Geri Dön

Investigating the effects of environmental conditions on PIM1 DNA structures and the Doxorubicin binding

Çevresel koşulların PIM1 DNA yapıları ve Doksorubisin bağlanması üzerindeki etkilerinin araştırılması

  1. Tez No: 871979
  2. Yazar: SABA OROUJI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL, PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 208

Özet

ER, PR ve HER-2 ekspresyonundan yoksun olan üçlü negatif meme kanseri (TNBC), 2019'daki tüm meme kanserine bağlı ölümlerin %25'ini oluşturan meme kanseri türüdür. Yakın zamanda, PIM1 onkojenlerinin TNBC tipi meme kanseri tümörlerinde aşırı eksprese edildiği ve de PIM1 genlerinin G-quadruplex-duplex hibrit tipi ikincil yapılarını oluşturduğu gösterilmiştir. Bu tez kapsamında, öncelikli olarak, farklı pH (7.0 veya 5.5), tampon çözelti tipi ve iyon çeşidinin (K+ veya Na+) PIM1 gen dizilerinin olası ikincil yapıları (G4, i-motif ve dsDNA) üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Her üç dizinin de araştırılan koşullar altında stabil olduğu ve birlikte aynı ortamda oluşabilecekleri belirlenmiştir. Daha düşük pH'ın dsDNA'yı daha kararsız hale getirirken, i-motif yapısını stabilize ettiği belirlenmiştir. pH'ın G4 yapısı üzerinde ise nerdeyse hiç bir etkisinin olmadığı gözlemlenmiştir. K+ veya Na+ katyonlarının varlığında dsDNA ve i-motif yapılarının karalığında bir değişiklik gözlemlenmezken, K+'un Na+'ya göre daha kararlı hale getirdiği gözlemlenmiştir. Bu tezin ikinci bölümde ise, anti-kanser ajanı Doksorubisin (Dox) ile PIM1 geninin oluşturduğu farklı ikincil yapılar arasındaki etkileşimler UV-Vis absorpsiyonu, Circular Dichroism (CD) ve Floresans spektroskopisi yöntemleri ile incelenmiştir. Son olarak, Dox'un farklı nükleik asit yapılarına olan ilgisi ise rekabetçi diyaliz deneyleriyle belirlenmiştir. Araştırmalarımız Dox'un tüm PIM1 geni ikincil yapılarına yaklaşık olarak aynı afinite ile bağlandığını ortaya çıkarmıştır. Elde edilen bu sonuçların Dox'un etki mekanizmalarına yeni bir yaklaşım kazandırabileceği ve de PIM1'in TNBC tipi meme kanseri tedavisi için bir hedef olma potansiyeli ile ilgili devam eden araştırmalara katkıda bulunabileceği düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

Triple negative breast cancer (TNBC), which lacks the ER, PR, and HER-2 expressions are accounted for the 25% of all breast cancer related deaths in 2019. PIM1 oncogenes were recently found to be overexpressed in TNBC type breast cancer tumors and PIM1 sequences were found to adopt unique G-quadruplex-duplex hybrid type secondary structures. Within the scope of this thesis, the effect of pH (pH 7.0 or 5.5) and ions (K+ or Na+) on the possible secondary structures of the three PIM1 gene sequences was investigated using UV-Vis and CD spectroscopy. All three sequences were found to be stable under the conditions investigated, and plausibly coexist together. The lower pH was found to be stabilizing the i-motif structure, while destabilizing the dsDNA. Almost no difference was observed in the stabilities of dsDNA and i-motif structures in the presence of different cations. Since the secondary structures of the PIM1 gene could be plausible targets in TNBC, the interactions between the anti-cancer agent Doxorubicin (Dox) and these secondary structures were investigated via UV-Vis absorption, Circular Dichroism and Fluorescence spectroscopy experiments in the second part of this thesis. The affinity of Dox towards different nucleic acid structures was also investigated via competition dialysis experiments. Our investigations revealed that Dox exhibited significant and equal affinity for all PIM1 secondary structures. We believe our studies will shed light on and contribute to ongoing research on the potential of PIM1 to be a target for TNBC type breast cancer treatment.

Benzer Tezler

  1. Çevresel koşulların anıtsal yapılar üzerindeki etkileri

    The effects of environmental conditions on monumental buildings

    HALİL İBRAHİM SAĞDIÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Mimarlıkİstanbul Ticaret Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ LEYLA SURİ

  2. Kentsel alanlardaki fiziksel ve sosyoekonomik belirleyicilerin çocuk sağlığına etkilerinin CBS ile araştırılması

    Investigating the effects of physical and socio-economic determinants on children health through GIS

    ASLI KAHRAMAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Coğrafyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilişim Uygulamaları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET ÖZGÜR DOĞRU

  3. Açık ocaklarda patlatma kaynaklı sarsıntıların Taguchi Yöntemi kullanılarak parametre optimizasyonu ile azaltılması

    Reducing explosion based shocks in open mines through parameter optimization using Taguchi Methods

    BAHADIR UYĞUR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Maden Mühendisliği ve MadencilikDumlupınar Üniversitesi

    Maden Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HAKAN AYKUL

  4. Okyanus asitlenmesinin Rapana venosa (Valenciennes, 1846) üzerindeki etkileri

    Effects of ocean acidification on Rapana venosa (Valenciennes, 1846)

    SERDAR AKSAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiKocaeli Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALİM AYTEKİN ERGÜL

  5. Nano malzeme takviyeli kompozitlerin çeşitli ortamlarda yaşlanma davranışlarının incelenmesi

    Investigation of aging behaviors of nano material reinforced composites under different conditions

    HALİS KANDAŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Makine MühendisliğiDokuz Eylül Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. OKAN ÖZDEMİR