Enterobacterıaceae izolatlarında karbapenem heterodirencinin araştırılması
Investigation of carbapenem heteroresistance in enterobacteriaceae isolats
- Tez No: 862740
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YELİZ TANRIVERDİ ÇAYCI
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
GİRİŞ VE AMAÇ: Heterodirenç, çeşitli antibiyotiklerde direnç gelişmesinin bir ön adımıdır ve karbapenem gibi son çare kabul edilen antibiyotiklerde önemli hale gelir. Çalışmamızın amacı, Enterobacteriaceae izolatlarında karbapenem heterodirencinin sıklığını ve bu direncin altında yatan moleküler mekanizmaları araştırmaktır. GEREÇ VE YÖNTEM: Ondokuz Mayıs Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına 01.01.2021-03.12.2022 tarihleri arasında gönderilen örneklerden izole edilen Enterobactericeae izolatları (n:173) kullanılmıştır. Bu izolatlarda disk difüzyon ve popülasyon analizi profili (PAP) yöntemleri kullanılarak karbapenem heterodirenci araştırılmıştır. Karbapenemaz genlerinin (blaKPC, blaOXA-48, blaVIM, blaIMP, blaNDM) varlığı multipleks PZR ile araştırılmıştır. Heterodirençli bulunan bir izolat üzerine tüm genom dizileme uygulanmıştır. BULGULAR: Yapılan disk difüzyon testinde imipenem, meropenem ve ertapenem disklerinin inhibisyon bölgesinde, sırasıyla 24 (%13,8), 17 (%9,8) ve 11 (%6,3) izolatta üreme gözlenmiştir. PAP yöntemiyle 5 (%2,8) izolatta imipeneme karşı heterodirenç saptanmıştır. Multipleks PZR yöntemiyle araştırılan karbapenemaz genleri izolatlarda saptanmamıştır. Tüm genom dizileme ile elde edilen bilgilere göre antimikrobiyal direncine neden olan genler, 155 nolu suşun duyarlı ana ve dirençli alt popülasyonu için benzer ve blaACT-7 ve fosA olarak bulunmuştur. Ayrıca dirençli alt popülasyonların ompC ve ompF genlerinin dizi analizlerinde referans genoma göre farklılık saptanmıştır. TARTIŞMA VE SONUÇ: Sonuçlarımız, geleneksel antibiyotik duyarlılık testleriyle karbapenem duyarlı bulunan izolatların, düşük prevalansla dirençli alt popülasyonlara sahip olabileceğini ve karbapenemaz üretmeyen izolatların da heterodirenç gösterebileceği saptamıştır. Duyarlı ana ve dirençli alt popülasyonlarının tüm genom dizileri karşılaştırıldığında saptanan farklılıklarında heterodirence neden olabileceği düşünülmüştür.
Özet (Çeviri)
OBJECTIVE: Heteroresistance is a preliminary step in the development of resistance in a variety of antibiotics and becomes important in antibiotics of last resort, such as carbapenems. The aim of our study is to investigate the frequency of carbapenem heteroresistance in Enterobacteriaceae isolates and the molecular mechanisms underlying this resistance. MATERIALS AND METHODS: Enterobactericeae isolates (n:173) isolated from samples sent to Ondokuz Mayıs University Hospital Medical Microbiology laboratory between 01.01.2021-03.12.2022 were used. Carbapenem heteroresistance was investigated in these isolates using disc diffusion and population analysis profile (PAP) methods. The presence of carbapenemase genes (blaKPC, blaOXA-48, blaVIM, blaIMP, blaNDM) was investigated by multiplex PCR. Whole genome sequencing was performed on an isolate found to be heteroresistant. RESULTS: In the disk diffusion test, 24 (13.8%), 17 (9.8%) and 11 (6.3%) isolates grew in the inhibition zone of imipenem, meropenem and ertapenem disks, respectively. Heteroresistance to imipenem was detected in 5 (2.8%) isolates by PAP method. Carbapenemase genes investigated by multiplex PCR method were not detected in the isolates. According to the information obtained by whole genome sequencing, the genes causing antimicrobial resistance were similar for the susceptible main and resistant subpopulations of strain 155 and were found to be blaACT-7 and fosA. In addition, the sequence analysis of ompC and ompF genes of the resistant subpopulations showed differences compared to the reference genome. CONCLUSION: Results showed that isolates found to be susceptible by antibiotic susceptibility tests may have resistant subpopulations with low prevalence and isolates that do not produce carbapenemase may also show heteroresistance. When the genome sequences of the main susceptible and resistant subpopulations were compared, it was thought that the differences detected may cause heteroresistance
Benzer Tezler
- Kan kültüründen izole edilen karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae ve Escherichia coli suşlarında karbapenemaz varlığının fenotipik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of the presence of carbapenemase in K. pneumoniae and E.coli strains isolated from blood culture by phenotypic and molecular methods
ASİYE BIÇAKÇIGİL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BANU SANCAK
- Karbapenem dirençli enterobacteriaceae izolatlarında karbapenem direnç genlerinin Genexpert Carba Paneli ile değerlendirilmesi
Evaluation of carbapenem resistance genes in carbapenem-resistantenterobacteriaceae isolates with Genexpert Carba Panel
CANAN DİZİLİ YELGİN
Doktora
Türkçe
2023
MikrobiyolojiAtatürk ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİL YAZGI
DOÇ. DR. BARIŞ GÜLHAN
- Karbapenem dirençli enterobacteriaceae izolatlarında karbapenemaz varlığının araştırılması
Investigation of Carbapenemase Existence in Carbapenem Resistant Enterobacteriaceae Isolates
ŞEYMA SİNGER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜMMÜ GÜL ERDEM
UZMAN DUYGU ÖCAL
- Klinik örneklerden izole edilen Klebsİella pneumonİae izolatlarında karbapenem direncini saptamakta kullanılan fenotipik yöntemlerin performanslarının karşılaştırılması
Comparison of the performance of phenotypic methods used to detect carbapenem resistance in Klebsiella pneumoniae isolates from clinical samples
MUHARREM NASLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
MikrobiyolojiKarabük ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞERİFE YILMAZ
- Klinik örneklerden izole edilen enterobacteriaceae izolatlarında plazmid aracılı kolistin direncinin moleküler yöntemler ile araştırılması
Investigation of plasmid mediated colistin resistance by molecular methods in enterobacteriaceae isolates isolated from clinical samples
TOLGA TOROL
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Eczacılık ve FarmakolojiMersin ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MAHMUT ÜLGER