The effect of molecular crowding conditions on dna secondary structures formed by the pim1 gene
Moleküler kalabalıklaştırmanın pım1 geni tarafından oluşturulan ikincil dna yapıları üzerine etkisi
- Tez No: 967653
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Kimya, Biochemistry, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 184
Özet
DNA'nın promotör bölgeleri gibi biyolojik açıdan önemli bölgelerinde yer alaran G-quadrupleksler gen ifadesinin düzenlenmesinde önemli rol oynarlar. Son zamanlarda üçlü negatif meme kanserinde (TNBC) aşırı eksprese edilen PIM1 onkogeninin promotör bölgesinde G-quadrupleks-dupleks hibrit yapılarının keşfedilmesi, bu yapıların biyolojik önemini daha da vurgulamaktadır. Yakın zamanda, PIM1 geninde G-quadrupleks, dupleks ve i-motif yapılarının oluşumu seyreltik sulu çözeltilerde incelenmiştir. Ancak, hücre ortamı biyomakromoleküller içerir ve oldukça kalabalıktır. Ayrıca bu tür bir kalabalıklığın DNA'nın yapısını ve işlevini etkilediği bilinmektedir. Bu sebeple, bu tezde farklı çevresel koşullar altında moleküler kalabalıklaştırmanın PIM1 sekonder yapıları üzerindeki etkisi araştırılmıştır. CD sonuçları, kalabalıklaştırmanın G-quadrupleks ve dupleks konformasyonlarını katyon türüne bağlı olarak değiştirdiğini, i-motif yapılarını ise genellikle etkilemediğini göstermiştir. Moleküler kalabalıklaştırmanın G-quadrupleks yapıların stabilitesini artırırken, i-motif ve dupleks yapıların stabilitesini azalttığı belirlenmiştir. Ayrıca, moleküler kalabalık ortamın kanser ilacı Doksorubisin (Dox) ile PIM1 sekonder yapıları arasındaki etkileşimler üzerindeki etkisi ilk kez bu tez kapsamında araştırılmış ve Doksorubisin'in kalabalık koşullar altında da PIM1 yapılarına bağlandığı tespit edilmiştir. Bu çalışma, kalabalık ile seyreltik ortamların DNA yapıları ve DNA-ligand etkileşimleri üzerindeki farklı etkilerini ortaya koymakta ve bu tür araştırmalarda moleküler kalabalıklaştırmanın göz önünde bulundurulmasının önemini vurgulamaktadır.
Özet (Çeviri)
G-quadruplexes formed within biologically important regions of DNA, such as promoter sequences, play key roles in regulating gene expression. The recent discovery of G-quadruplex-duplex hybrid structures in the promoter region of the PIM1 oncogene, which is overexpressed in triple-negative breast cancer (TNBC), further underscores their biological relevance. Recently, the formation of Gquadruplex, duplex and i-motif structures in the PIM1 gene has been investigated in dilute aqueous solution conditions. However, the intracellular environment is highly crowded with biomacromolecules and it is known that such molecular crowding affects the structure and function of DNA. Accordingly, the effect of molecular crowding on the PIM1 secondary structures under different environmental conditions was investigated in this thesis. CD results demonstrated that molecular crowding alters the G-quadruplex and duplex conformations depending on the cation type, whereas i-motif structures remained mostly unaffected. Molecular crowding was found to increase the stability of G-quadruplex structure while decreasing the stability of i-motif and duplex structures. Furthermore, for the first time the effect of molecular crowding on the interactions between the anticancer drug agent Doxorubicin (Dox) and PIM1 secondary structures was investigated in this thesis and the binding of Doxorubicin to PIM1 structures under the crowding conditions was confirmed. This study demonstrates the difference between the effect of crowded and dilute environments on DNA structures, and its interactions with the ligands, highlighting the importance of considering molecular crowding in such investigations.
Benzer Tezler
- Kuantum nokta entegre biyosensör geliştirilerek çift sarmal ve g-quadrupleks DNA tayininde kullanılabilirliğinin araştırılması
Development of integrated quantum dot biosensors and applicability of detection of double stranded dna and G-quadruplex DNA
AYŞE TOPCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Eczacılık ve FarmakolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiAnalitik Kimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA BAĞDA
YRD. DOÇ. DR. TÜLAY OYMAK
- Investigating the interactions of poly(A)-coralyne in crowded environments and the effect of DNA methylation on DDD-lysine and DDD-arginine interactions
Kalabalık ortamda poly(A)-coralyne etkileşimlerinin ve DNA metilasyonunun DDD-lizin ve DDD-arginin etkileşimlerine etkisinin incelenmesi
ZEYNEP SUVACI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
- Integrative analysis of transcriptome data and genome-scale metabolic networks to identify candidate drug targets and drugs for Parkinson's disease
Transkriptom verilerinin genom-ölçekli metabolik ağlarla bütünleşik analizi ile Parkinson hastalığı için ilaç ve ilaç hedefi adayları belirlenmesi
ALİ KAYNAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyomühendislikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR
- Determining the effect of roughness and crystallinity on protein adsorption for polyurethane films
Poliüretan filmlerde yüzey pürüzlülüğü ve kristalinitenin protein adsorpsiyonuna etkilerinin incelenmesi
SELİN SOFİ KÜRKCÜOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA SENİHA GÜNER
YRD. DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS
- Limbal doku türevli hücrelerin ın vitro çoğaltılmasında doku iskelesi olarak fonksiyonelleştirilmiş kollajen film kullanımının değerlendirilmesi
Evaluation of functionalised collagen film as A scaffold for in vitro expansion of limbal tissue-derived cells
MEHMET GÜRDAL