Investigating the effects of environmental conditions on PIM1 DNA structures and the Doxorubicin binding
Çevresel koşulların PIM1 DNA yapıları ve Doksorubisin bağlanması üzerindeki etkilerinin araştırılması
- Tez No: 871979
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL, PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 208
Özet
ER, PR ve HER-2 ekspresyonundan yoksun olan üçlü negatif meme kanseri (TNBC), 2019'daki tüm meme kanserine bağlı ölümlerin %25'ini oluşturan meme kanseri türüdür. Yakın zamanda, PIM1 onkojenlerinin TNBC tipi meme kanseri tümörlerinde aşırı eksprese edildiği ve de PIM1 genlerinin G-quadruplex-duplex hibrit tipi ikincil yapılarını oluşturduğu gösterilmiştir. Bu tez kapsamında, öncelikli olarak, farklı pH (7.0 veya 5.5), tampon çözelti tipi ve iyon çeşidinin (K+ veya Na+) PIM1 gen dizilerinin olası ikincil yapıları (G4, i-motif ve dsDNA) üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Her üç dizinin de araştırılan koşullar altında stabil olduğu ve birlikte aynı ortamda oluşabilecekleri belirlenmiştir. Daha düşük pH'ın dsDNA'yı daha kararsız hale getirirken, i-motif yapısını stabilize ettiği belirlenmiştir. pH'ın G4 yapısı üzerinde ise nerdeyse hiç bir etkisinin olmadığı gözlemlenmiştir. K+ veya Na+ katyonlarının varlığında dsDNA ve i-motif yapılarının karalığında bir değişiklik gözlemlenmezken, K+'un Na+'ya göre daha kararlı hale getirdiği gözlemlenmiştir. Bu tezin ikinci bölümde ise, anti-kanser ajanı Doksorubisin (Dox) ile PIM1 geninin oluşturduğu farklı ikincil yapılar arasındaki etkileşimler UV-Vis absorpsiyonu, Circular Dichroism (CD) ve Floresans spektroskopisi yöntemleri ile incelenmiştir. Son olarak, Dox'un farklı nükleik asit yapılarına olan ilgisi ise rekabetçi diyaliz deneyleriyle belirlenmiştir. Araştırmalarımız Dox'un tüm PIM1 geni ikincil yapılarına yaklaşık olarak aynı afinite ile bağlandığını ortaya çıkarmıştır. Elde edilen bu sonuçların Dox'un etki mekanizmalarına yeni bir yaklaşım kazandırabileceği ve de PIM1'in TNBC tipi meme kanseri tedavisi için bir hedef olma potansiyeli ile ilgili devam eden araştırmalara katkıda bulunabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Triple negative breast cancer (TNBC), which lacks the ER, PR, and HER-2 expressions are accounted for the 25% of all breast cancer related deaths in 2019. PIM1 oncogenes were recently found to be overexpressed in TNBC type breast cancer tumors and PIM1 sequences were found to adopt unique G-quadruplex-duplex hybrid type secondary structures. Within the scope of this thesis, the effect of pH (pH 7.0 or 5.5) and ions (K+ or Na+) on the possible secondary structures of the three PIM1 gene sequences was investigated using UV-Vis and CD spectroscopy. All three sequences were found to be stable under the conditions investigated, and plausibly coexist together. The lower pH was found to be stabilizing the i-motif structure, while destabilizing the dsDNA. Almost no difference was observed in the stabilities of dsDNA and i-motif structures in the presence of different cations. Since the secondary structures of the PIM1 gene could be plausible targets in TNBC, the interactions between the anti-cancer agent Doxorubicin (Dox) and these secondary structures were investigated via UV-Vis absorption, Circular Dichroism and Fluorescence spectroscopy experiments in the second part of this thesis. The affinity of Dox towards different nucleic acid structures was also investigated via competition dialysis experiments. Our investigations revealed that Dox exhibited significant and equal affinity for all PIM1 secondary structures. We believe our studies will shed light on and contribute to ongoing research on the potential of PIM1 to be a target for TNBC type breast cancer treatment.
Benzer Tezler
- The effect of molecular crowding conditions on dna secondary structures formed by the pim1 gene
Moleküler kalabalıklaştırmanın pım1 geni tarafından oluşturulan ikincil dna yapıları üzerine etkisi
İREM GÖLLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
- Durgun su ortamında su alma borusuna ait hava girişine taban geçirimliliğinin etkisinin araştırılması ve modellenmesi
The investigation and modelling of effect of base permeability on air entraining vortex belongs to intake in still-water environment
OSMAN SUSEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
İnşaat MühendisliğiBozok Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BURHAN ÜNAL
- Karanlıkdere Vadisi'nin (Yozgat) phenopelopoid akarları üzerine sistematik araştırmalar
Systematic investigations on the phenopelopoid mites of Karanlıkdere Valley (Yozgat)
SALİH KÖKEZ
- Bayan futbolcularda 8 haftalık hazırlık çalışmalarının bazı biyomotorik ve fizyolojik özellikler üzerine etkisinin araştırılması
The investigation of the effects of eight weeks prepara-tory work on some biomotorical and physiological properties of female soccer players
ARİF İMAMOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
SporOndokuz Mayıs ÜniversitesiBeden Eğitimi ve Spor Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT ELİÖZ
- Buji ile ateşlemeli bir motorda Miller çevrimi uygulaması, performans ve emisyon karakteristiklerinin incelenmesi
Application of Miller cycle in a spark ignition engine and the investigation of performance and emission characteristics
OĞUZ KÜRŞAT DEMİRCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Teknik EğitimGazi ÜniversitesiMakine Eğitimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CAN ÇINAR