Hücre kültürü hatlarında çapraz ve mikoplazma kontaminasyonunun yeni bir str fragman analiz yöntemi ile belirlenmesi
A novel determination method for cross and mycoplasma contamination in cell cultures with fragment analysis
- Tez No: 878682
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞEHİME GÜLSÜN TEMEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Moleküler Tıp, Biotechnology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Bursa Uludağ Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Translasyonel Tıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 192
Özet
Bilim dünyası için tekrar edilebilirlik, araştırmaların doğruluğunu ve güvenilirliğini sağlamak hayati önem taşımaktadır. Ancak, hücre kültürü çalışmaları özelinde yapılan araştırmalar, çapraz ve mikoplazma kontaminasyonları gibi tekrar edilebilirlik risklerinin bulunduğunu ortaya koymaktadır. Bu riskler, bilim insanlarının araştırmalarının doğruluğunu etkileyebilmekte ve sonuçta kanser gibi hastalıkların tedavisi, ilaç ve aşı üretimi gibi önemli konularda çözümlerin bulunmasını geciktirebilmektedir. Bu nedenle, araştırmaların tekrar edilebilirliği konusu, bilim topluluğu tarafından ciddi bir şekilde ele alınmaktadır. ICLAC (International Cell Line Authentication Committee) gibi uluslararası komiteler ve NIH (National Institutes of Health) gibi araştırma fonu sağlayıcıları, hücre hatlarının doğrulanması için rutin testler yapılmasını önermekte veya zorunlu tutmaktadır. Ancak, ülkemizde araştırma fonları için hücre hatlarının test edilmesi adına henüz bir düzenleme bulunmamakla birlikte, ülkemiz araştırmacıların da bu konuda bilgi ve farkındalıklarının düşük olduğu görülmektedir. Bu tez çalışmasının amacı, hücre kültürü çalışmalarında çapraz ve mikoplazma kontaminasyonlarının aynı anda belirlenmesi için yeni bir protokol geliştirmektir. Bu amaç ile, uluslarası standartları sağlayacak hassaslık, seçicilik ve spesifiteye sahip bir STR (Short Tandem Repeat) protokolünün ve aynı metodoloji ile numune içerisindeki mikoplazma varlığını ortaya koyacak kombine bir çapraz ve mikoplazma test için gerekli parametrelerin belirlenmesi ve optimizasyon çalışmaları yapılmıştır. Optimizasyonu yapılan panelin mikoplazma ve allel belirlemede yüksek hassaslığa (7,81 piko gram DNA), insan örneklerinde spesifiteye, karışım örneklerinde yüksek ayrım gücüne, mevcut STR kitleri ile yüksek uyumluluğa, boyut ayrımında yüksek keskinliğe, farklı DNA polimerazlar ve genetik analiz cihazlarıyla da çalışabilme özelliklerine sahip olduğu gösterilmiştir. Oluşturulan bu panel ile ülkemiz araştırmacılarına hücre doğrulama ve mikoplazma tespiti için uygun maliyetli ve hızlı bir metot ile araştırmalarında fayda sağlanabilecektir.
Özet (Çeviri)
Reproducibility is vital for the scientific community to ensure the accuracy and reliability of research. However, research specifically on cell culture studies reveals that there are reproducibility risks such as cross and mycoplasma contamination. These risks can affect the accuracy of scientists' research and ultimately delay the discovery of solutions to important issues such as the treatment of diseases such as cancer and the production of drugs and vaccines. Therefore, the issue of reproducibility of research is being seriously addressed by the scientific community. International committees such as ICLAC (International Cell Line Authentication Committee) and research funders such as NIH (National Institutes of Health) recommend or require routine tests for the authentication of cell lines. However, there is no regulation for the testing of cell lines for research funds in our country, and it is seen that the knowledge and awareness of the researchers in our country is low in this regard. The aim of this thesis is to develop a new protocol for the simultaneous detection of cross and mycoplasma contamination in cell culture studies. For this purpose, a STR (Short Tandem Repeat) protocol with the sensitivity, selectivity and specificity to meet international standards and the parameters required for a combined cross and mycoplasma test to detect the presence of mycoplasma in the sample with the same methodology were determined and optimised. It was shown that the optimised panel has high sensitivity in mycoplasma and allele detection (7.81 pico grams of DNA), specificity in human samples, high discrimination power in mixture samples, high consistency with existing STR kits, high precision in size discrimination, and the ability to work with different DNA polymerases and genetic analysis devices. With this panel, our country's researchers will be able to benefit in their research with a cost-effective and rapid method for cell authentication and mycoplasma detection.
Benzer Tezler
- The comparison of T98G cell response to trifluoperazine in 2D & 2.5D microenvironment
TRİFLUOPERAZİN İLACININ T98G GLİOBLASTOMA HÜCRE HATTI ÜZERİNDEKİ ETKİSİNİN 2 BOYUTLU & 2.5 BOYUTLU ORTAMLARDA İNCELENMESİ
GÖZDE GÜLDAĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyomühendislikAdana Alparslan Türkeş Bilim Ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MERVE ÇAPKIN YURTSEVER
- Kanatlı adenovirüsünün serolojik ve moleküler incelenmesi
Serological and molecular investigation of fowl adenovirus
BEATRİZ PADRON
Doktora
Türkçe
2025
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSelçuk ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN ERGANİŞ
- Çinko oksit nanopartikül entegre polimerik hidrojel sentezi, karakterizasyonu ve sitotoksisite analizleri
Polymeric hydrogel integrated zinc oxide nanoparticles synthesis, characterization and cytotoxicity analysis
ZEYNEP GAYE HAMARAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyokimyaEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NUR SELVİ GÜNEL
- Development of a thermoplastic microfluidic cartridge that allows 3-dimensional cell culture for investigating the drug response of tumor cells
Tümör hücrelerinin ilaca yanıtının araştırılması için 3 boyutlu hücre kültürüne izin veren termoplastik mikroakışkan kartuş geliştirilmesi
ÖZLEM KOÇOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMET CAN ERTEN
- Diabet anjiyopatisinde bradikininin endotel-kan etkileşimine tesiri
The Effect of brdykinin on the relationship between dysfunctionedendothelial cell under diabetic conditions and peripheral immune effector cells
NEŞE AKIŞ