Investigating the effects of environmental conditions on PIM1 DNA structures and the Doxorubicin binding
Çevresel koşulların PIM1 DNA yapıları ve Doksorubisin bağlanması üzerindeki etkilerinin araştırılması
- Tez No: 871979
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL, PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 208
Özet
ER, PR ve HER-2 ekspresyonundan yoksun olan üçlü negatif meme kanseri (TNBC), 2019'daki tüm meme kanserine bağlı ölümlerin %25'ini oluşturan meme kanseri türüdür. Yakın zamanda, PIM1 onkojenlerinin TNBC tipi meme kanseri tümörlerinde aşırı eksprese edildiği ve de PIM1 genlerinin G-quadruplex-duplex hibrit tipi ikincil yapılarını oluşturduğu gösterilmiştir. Bu tez kapsamında, öncelikli olarak, farklı pH (7.0 veya 5.5), tampon çözelti tipi ve iyon çeşidinin (K+ veya Na+) PIM1 gen dizilerinin olası ikincil yapıları (G4, i-motif ve dsDNA) üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Her üç dizinin de araştırılan koşullar altında stabil olduğu ve birlikte aynı ortamda oluşabilecekleri belirlenmiştir. Daha düşük pH'ın dsDNA'yı daha kararsız hale getirirken, i-motif yapısını stabilize ettiği belirlenmiştir. pH'ın G4 yapısı üzerinde ise nerdeyse hiç bir etkisinin olmadığı gözlemlenmiştir. K+ veya Na+ katyonlarının varlığında dsDNA ve i-motif yapılarının karalığında bir değişiklik gözlemlenmezken, K+'un Na+'ya göre daha kararlı hale getirdiği gözlemlenmiştir. Bu tezin ikinci bölümde ise, anti-kanser ajanı Doksorubisin (Dox) ile PIM1 geninin oluşturduğu farklı ikincil yapılar arasındaki etkileşimler UV-Vis absorpsiyonu, Circular Dichroism (CD) ve Floresans spektroskopisi yöntemleri ile incelenmiştir. Son olarak, Dox'un farklı nükleik asit yapılarına olan ilgisi ise rekabetçi diyaliz deneyleriyle belirlenmiştir. Araştırmalarımız Dox'un tüm PIM1 geni ikincil yapılarına yaklaşık olarak aynı afinite ile bağlandığını ortaya çıkarmıştır. Elde edilen bu sonuçların Dox'un etki mekanizmalarına yeni bir yaklaşım kazandırabileceği ve de PIM1'in TNBC tipi meme kanseri tedavisi için bir hedef olma potansiyeli ile ilgili devam eden araştırmalara katkıda bulunabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Triple negative breast cancer (TNBC), which lacks the ER, PR, and HER-2 expressions are accounted for the 25% of all breast cancer related deaths in 2019. PIM1 oncogenes were recently found to be overexpressed in TNBC type breast cancer tumors and PIM1 sequences were found to adopt unique G-quadruplex-duplex hybrid type secondary structures. Within the scope of this thesis, the effect of pH (pH 7.0 or 5.5) and ions (K+ or Na+) on the possible secondary structures of the three PIM1 gene sequences was investigated using UV-Vis and CD spectroscopy. All three sequences were found to be stable under the conditions investigated, and plausibly coexist together. The lower pH was found to be stabilizing the i-motif structure, while destabilizing the dsDNA. Almost no difference was observed in the stabilities of dsDNA and i-motif structures in the presence of different cations. Since the secondary structures of the PIM1 gene could be plausible targets in TNBC, the interactions between the anti-cancer agent Doxorubicin (Dox) and these secondary structures were investigated via UV-Vis absorption, Circular Dichroism and Fluorescence spectroscopy experiments in the second part of this thesis. The affinity of Dox towards different nucleic acid structures was also investigated via competition dialysis experiments. Our investigations revealed that Dox exhibited significant and equal affinity for all PIM1 secondary structures. We believe our studies will shed light on and contribute to ongoing research on the potential of PIM1 to be a target for TNBC type breast cancer treatment.
Benzer Tezler
- Çevresel koşulların anıtsal yapılar üzerindeki etkileri
The effects of environmental conditions on monumental buildings
HALİL İBRAHİM SAĞDIÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Mimarlıkİstanbul Ticaret ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ LEYLA SURİ
- Kentsel alanlardaki fiziksel ve sosyoekonomik belirleyicilerin çocuk sağlığına etkilerinin CBS ile araştırılması
Investigating the effects of physical and socio-economic determinants on children health through GIS
ASLI KAHRAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Coğrafyaİstanbul Teknik ÜniversitesiBilişim Uygulamaları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET ÖZGÜR DOĞRU
- Açık ocaklarda patlatma kaynaklı sarsıntıların Taguchi Yöntemi kullanılarak parametre optimizasyonu ile azaltılması
Reducing explosion based shocks in open mines through parameter optimization using Taguchi Methods
BAHADIR UYĞUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Maden Mühendisliği ve MadencilikDumlupınar ÜniversitesiMaden Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HAKAN AYKUL
- Okyanus asitlenmesinin Rapana venosa (Valenciennes, 1846) üzerindeki etkileri
Effects of ocean acidification on Rapana venosa (Valenciennes, 1846)
SERDAR AKSAN
- Nano malzeme takviyeli kompozitlerin çeşitli ortamlarda yaşlanma davranışlarının incelenmesi
Investigation of aging behaviors of nano material reinforced composites under different conditions
HALİS KANDAŞ
Doktora
Türkçe
2023
Makine MühendisliğiDokuz Eylül ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OKAN ÖZDEMİR