkesir Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖMER TOPRAK

  4. Tez No

    351120

    Kronik böbrek yetmezliği hastalarında inflamatuvar durumun biyokimyasal değerlendirmesi

    Evaluation of the inflammatory state in chronic kidney disease patients

    ESİN AVCI ÇİÇEK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyokimyaPamukkale Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SİMİN ROTA

  5. Tez No

    496319

    Yeni sekonder sülfonamidlerin sentezi ve in vitro karbonik anhidraz izoenzimleri üzerine inhibisyon aktivitelerinin incelenmesi

    Synthesis of novel secondary sulfonamides and their in vitro carbonic anhydrase isozymes inhibition effects

    TANER GÖKÇEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TURAN ÖZTÜRK

    DOÇ. DR. AHMET C. GÖREN

Geri Dön