Multivariate analysis of genomic in-silico pathogenicity predictors
Genomik in-siliko patojenite tahmin araçlarının çok değişkenli analizi
- Tez No: 872209
- Danışmanlar: PROF. ÖZDEN HATIRNAZ NG, DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZKAN ÖZDEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Genetik, Biostatistics, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Çalışmaları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yanlış anlamlı (missense) varyantların klinik olarak yorumlanması klinik tanı sürecinde kritik öneme sahiptir. Varyant patojenitesinin değerlendirilmesi için birçok yöntem ve algoritma geliştirilmiş olsa da bu araçların performansları sınırlıdır ve hatalı ve/veya çelişkili tahmin yapabilirler. Varyantların patojenitesinin belirli tahmin araçları dikkate alınarak değerlendirilmesi yanlış pozitif ve negatif sonuçlara yol açabilir ve bu nedenle bu konuda bir standardizasyon gereksinimi vardır. Gün geçtikte veri tabanlarında biriken veriler sayesinde ve varyantların patojenitesi hakkında daha fazla bilgi sahibi oldukça, varyant sınıflandırmasını daha hassas hale getirmek için doğru sonuçlar veren algoritmaları istatistiksel yaklaşımlarla tanımlamak mümkün hale gelmektedir. Bu tez kapsamında, missense varyantlar için istatistik temelli bir akış kullanılarak tasarlanan yeni bir in-siliko patojenite tahmin (ISPT) skoru olan VAMPP-skor geliştirilmiştir. Skor, literatürde en sık kullanılan ISPT'lerin çoklu ve ikili karşılaştırmalarının yanı sıra ISPT'lerin varyant grupları arasındaki ayrım gücüne ve ortalama fark hesaplamalarına dayanmaktadır. Bu kapsamda, ISPT skorlarının tahmin doğruluklarına göre en iyi gen-ISPT skoru eşleşmeleri kullanılmış ve kombinatoryal ağırlıklı bir puan olan VAMPP-skor geliştirilmiştir. VAMPP-skor, klinikte missense varyantların yorumlanmasında önemli bir ilerleme sağlayabileceğine inanılmaktadır. İstatistiksel temeli göz önüne alındığında, VAMPP-skor bir varyantın patojenik olup olmadığına ilişkin karar vermede belirleyici bir rol oynayabilir. Özellikle, nadir ve tanısız vakaların yeniden değerlendirilmesinde genetik tanının doğruluğunu artırma ve tanı sürecini iyileştirme potansiyeline sahip olduğu düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Clinical interpretation of the missense variants is critically important in diagnostics. While many methods and algorithms for pathogenicity assessment have been developed, their performances are limited, and their predictions can be either inaccurate or conflicting. Evaluating the pathogenicity variants based on certain predictors may lead to false positives and negatives and therefore standardization is needed. As data accumulates in databases and we gather more information about the pathogenicity of the known variants, it becomes possible to identify algorithms that yield accurate results by statistical approaches to make variant classification more precise. This thesis introduces VAMPP-score, a novel in-silico pathogenicity prediction (ISPP) score for missense variants developed using a statistical framework. This score is based on multiple and pairwise comparison tests, as well as proximity and mean difference calculations among variant groups. It utilizes the best gene-ISPP matches, according to ISPP accuracies for each gene, offering a combinatorial weighted score. VAMPP-score introduces an advancement in missense variant interpretation. Given the statistical basis, it can be a decision-maker for a variant's pathogenicity. Its application, particularly in the reanalysis of rare and undiagnosed cases, promises to enhance the accuracy of genetic diagnostics and improve patient outcomes.
Benzer Tezler
- Drosophıla melanogasterde egzersiz performansı ile ilişkili Ampdeam geni ile etkileşen genomik varyantların saptanması
Determination of the genomic variants interacting with Ampdeam gene which is involved in exercise performance in Drosophila melanogaster
CANSU YÖRGÜÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
FizyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERGİ DENİZ ÖZSOY
- Nöroblastik tümörlerdeki bölgesel DNA kopya sayısı değişikliklerinin ve allelik dengesizliklerin tanımlanması
Analysis of allelic imbalances and local DNA copy number changes in neuroblastic tumors
SAİT TÜMER
Doktora
Türkçe
2013
Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OĞUZ ALTUNGÖZ
- Investigation of cellular pathways in HBV associated liver fibrosis
HBV bağımlı karaciğer fibrozunda hücresel yolakların araştırılması
ŞEYMA KATRİNLİ
Doktora
İngilizce
2016
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Effects of aging, diet and potential genetic interventions on the levels of SMURF2 and its interacting partners in zebrafish (danio rerio) brain
Zebrabalığı (danio rerio) beyninde yaşlanma, diyet ve olası genetik müdahalelerin SMURF2 ve etkileşim ortaklarının ifadesine etkileri
MELEK UMAY TÜZ ŞAŞİK
Doktora
İngilizce
2020
Nörolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiNörobilim Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MICHELLE MARIE ADAMS