Identifying spatio-molecular distribution of vertebrate Olfactory bulb through SC-RNA sequencing in mouse and zebrafish
Fare ve Zebra Balığı'nda tek hücre RNA dizileme yoluyla omurgalı Olfaktör bulbus'unun moleküler ve bölgesel dağılımının belirlenmesi
- Tez No: 881004
- Danışmanlar: PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN, PROF. DR. EMRE YAKSI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoenformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 147
Özet
Omurgalıların koku soğanı, belirgin koku türlerinin uzamsal olarak farklı bölgelerde kodlandığı bir topografik düzen gösterir. Bu kemotopik (veya odotopik) harita, koku işlemlerinde önemli bir rol oynar. Ancak, bu düzenin projeksiyon nöronları ve ara nöronlardaki moleküler karşılıkları tam olarak anlaşılamamıştır. Bu çalışmada zebra balığı ve fare için tek hücre RNA verisi ile uzamsal transkriptom atlasları kullanılarak, koku soğanının topografisinin moleküler karşılıkları araştırıldı. Projeksiyon nöronları ve ara nöronlar sınıflarındaki gen çeşitliliğini kullanarak farklı türler arasında temel hücre tiplerini tanımlandı ve eşleştirildi. Bu moleküler çeşitliliğin koku soğanının topografik düzeni ile bağlantılı olduğu ve bununla birlikte birbirlerine yakın olan nöronların daha yüksek benzerlik gösterdiği görüldü. Zebra balığı ve farede bölgesel olarak farklı olan projeksiyon nöronlarının, bölgesel olarak birbirlerine uzak olan nöronlara kıyasla daha yüksek moleküler benzerlik gösterdiği tespit edildi. Bu moleküler olarak tespit edilebilen projeksiyon nöronları dorsoventral ve mediolateral eksenlerinde birbirleriyle çakışmayan bölgeler içinde organize olmuştur. Zebra balığında bu bölgeler alarm, yiyecek ve sosyal kokuları kodlayan bölgeler ile örtüşmektedir. Ancak ara nöronlar farklı bir moleküler topografi mantığı gösterir. Her iki türde de moleküler çeşitliliğin ara ekseni koku soğanının derinliğidir, burada farklı derinliklerdeki ara nöronlar önemli transkriptomik farklılıklar gösterir. Fare koku soğanınında dorsoventral ve mediolateral eksenleri boyunca ara nöron moleküler topografyasının belirgin bir zonal organizasyonu gözlemlenmemesine rağmen, zebra balığı koku soğanında bu eksenler boyunca moleküler olarak farklı ara nöron gruplarının belirgin bir ayrımını görülmektedir.
Özet (Çeviri)
The vertebrate olfactory bulb exhibits a topographical organization, where distinct odor classes are encoded in spatially distinct regions. This chemotopic (or odotopic) map plays a crucial role in olfactory computations. However, the molecular correlates of this organization in projection neurons and interneurons are not fully understood. By generating and utilizing single-cell and spatial transcriptomic atlases for both zebrafish and mouse, the molecular correlates of olfactory bulb topography was investigated. Basic cell types across species were identified and matched, revealing a continuum of gene expression diversity in classes of glutamatergic projection neurons and GABAergic interneurons. This molecular diversity correlates with topographical organization of the olfactory bulb, revealing higher transcriptomic similarity among nearby neurons. Both zebrafish and mouse projection neurons in spatially distinct olfactory bulb zones exhibit a high degree of molecular similarity, clearly different from spatially distant olfactory bulb zones. These molecularly identifiable groups of projection neurons are organized into non-overlapping regions across the dorsoventral and mediolateral axes of the olfactory bulbs. In zebrafish, these regions overlap with zones encoding alarm, food, and social odors. However, interneurons exhibit a different logic of molecular topography. In both species, the major axis of molecular diversity is the depth from the surface of the olfactory bulb, where interneurons at various depths exhibit prominent transcriptomic differences. While no obvious zonal organization of interneuron molecular topography along the dorsoventral and mediolateral axes of the mouse olfactory bulb was observed, the zebrafish olfactory bulb exhibits a prominent separation of molecularly different interneuron groups along these dimensions.
Benzer Tezler
- Exploring deep spatio-temporal fusion architectures towards late temporal modeling of human action recognition
İnsan aktivitelerini tanıma için derin uzam-zamansal füzyon mimarilerin geç zamansal modellemeye yönelik incelenmesi
MUHAMMET ESAT KALFAOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH AYDIN ALATAN
DOÇ. DR. SİNAN KALKAN
- Periyodik mekân-zamansal eş-oluşum örüntü madenciliği
Periodic spatio-temporal co-occurrence pattern mining
NUH AZGINOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolErciyes ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. METE ÇELİK
- Spatio-temporal clustering for non-recurrent traffic congestion detection on urban road networks
Konum-zamansal kümeleme ile özgün trafik sıkışıklıklarının şehiriçi trafik ağlarında tespit edilmesi
BERK ANBAROĞLU
Doktora
İngilizce
2013
UlaşımUniversity of London - University College LondonCoğrafi Bilgi Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAO CHENG
- Konya kapalı havzası kuraklık karakterizasyonunun zamansal-konumsal analizi
Spatio-temporal analysis of drought characterization in Konya closed basin
SELİM DOĞAN
Doktora
Türkçe
2013
Çevre MühendisliğiSelçuk ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİLGEHAN NAS
PROF. DR. ALİ BERKTAY
- Birliktelik kuralları ile Van Gölü için mekânsal-zamansal veri madenciliği
Spatio-temporal data mining with association rules for Lake Van
MUHAMMED FATİH ALAEDDİNOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAtatürk ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TOLGA AYDIN