Geri Dön

Kars yöresindeki sığırlarda metisilin dirençli staphylococcus aureus (MRSA) nazal taşıyıcılığının kültürel ve moleküler yöntemlerle araştırılması

Investigation of nasal methicillin-resistant staphylococcus aureus (MRSA) carriage in cattle with cultural and molecular methods in Kars, Turkey

PDF İndir

  1. Tez No: 864504
  2. Yazar: KADİR YILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ÖZGÜR ÇELEBİ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Kromojenik Agar, MRSA, PCR, Sığır, WGS, Cattle, Chromogenic Agar, MRSA, PCR, WGS
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Kafkas Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 124

Özet

Kars ilinde yetiştirilen sağlıklı görünümlü 400 adet sığırın nazal sürüntü örneklerinde metisilin dirençli Staphylococcus aureus'un (MRSA) tespiti ve yaygınlığının belirlenmesi hedeflendi. MRSA'nın ilk izolasyonunda CHROMagar MRSA kullanıldı. Biyokimyasal testler ve Prolex Staph Latex Kit ile Staphylococcus aureus'un identifikasyonu gerçekleştirildi. MRSA'nın fenotipik olarak tespiti, sefoksitin disk difüzyon yöntemiyle araştırıldı. nucA-PCR Staphylococcus aureus'un, mecA-PCR ve mecC-PCR ise metisilin direncinin doğrulanması amacıyla uygulandı. MRSA ve metisilin duyarlı Staphylococcus aureus (MSSA) izolatlarının antibakteriyel duyarlılıkları disk difüzyon ve gradient testle araştırıldı. 1 MRSA izolatının tüm genom dizilemesi (WGS) gerçekleştirilerek tiplendirmesi yapıldı. Küresel benzer genomlarla dendogram oluşturuldu. Fenotipik testlerle 12 adet (%3) Staphylococcus aureus saptandı, MRSA oldukları belirlendi. 12 adet Staphylococcus aureus nucA-PCR'de doğrulandı. 7 adet MRSA, mecA-PCR'de saptandı. İzolatlarda mecC genine rastlanmadı. Çalışmanın MRSA prevalansı %1,75 (7/400) olarak belirlendi. 5 adet Staphylococcus aureus, MSSA olarak tanımlandı. MRSA izolatlarının %100'ünün sefoksitine ve penisiline, %14,2'sinin mupirosine, %28,5'inin gentamisine, %28,5'inin eritromisine, %28,5'inin ise trimetoprim sülfametoksazole dirençli olduğu saptandı. MSSA izolatlarının %100'ünün sefoksitine ve penisiline, %20'sinin klindamisine, %20'sinin gentamisine dirençli olduğu belirlendi. MRSA'ların %14,2'si, MSSA'ların ise %20'si çoklu ilaç direnci gösterdi. MRSA ve MSSA'ların seftarolin, siprofloksasin, vankomisin ve linezolide duyarlı oldukları saptandı. WGS sonucunda izolat, ST22, CC22, SCCmec IVa (2B), spa tip t223 biçiminde tiplendirildi. İzolatın, toplum kaynaklı MRSA (CA-MRSA) ilişkili, epidemik MRSA-15 (EMRSA-15) klonunun UK-EMRSA-15 [tst 1+] Orta Doğu varyantı olduğu belirlendi. Küresel genomlar ve WGS örneğimiz 2 klanlı monofiletik ağaç oluşturdu. Avustralya'da kronik rinosinüzitli insandan elde edilen izolat, MRSA izolatımızla %99,99 sekans eşleşmesiyle kardeş takson oluşturdu.

Özet (Çeviri)

It was aimed to determine the detection and prevalence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in nasal swab samples of 400 healthy cattle raised in Kars province. CHROMagar MRSA was used for the initial isolation of MRSA. Identification of Staphylococcus aureus was performed using biochemical tests and Prolex Staph Latex Kit. Phenotypic detection of MRSA was investigated by cefoxitin disc diffusion method. nucA-PCR was used to confirm Staphylococcus aureus, mecAPCR and mecC-PCR were used to confirm methicillin resistance. Antibacterial susceptibility profiles of MRSA and methicillin-sensitive Staphylococcus aureus (MSSA) isolates were determined by disc diffusion and gradient test. 1 MRSA isolate was typed by whole genome sequencing (WGS). A dendogram was created with globally similar genomes. Phenotypic tests revealed 12 (3%) Staphylococcus aureus, which were identified as MRSA. 12 Staphylococcus aureus were confirmed by nucAPCR. 7 MRSA were detected by mecA-PCR. No mecC gene was found in the isolates. MRSA prevalence of the study was determined as 1.75% (7/400). 5 Staphylococcus aureus were identified as MSSA. It was determined that 100% of MRSA isolates were resistant to cefoxitin and penicillin, 14.2% to mupirocin, 28.5% to gentamicin, 28.5% to erythromycin and 28.5% to trimethoprim sulphamethexazole. It was determined that 100% of MSSA isolates were resistant to cefoxitin and penicillin, 20% to clindamycin and 20% to gentamicin. Multidrug resistance was found in 14.2% of MRSA and 20% of MSSA isolates. MRSA and MSSA isolates were susceptible to ceftaroline, ciprofloxacin, vancomycin and linezolid. As a result of WGS, the isolate was typed as ST22, CC22, SCCmec IVa (2B), spa type t-223. The isolate was identified as UKEMRSA-15 [tst 1+] Middle East variant of the community-acquired MRSA (CAMRSA)-associated, epidemic MRSA-15 (EMRSA-15) clone. Global genomes and our WGS sample formed a monophyletic tree with 2 clades. The isolate from a human with chronic rhinosinusitis in Australia formed a sister taxon with 99.99% sequence identity with our MRSA isolate.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    455811

    Kars yöresindeki sığırlarda paratüberküloz?un seroprevelansı

    Seroprevalence of paratuberculosis in cattle in Kars region

    MUSTAFA MAKAV

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Veteriner HekimliğiKafkas Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ERHAN GÖKÇE

  2. Tez No

    351295

    Kars yöresinde sığırlarda cryptosporidium türlerinin prevelansı ve moleküler karakterizasyonu

    Distribution and molecular characterisation of cryptosporidium species in cattle in kars region of turkey

    AYSEL İTİK EKİNCİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    ParazitolojiKafkas Üniversitesi

    Parazitoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MÜKREMİN ÖZKAN ARSLAN

  3. Tez No

    294203

    Kars yöresindeki sığır, koyun ve insanlardan termofilik campylobacterlerin izolasyonu, identifikasyonu ve moleküler tiplendirilmesi.

    Thermophlic campylobacters isolation, identification and molecular typing from cattle, ship and humans in Kars area.

    SİNAN KARAKUŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiKafkas Üniversitesi

    Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET ÜNVER

  4. Tez No

    247131

    Retikuloperitonitis travmatikalı (RPT) sığırlarda bazı akut faz proteinleri klinik biyokimya ve hematolojik parametrelerin araştırılması

    Investigation of some acute phase proteins, biochemical and hematological parameters in cattle with traumatic retikuloperitonitis (TRP)

    KADİR BOZUKLUHAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    Veteriner HekimliğiKafkas Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HALİL İBRAHİM GÖKCE

  5. Tez No

    88964

    Kars yöresinde simental ırkı sığırlarda interdigital deri lezyonlarının insidansı ve bunların intravenöz regional antibiyoterapi (IVREGAB) ile sağaltımı

    The incidance of interdigital skin lesions in simmental dairy cows in Kars to treat of them with intravenous regional antibiyoterapi (IVREGAB)

    ALKAN KAMİLOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Veteriner HekimliğiKafkas Üniversitesi

    Cerrahi (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. VEDAT BARAN

Geri Dön