Geri Dön

Identification and functional characterization of m6A RNA modifications in cisplatin-treated hela cells

Sisplatin uygulanmış hela hücrelerinde m6A RNA modifikasyonlarının belirlenmesi ve fonksiyonel karakterizasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 879506
  2. Yazar: AYŞE BENGİSU GELMEZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 141

Özet

N6-metiladenozin (m⁶A), RNA üzerinde en fazla bulunan ve dinamik bir modifikasyondur. Bu çalışmada m⁶A modifikasyonun HeLa hücrelerinin sisplatin (CP) uygulamasına verdiği yatının düzenlenmesindeki fonksiyonu araştırılmıştır. İlk olarak, CP uygulanmış HeLa hücrelerinde temel m⁶A düzenleyicilerinin seviyeleri ve ardından m⁶A metilasyon dağılımı tüm transkriptom çapında incelendi. Analiz sonucunda, m⁶A yazıcılarının, özellikle METTL4'ün ekspresyonun değişikliğinin olası etkisi olarak, m⁶A metilasyon profilinde anlamlı farklar belirlendi. Özellikle, CP uygulamasını takriben global metilasyon seviyesindeki düşüş aynı uygulama sonucunda gözlemlenen METTL14'ün protein seviyesindeki önemli azalma ile ilişkilendirilebilir. METTL14 susturması sonucunda hücrelerin, özellikle transfeksiyonun 72. ve 96. saatlerinde CP'ye daha hassasiyet gösterdiği tespit edildi. Bu hassasiyet hücre ölümü ile ilgili genlerin RNA sevilerinde METTL14 susturulması sonucunda gözlemlenen artıştan kaynaklanıyor olabilir. Bununla birlikte, aday genler arasından, ATF3, ATF5, DUSP6 ve PEA15 gibi genler tutarlı ifade modelleri sergilerken, TP73, BMF, DAPK1 ve DAB2IP, CP RNA-seq verilerinde tanımlanan yönlere zıt mRNA seviyeleri sergiledi. Bu bulgular, METTL14'e bağlı gerçekleşen metilasyonun, bu genlerin mRNA düzenlenmesinde, dolasıyla CP etkisini artırmasında çok önemli bir rol oynadığını göstermektedir. Ayrıca, YTHDF2'nin pro-apoptotik adaylara koşula özgün olarak kontrol hücrelerinde daha fazla bağlanma yatkınlığı gösterdiği belirlenmiştir. Bu durum bu genlerin normal koşullarda YTHDF2 tarafından indüklenen RNA bozulması ile seviyelerinin kontrol edildiğini ancak CP uygulaması ile bağlanma etkinliğinin azalması nedeni ile aynı genlerin sabitliğinin arttığını işaret etmektedir. Bu çalışma, CP yanıtı ile dinamik m⁶A modifikasyonu arasındaki karşılıklı etkileşimi göstermektedir. Özellikle METTL14'ün sisplatin etkinliğini m⁶A metilasyonu ekseninde artırdığının altını çizerek, kanser tedavisinde m⁶A dağılımını düzenleyen yolakları hedef alan terapötik stratejilere yönelik araştırmalar için temel sağlayabilir.

Özet (Çeviri)

N6-methyladenosine (m⁶A) modification is the most abundant and dynamic RNA modification that critically influences transcript fate post-transcriptionally. This study investigated the role of m⁶A RNA modification in regulating the response to cisplatin (CP) treatment in HeLa cells. The status of core m⁶A modulators following CP exposure was examined, followed by a transcriptome-wide analysis of m⁶A methylation. The findings revealed significant alterations in the m⁶A RNA methylation landscape by possible effects of changes in the expression of key m⁶A writer proteins, particularly METTL14. METTL14 depletion increased CP sensitivity, significantly elevating RNA levels of cell-death-related genes at the 72nd and 96th hrs after siRNA transfection. Genes such as ATF3, ATF5, DUSP6, and PEA15 displayed consistent expression patterns, while TP73, BMF, DAPK1, and DAB2IP exhibited opposite mRNA levels compared to those identified in CP RNA-seq data. These findings suggest that METTL14-directed methylation plays a crucial role in the mRNA regulation of these genes. Furthermore, YTHDF2 was found to regulate mRNA abundance of candidates through mRNA decay, with enriched binding to pro-apoptotic genes (TP73, DAPK1, ATF3, BMF, GADD34, ATF3, DUSP6) in control cells rather than CP-treated cells. This indicates that these genes might be subject to YTHDF2-mediated post-transcriptional regulation. This study highlights the dynamic nature of m⁶A modification in response to CP treatment. It underscores the significant role of METTL14 in modulating transcript fate, providing a foundation for future research into therapeutic strategies targeting m⁶A regulatory pathways in cancer treatment.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    411862

    Identification and characterization of a new mosquitocidal Bacillus sphaericus and its toxin proteins

    Sivrisinek öldürücü yeni bir suş olan Bacillus sphaericus ve toksin proteinlerinin tanımlanması ve karakterizasyonu

    FATİH ÇAKAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyoteknolojiYeditepe Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİKRETTİN ŞAHİN

  2. Tez No

    411889

    Servikal spinal travmalı 109 olgunun retrospektif incelenmesi

    Retrospective evaluation of 109 patients with cervical spine trauma

    HAYDAR ÇELİK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    NöroşirürjiSağlık Bakanlığı

    Beyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı

    UZMAN YAVUZ ERDEM

  3. Tez No

    411933

    Cinsel yolla bulaşan enfeksiyon etkenlerinin tanısında kullanılan konvansiyonel yöntemler ve DPO TM (dual priming oligonükleotid) tabanlı multipleks PCR yönteminin karşılaştırılması

    Comparison of conventional methods used in the diagnosis of sexually transmitted infectionsand DPO TM (Dual priming oligonükletid) based multiplex PCR method

    DEMET FURKAN SEVİNDİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    MikrobiyolojiSağlık Bakanlığı

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BERRİN ESEN

  4. Tez No

    411966

    Doğu karadeniz bölgesinde osteoporoz için risk faktörlerinin tespiti

    Identification of risk factors for osteoporosis in the region of east black sea

    MÜNEVVER SERDAROĞLU BEYAZAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET TOSUN

  5. Tez No

    412045

    İnvaziv meme karsinom olgularında her2 ekpresyonunun sısh (gümüş insitu hibridizasyon)yöntemiyle tespit edilerek sonuçların immünohistokimyasal ve fısh (floresan insitu hibridizasyon) yöntemleriyle karşılaştırılması

    Determination of her2 status in invasive ductal breast carcinoma using sish and correlation between fish and ihc

    BETÜL ÜNAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    PatolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA ŞEYDA KARAVELİ

Geri Dön