Geri Dön

Meme kanseri ile ilişkili DVL3 ve LRP5genlerindeki SNP'lerin in siliko araçlar kullanılarak değerlendirilmesi

Evaluation of SNPs in DVL3 and LRP5 genes associated with breast cancer using in silico tools

PDF İndir

  1. Tez No: 860756
  2. Yazar: FATMA DOĞAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ESMA ERYILMAZ DOĞAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Selçuk Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 74

Özet

İnsan genomundaki tek baz çift değişikliği sonucunda tek nükleotid polimorfizmleri (SNP) oluşur. Mutasyon türleri arasında bulunan en yaygın varyasyonlardır. Kalıtsal genetik bozukluklar ve insan hastalıkları SNP'lerle ilişkilidir. İlişkili olduğu hastalıklardan biri de meme kanseridir. Meme kanserinin başlaması ve ilerlemesinde çevresel, metabolik, genetik gibi faktörler etkili olabilir. Bu nedenle meme kanserini etkileyen genetik faktörlerin daha iyi anlaşılmasını sağlamak için hastalığa sebep olan genlerin ve polimorfizmlerinin araştırılması gerekmektedir. DVL3 geni meme kanseri hücrelerinin büyümesini ve çoğalmasını etkileyerek kanserin gelişimini kontrol eder. LRP5 geni ise meme kanserinin erken teşhisinde ve tedavisinde kullanılmaktadır. Kanser hücresinin büyümesinde etkili olan proteinlerin üretilmesinde rol oynar. Bu çalışmada DVL3 ve LRP5 genlerinin meme kanserinde potansiyel bir biyobelirteç olarak belirlenebilmesi için UALCAN aracı ile sağkalım analizleri gerçekleştirilmiştir. Genlere ait SNP'ler in siliko araçlar kullanarak analiz edilmiştir. Çeşitli araçlar kullanılarak SNP'lerin tahminlerinin gerçekleştirilmesi, zararlı SNP'lerin tanımlanması, proteinler üzerindeki etkileri, gen ve proteinlerle olan etkileşimleri, proteinlerin üç boyutlu modellemelerinin yapılması amaçlanmıştır. Genlere ve SNP'lere ait veriler NCBI, NCBI dbSNP, KEGG, cBioPortal, UniProt veri tabanları kullanılarak ve analiz edilerek elde edilmiştir. Zararlı yanlış anlamlı SNP'lerin belirlenmesi için SIFT, Poylphen-2, SNAP2, SNPs&GO, PANTHER, ALING GVGD ve PHD-SNP araçları kullanılmıştır. Zararlı olarak tahmin edilen SNP'lerin protein stabilizasyonu üzerindeki etkilerinin analizi için I-Mutant 2.0 ve MUpro araçları, proteinlerin modellemeleri için HOPE, gen-gen etkileşimi için GeneMANIA, protein-protein etkileşimleri için STRING aracı kullanılmıştır. Bu yazılım araçlarıyla yapılan analizler sonucunda DVL3 genine ait 6 yanlış anlamlı SNP (rs752732066 (L506P) rs768658829 (G561D), rs771458852 (R429C), rs1187186969 (R461W), rs1208232744 (L21P), rs1418995595 (E427G)) zararlı olarak bulunmuştur. LRP5 genine ait 22 yanlış anlamlı SNP (rs80358308 (R444C), rs80358313 (G610R), rs113804402 (Y1082C), rs121908665 (R570W), rs121908669 (G171R), rs121908674 (R752G), rs183377804 (R178L), rs200484935 (R186W), rs200728516 (R178W), rs201207267 (P670L), rs201916993 (R746W), rs371690402 (R44W), rs373823574 (R175G), rs377144001 (W560C), rs80358311 (G550R), rs139896674 (C336Y), rs200740071 (R349W), rs201093134 (R142W), rs201957991 (R1095C), rs368250404 (R131C), rs371514699 (R353W), rs376089595 (L150R)) zararlı olarak tespit edilmiştir. Biyoinformatik araçlar ile yapılan bu analizin, meme kanseriyle ilişkili olan DVL3 ve LRP5 genlerine dair yapılacak olan deneysel çalışmalara yol göstereceği düşünülmektedir

Özet (Çeviri)

As a result of a single base double change in the human genome, single nucleotide polymorphisms (SNPs) are formed. They are the most common variations found between types of mutations. Hereditary genetic disorders and human diseases are associated with SNPs. One of the diseases it is associated with is breast cancer. Factors such as environmental, metabolic and genetic may be effective in the initiation and progression of breast cancer. For this reason, it is necessary to investigate the genes and polymorphisms that cause the disease in order to provide a better understanding of the genetic factors affecting breast cancer. The DVL3 gene controls the development of cancer by affecting the growth and proliferation of breast cancer cells. The LRP5 gene is used for early detection and treatment of breast cancer. It plays a role in the production of proteins that are effective in the growth of the cancer cell. In this study, survival analyzes were performed with the UALCAN tool to identify DVL3 and LRP5 genes as a potential biomarker in breast cancer. SNPs of genes were analyzed using in silico tools. It is aimed to realize the predictions of SNP's using various tools, to identify harmful SNP's, their effects on proteins, their interactions with genes and proteins, to make three-dimensional modeling of proteins. Data on genes and SNPs were obtained by using and analyzing NCBI, NCBI dbSNP, KEGG, cBioPortal, UniProt databases. SIFT, Poylphen-2, SNAP2, SNPs&GO, PANTHER, ALING GVGD and PHD-SNP tools were used to identify harmful misaligned SNPs. For the analysis of the effects of harmfully predicted SNPs on protein stabilization, I-Mutant 2.0 and MUpro tools, HOPE for modeling proteins, GeneMANIA for gene-gen interaction, STRING for protein-protein interactions were used. As a result of the analyzes performed with these software tools, 6 missense SNPs belonging to the DVL3 gene (rs752732066(L506P), rs768658829 (G561D), rs771458852(R429C), rs1187186969(R461W), rs1208232744(L21P), rs1418995595). (E427G)) was found to be harmful. 22 missense SNPs of the LRP5 gene (rs80358308(R444C), rs80358313(G610R), rs113804402(Y1082C), rs121908665(R570W), rs121908669(G171R), rs121908674(R752G), rs183377804 (R178L), rs200484935(R186W), rs200728516(R178W), rs201207267(P670L), rs201916993(R746W), rs371690402(R44W), rs373823574 (R175G), rs377144001 (W560C), rs80358311 (G550R), rs139896674(C336Y), rs200740071(R349W), rs201093134(R142W), rs201957991(R1095C), rs368250404(R131C), rs371514699(R353W), rs376089595(L150R)) have been identified as harmful.This analysis with bioinformatics will lead to experimental studies of the DVL3 and LRP5 genes associated with breast cancer.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    463966

    Meme kanseri ile ilişkili lenfödemi olan hastalarda medyan ve ulnar sinirlerin elektrodiyagnostik sinir ileti çalışmaları ve ultrasonografi ile değerlendirilmesi

    Evaluation of median and ulnar nerves by electrodiagnostic nerve conduction studies and ultrasonography in patients with postmastectomy lymphedema

    ZEYNEL KARAKULLUKÇUOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonUludağ Üniversitesi

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. KONÇUY SİVRİOĞLU

  2. Tez No

    468625

    Meme kanseri ile ilişkili lenfödem tanısı ile izlenen hastalarda komplet dekonjestif tedavinin birinci fazının sonuçları ve etkinliğindeki prediktif faktörlerin belirlenmesi

    The results of intensive phase of complete decongestive therapy and determining the predictive factors of response to treatment in patients with breast cancer related lymphedema

    DİLEK KESKİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MELTEM DALYAN

  3. Tez No

    653199

    Meme kanseri ile ilişkili kol lenfödeminde mevcut son durum ölçütü skalalarının yanıt verilebilirliklerinin (responsiveness) araştırılması

    Investigation of responsiveness of the outcome measurement scales in breast cancer related arm lymphedema

    ESRA NUR TÜRKMEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonMarmara Üniversitesi

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLSEREN DERYA AKYÜZ

  4. Tez No

    819806

    Meme kanseri ile ilişkili üst ekstremite lenfödeminde kompleks boşaltıcı fizyoterapi komponentlerinin cilt altı su oranı, oksijen satürasyonu ve hasta memnuniyet düzeyi üzerine etkilerinin karşılaştırılması

    Comparison of the effects of complex decongestive therapy components on subcutaneous water ratio, oxygen saturation and patient satisfaction level in breast cancer related upper extremity lymphedema

    SERAY EKEN ÖZDİLEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Fizyoterapi ve RehabilitasyonGazi Üniversitesi

    Fizyoterapi ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLKE KESER

  5. Tez No

    848961

    Bisfenol a ile ilişkili meme kanseri gelişiminde rol oynayan aday tanısal genlerin ın sılıco olarak tanımlanması ve doğrulanması

    In silico identification and validation of candidate diagnostic genes involved in bisphenol a-associated breast cancer development

    MERVENUR AKKUŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiAtatürk Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HAMİD CEYLAN

Geri Dön