Çeşitli klinik örneklerden elde edilen klebsiella pneumoniae'de karbapenemaz üretimi ve tiplendirilmesinde fenotipik ve genotipik yöntemlerin değerlendirilmesi
Evaluation of phenotypic and genotypic methods in carbapenemaseproduction and typing in klebsiella pneumoniae obtained from various clinical samples
- Tez No: 875923
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET BURAK AKSU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Klebsiella pneumoniae, karbapenem direnci, karbapenemaz, hızlı tanı testi, Klebsiella pneumoniae, carbapenem resistance, carbapenemase, rapid diagnostic test
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 89
Özet
Amaç: Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae kaynaklı enfeksiyonlar dünyada ve ülkemizde halk sağlığını tehdit eden güncel sağlık sorunlarındandır. Enfeksiyon kontrolü ve halk sağlığı açısından etken bakteride karbapenemaz varlığını hızlı belirlemek önemlidir. Karbapenemaz tespitinde kullanılan hızlı tanı testlerinin seçiminde dikkat edilen öncelikli konu yöntemin duyarlılık ve özgüllüğüdür. Çalışmamızda, karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae'de karbapenemaz varlığını enzim-substrat ilişkisine dayalı reaksiyon temelli kolormatik hızlı tanı yöntemi kullanılarak ve PZR ile karşılaştırılarak yöntemin duyarlılığı ve özgüllüğünün araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Hastanemiz Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 2018-2023 döneminde, çeşitli klinik örneklerden elde edilmiş rutin laboratuvar testleriyle karbapenem duyarlılığı belirlenmiş; 100 dirençli, 25 duyarlı K. pneumoniae izolatı çalışmamıza dahil edilmiştir. İzolatların tümünde enzim-substrat ilişkisine dayalı reaksiyon temelli yöntem ile karbapenemaz varlığı araştırılmıştır. Ayrıca izolatlarda 5 karbapenemaz geni (oxa-48, ndm, kpc, imp ve vim) PZR ile araştırılmıştır. Bulgular: Karbapenem dirençli 100 izolatın 94'ü enzim-substrat ilişkisine dayalı reaksiyon temelli yöntem ile karbapenemaz pozitif sonuç saptanmıştır. PZR ile karbapenem dirençli izolatların 97'sinde karbapenemaz geni tespit edilmiştir. Karbapenemaz genlerinin dağılımı; 58 izolatta oxa-48, 16 izolatta ndm, 15 izolatta oxa-48+ ndm ve 8 izolatta kpc şeklinde bulunmuştur. Hızlı tanı yönteminin duyarlılığı %96,9, özgüllüğü %100 olarak hesaplanmıştır. Sonuç: Karbapenemaz üretiminin hızlı tespiti için kullanılan testlerde maliyet, zaman ve uzman personel gereksinimi gibi birtakım sorunlar bulunmaktadır. Çalışmamızda test ettiğimiz yöntem uygun maliyetli, kolay uygulanabilir ve ortalama 1 saat sürede karbapenemaz varlığını yüksek duyarlılık ve özgüllükte tespit etmektedir. Kısa sürede doğru ve güvenilir sonuç veren bu yöntemin rutin laboratuvarlarda kullanımı değerlendirilmelidir.
Özet (Çeviri)
Objective: Infections caused by carbapenemase-producing Enterobacteriaceae are among the current health problems that threaten public health in the world and in our country. It is important to determine the presence of carbapenemase rapidly in causative pathogen in order to control infection and protect public health. The primary consideration in choosing rapid diagnostic tests used to detect carbapenemase is the sensitivity and specificity of the method. In our study, we aimed to investigate the sensitivity and specificity of the method by demonstrating the presence of carbapenemase in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae with the reaction-based colormatic rapid diagnostic method and PCR based on enzyme-substrate relationship. Material and Methods:, Between 2018 and 2023, 100 resistant and 25 susceptible K. pneumoniae isolated from various clinical samples in microbiology laboratory of our hospital, which carbapenem susceptibility was determined by routine laboratory tests were included in our study. The presence of carbapenemase was investigated in all isolates with a reaction-based method based on enzyme-substrate reaction. Additionally, 5 carbapenemase genes (oxa-48, ndm, kpc, imp and vim) were investigated in the isolates by PCR. Results: Ninety-four of 100 carbapenem-resistant isolates were found to be carbapenemase positive by the reaction-based method based on enzyme-substrate reaction. The carbapenemase gene was detected in 97 of the carbapenem-resistant isolates by PCR. Distribution of carbapenemase genes; oxa-48 was found in 58 isolates, ndm in 16 isolates, oxa-48+ ndm in 15 isolates and kpc in 8 isolates. The sensitivity and the specificity of the rapid diagnosis method was calculated as 96.9% and 100%, respectively. Conclusion: There are some problems in the tests used for the rapid detection of carbapenemase production, such as cost, time and the need for expert personnel. The method we tested in our study is cost-effective, easily applicable, and detects the presence of carbapenemase with high sensitivity and specificity in an average of 1 hour. The use of this method, which provides accurate and reliable results in a short time, in routine laboratories should be evaluated.
Benzer Tezler
- Toplum ve hastane kaynaklı klebsiella pneumoniae suşlarında oxa-48 ve alt türevlerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle belirlenmesi
Determining OXO-48 and its variants with conventional and molecular methods in klebsiella pneumoniae isolates originated from community and hospital
ARZU UYANIK PARLAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
MikrobiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSEYİN GÜDÜCÜOĞLU
- Çoklu ilaca dirençli acinetobacter baumannii suşları ile gram negatif enterik bakterilerde çeşitli antibiyotiklerin sinerjistik etkilerinin değerlendirilmesi
Evaluation of synergistic activity of various antibiotic combinations against multidrug-resistant acinetobacter baumannii and gram negative enteric bacteria
GÜLE AYDIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıAnkara ÜniversitesiKlinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL BALIK
- Türkiye ve Irak hasta örneklerinden izole edilen karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae izolatlarının moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae isolates obtained from patient samples in Turkey and Iraq
AYBİKE BAŞER
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyolojiErciyes ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİKAİL AKBULUT
DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR SAĞIROĞLU
- Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae suşlarında antibiyotik kombinasyonlarının İn Vitro etkinliğinin araştırılması
Investigation of the In Vitro effectiveness of antibiotic combinations on carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae strains isolated from clinical samples
BÜŞRA GÜNEYSU YARAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Mikrobiyolojiİstanbul Medeniyet ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. MÜCAHİDE ESRA KOÇOĞLU
- Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürü örneklerinden izole edilen mikroorganizmaların identifikasyonu, antibiyotik duyarlılıkları ve ESBL direnç durumunun araştırılması
Identification, antibiotic susceptibility and investigation of ESBL resistance of microorganisms isolated from blood culture samples of inpatients in intensive care units
OSMAN ORUÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASHABİL AYGAN