Bazı anti-viral bitki bileşiklerinin SARS-CoV-2 virüsünün yapısal olmayan proteinleri üzerindeki terapötik etkilerinin in silico incelenmesi
In silico investigation of the therapeutic effects of some anti-viral plant compounds on non structural proteins of SARS-CoV-2 virus
- Tez No: 860755
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ESMA ERYILMAZ DOĞAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 44
Özet
İlaç keşfi çeşitli aşamalara sahip zaman alıcı ve maliyetli bir süreçtir. İlaçların klinik deneylerinin süresinin kısaltılması genel olarak mümkün olmadığından ilaç adayı bileşik araştırmalarının ve preklinik çalışmaların süresinin kısaltılmasında bilgisayar destekli ilaç tasarımı çok önemli bir yere sahiptir. CADD, molekülün yapısı ile biyolojik aktivite arasında bir ilişki olduğu varsayımını temel alarak yeni öncü ilaç molekülleri için tahminde bulunmaktadır. Bu nedenle birçok araştırmacı ve ticari ilaç firması farklı programlar ve veri tabanları geliştirerek hem zamandan hem de maliyetten tasarruf etmek istemektedir. Yeni koronavirüsün tüm dünyayı etkisi altına alarak milyonlarca insanın ölümüne neden olması, tedavi edici bir ilacın yokluğu, hastalığın hızla yayılması ve pandemiye neden olması zamandan tasarruf sağlayan bir yöntem olan CADD' i daha da ön plana çıkarmaktadır. Yapılan deneysel araştırmalar sonucunda SARS-CoV-2 virüsüne ait 3 boyutlu yapıların in-silico olarak oluşturulmasıyla hedef yapılar ortaya koyulmuştur. Çalışmamızda antiviral etkiye sahip olduğu bilinen bitki bileşikleri ile bir CADD yöntemi olan moleküler kenetlenme işlemi AutoDock 4.2.6 ile gerçekleştirilmiştir. Moleküler kenetlenme sonuçlarına göre en iyi bağlanmaya sahip bileşikler tanımlanmış, hedef yapı ile yaptıkları bağlar BIOVIA Discovery Studio Visualizer ile incelenmiştir. Bu bileşiklerin ADME özellikleri SwissADME ile araştırılarak SARS-CoV-2 virüsü üzerinde yapılması planlanan deneysel çalışmalar için etkili olabilecek bileşik önermesi yapılmıştır.
Özet (Çeviri)
Drug discovery is a time-consuming and costly process with various stages. Since it is generally not possible to shorten the duration of clinical trials of drugs, computer-aided drug design has a very important place in shortening the duration of drug candidate compound research and preclinical studies. CADD makes predictions for new lead drug molecules based on the assumption that there is a relationship between the structure of the molecule and biological activity. For this reason, many researchers and commercial pharmaceutical companies want to save both time and cost by developing different programs and databases. The fact that the new coronavirus has affected the whole world, causing the death of millions of people, the absence of a therapeutic drug, the rapid spread of the disease and causing a pandemic, brings CADD, which is a time-saving method, even more to the fore. As a result of experimental research, target structures were revealed by creating in silico 3D structures of the SARS-CoV-2 virus. In our study, molecular docking, a CADD method, was performed with plant compounds known to have antiviral effects with AutoDock 4.2.6. According to the docking results, the compounds with the best binding were identified, and their bonds with the target structure were examined with BIOVIA Discovery Studio Visualizer. The ADME properties of these compounds were investigated with SwissADME and compounds that could be effective for experimental studies on the SARS-CoV-2 virus were suggested.
Benzer Tezler
- Photobromination of (+)-camphene and efficient synthesis of novel camphene based compounds through suitable reactions
(+)-kamfenin fotobrominasyonu ve uygun reaksiyonlar yoluyla yeni kamfen temelli bileşiklerin etkili sentezi
MD ZAHIDUL ISLAM
- Bazı kükürt içeren amino substitüe triazinon bileşiklerinin sentezi ve incelenmesi
Synthesis and characterization of some amino substitue triazinone compounds containing sulphur and investigation
PINAR KÜÇÜKTURAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Kimyaİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DEMET GÜRBÜZ
- Asetilkolinesteraz (AChE) enzimine bazı kumarin bileşiklerinin etkisi
Effects of various coumarin derivatives on acetylcholinesterase (AChE) enzyme
GÜRCAN MERT KARALI
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyokimyaMarmara ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE OGAN
ÖĞR. GÖR. ÖZKAN DANIŞ
- Flavonoid türevi ftalosiyanin bileşiklerinin sentezi ve karakterizasyonu
Synthesis and characterization of phthalocyanine derivatives flavonoid compounds
AHMET ARIBAL
- Trachystemon orientalis toprak altı kısımlarında fitokimyasal ve biyolojik aktivite çalışmaları
Phytochemical and biological activity studies on the underground parts of Trachystemon orientalis
AYŞE NUR KOZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Eczacılık ve FarmakolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UFUK ÖZGEN
