Geri Dön

The effect of molecular crowding conditions on dna secondary structures formed by the pim1 gene

Moleküler kalabalıklaştırmanın pım1 geni tarafından oluşturulan ikincil dna yapıları üzerine etkisi

PDF İndir

  1. Tez No: 967653
  2. Yazar: İREM GÖLLER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Biyokimya, Chemistry, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

DNA'nın promotör bölgeleri gibi biyolojik açıdan önemli bölgelerinde yer alaran G-quadrupleksler gen ifadesinin düzenlenmesinde önemli rol oynarlar. Son zamanlarda üçlü negatif meme kanserinde (TNBC) aşırı eksprese edilen PIM1 onkogeninin promotör bölgesinde G-quadrupleks-dupleks hibrit yapılarının keşfedilmesi, bu yapıların biyolojik önemini daha da vurgulamaktadır. Yakın zamanda, PIM1 geninde G-quadrupleks, dupleks ve i-motif yapılarının oluşumu seyreltik sulu çözeltilerde incelenmiştir. Ancak, hücre ortamı biyomakromoleküller içerir ve oldukça kalabalıktır. Ayrıca bu tür bir kalabalıklığın DNA'nın yapısını ve işlevini etkilediği bilinmektedir. Bu sebeple, bu tezde farklı çevresel koşullar altında moleküler kalabalıklaştırmanın PIM1 sekonder yapıları üzerindeki etkisi araştırılmıştır. CD sonuçları, kalabalıklaştırmanın G-quadrupleks ve dupleks konformasyonlarını katyon türüne bağlı olarak değiştirdiğini, i-motif yapılarını ise genellikle etkilemediğini göstermiştir. Moleküler kalabalıklaştırmanın G-quadrupleks yapıların stabilitesini artırırken, i-motif ve dupleks yapıların stabilitesini azalttığı belirlenmiştir. Ayrıca, moleküler kalabalık ortamın kanser ilacı Doksorubisin (Dox) ile PIM1 sekonder yapıları arasındaki etkileşimler üzerindeki etkisi ilk kez bu tez kapsamında araştırılmış ve Doksorubisin'in kalabalık koşullar altında da PIM1 yapılarına bağlandığı tespit edilmiştir. Bu çalışma, kalabalık ile seyreltik ortamların DNA yapıları ve DNA-ligand etkileşimleri üzerindeki farklı etkilerini ortaya koymakta ve bu tür araştırmalarda moleküler kalabalıklaştırmanın göz önünde bulundurulmasının önemini vurgulamaktadır.

Özet (Çeviri)

G-quadruplexes formed within biologically important regions of DNA, such as promoter sequences, play key roles in regulating gene expression. The recent discovery of G-quadruplex-duplex hybrid structures in the promoter region of the PIM1 oncogene, which is overexpressed in triple-negative breast cancer (TNBC), further underscores their biological relevance. Recently, the formation of Gquadruplex, duplex and i-motif structures in the PIM1 gene has been investigated in dilute aqueous solution conditions. However, the intracellular environment is highly crowded with biomacromolecules and it is known that such molecular crowding affects the structure and function of DNA. Accordingly, the effect of molecular crowding on the PIM1 secondary structures under different environmental conditions was investigated in this thesis. CD results demonstrated that molecular crowding alters the G-quadruplex and duplex conformations depending on the cation type, whereas i-motif structures remained mostly unaffected. Molecular crowding was found to increase the stability of G-quadruplex structure while decreasing the stability of i-motif and duplex structures. Furthermore, for the first time the effect of molecular crowding on the interactions between the anticancer drug agent Doxorubicin (Dox) and PIM1 secondary structures was investigated in this thesis and the binding of Doxorubicin to PIM1 structures under the crowding conditions was confirmed. This study demonstrates the difference between the effect of crowded and dilute environments on DNA structures, and its interactions with the ligands, highlighting the importance of considering molecular crowding in such investigations.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    667428

    Kuantum nokta entegre biyosensör geliştirilerek çift sarmal ve g-quadrupleks DNA tayininde kullanılabilirliğinin araştırılması

    Development of integrated quantum dot biosensors and applicability of detection of double stranded dna and G-quadruplex DNA

    AYŞE TOPCU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Eczacılık ve FarmakolojiSivas Cumhuriyet Üniversitesi

    Analitik Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESRA BAĞDA

    YRD. DOÇ. DR. TÜLAY OYMAK

  2. Tez No

    1

    Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi

    Başlık çevirisi yok

    MERİH BAYRAM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1987

    Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM

  3. Tez No

    201

    Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi

    Başlık çevirisi yok

    NACİYE TÜRKEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1986

    Kimya MühendisliğiUludağ Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA CEBE

  4. Tez No

    202

    Bazı esterlerin kinetik incelenmesi ve termodinamik parametrelerin belirlenmesi

    Kinetic study and detesmination of thermodnamic parameters of some esters

    İBRAHİM TAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1986

    Kimya MühendisliğiUludağ Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA CEBE

  5. Tez No

    252

    İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar

    Başlık çevirisi yok

    BAHAR TÜRKYILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1985

    Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge Üniversitesi

    Şehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı

Geri Dön