Crossıella sp. SN42'nin prostat kanseri hücre hattı üzerindeki sitotoksik potansiyelinin araştırılması
Investigation of the cytotoxic potential of crossiella sp. SN42 in prostate cancer cell line
- Tez No: 883397
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SERCAN ERGÜN, DOÇ. DR. HİLAL AY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Tıbbi Biyoloji, Üroloji, Microbiology, Medical Biology, Urology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 97
Özet
Crossiella sp. SN42 (SN42), tüm genom dizilemesi sonucu Actinobacteria üyesi yeni tür olarak tanımlanmış bir bakteridir. Aktinomisetlerin en karakteristik özelliği sekonder metabolit (SM) sentezleme yetenekleridir. Crossiella cinsi, sadece 2 üyesi olan nadir Aktinomiset cinslerinden biridir. Bu nedenle SN42 biyoteknolojik açıdan önemli bir potansiyel taşımaktadır. SM'ler düşük toksisite ve yan etkileri nedeniyle antibiyotik ve antikanser ilaçların tasarımında öne çıkmaktadır. SN42'nin tüm genom verisi üzerinde in silico olarak 4 biyoinformatik araçla (AntiSMASH, RAST, ARTS, TYGS) genom madenciliği yapılmış ve biyosentetik gen kümeleri (BGC) taranmıştır. SN42'nin 13 tane PKS BGC'sinden 5'i veri tabanındaki milyonlarca BGC ile homoloji göstermemiştir. Bu yeni BGC'lerden sentezlenen yeni SM'lerin antikanser etkinlik göstermesi kuvvetle muhtemeldir. Bu amaçla SN42, fermentasyon sıvısı metanol ile ekstrakte edilerek ham ekstraktı elde edilmiştir. WST-8 ile prostat kanseri (LNCaP) ve sağlıklı prostat epitel (WMPMY-1) hücre hatlarında sitotoksisite araştırılmıştır. LNCaP için 24 saatlik IC50 değeri 13.15 mg/ml, WPMY-1 için 17.91 mg/ml olarak belirlenmiştir. Hücre ölümünün hangi yolaktan yürüdüğünü belirlemek için CASP3, CASP8 ve CASP9 apoptoz markırı, LC3-II otofaji markırı, RIPK1 nekroptoz markırı genlerinin ekspresyon değişimleri Real-Time PCR ile değerlendirilmiştir. LNCaP hücrelerinde Caspase-8 ve Caspase-9 ekpresyonunda anlamlı derece artış gözlenmiştir. WPMY-1 hücrelerinde Caspase-3, Caspase-8 ve Caspase-9 anlamlı bir azalış görülmüştür. RIPK1 ekpresyonu, WPMY-1 hücrelerinde anlamlı derecede azalmıştır. LC3-II ekspresyonu LNCaP hücrelerinde anlamlı derecede artmıştır. Sonuç olarak SN42'nin kanserli hücrelerde, sağlıklı hücreye kıyasla daha toksik olduğu ve kanserli hücreyi ölüme götüren mekanizmanın apoptoz olabileceği belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Crossiella sp. SN42 (SN42) is a bacterium that has been identified as a new species of Actinobacteria member as a result of whole genome sequencing. The most characteristic feature of actinomycetes is their ability to synthesize secondary metabolites (SM). The genus Crossiella is one of the rare Actinomycete genera with only 2 members. Therefore, SN42 has an important potential from a biotechnological point of view. SMs are prominent in the design of antibiotic and anticancer drugs due to their low toxicity and side effects. Genome mining was performed on SN42's whole genome data in silico with 4 bioinformatics tools (AntiSMASH, RAST, ARTS, TYGS) and biosynthetic gene clusters (BGC) were scanned. Of the 13 PKS BGCs of SN42, 5 did not show homology with the millions of BGCs in the database. It is highly likely that the new SMS synthesized from these new BGCs will show anticancer activity. For this purpose, SN42 was extracted with fermentation liquid methanol and the raw extract was obtained. Cytotoxicity has been investigated in prostate cancer (LNCaP) and healthy prostate epithelial (WMPMY-1) cell lines with WST-8. A significant increase in Caspase-8 and Caspase-9 expression was observed in LNCaP cells. A significant decrease in Caspase-3, Caspase-8 and Caspase-9 was observed in WPMY-1 cells. The expression of RIPK1 is significantly decreased in WPMY-1 cells. The expression of LC3-II is significantly increased in LNCaP cells. As a result, it was determined that SN42 is more toxic in cancerous cells compared to healthy cells, and apoptosis may be the mechanism that leads the cancerous cell to death.
Benzer Tezler
- Removal of lead and cadmium by iron nanoparticles synthesized by actinobacteria
Aktinobakteriler tarafından sentezlenen demir nanopartikülleri kullanarak kurşun ve kadmiyumun uzaklaştırılması
ALI SALEH MOHAMMED MOHAMMED
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiNanobilim ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HİLAL AY
- Fitness egzersizlerinde uygulanan itme ve çekme hareketlerinin kas üzerindeki etkisinin elektromiyografi ile incelenmesi
Investigation of the effects of pushing and pulling movements applied in fitness exercises on muscle by electromyography
SERHAT ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
SporOrdu ÜniversitesiBeden Eğitimi ve Spor Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGÜR DİNÇER
- Farklı şekillerde uygulanan şınav hareketinin üst ekstremite kas aktivasyonunun incelenmesi
Investigation of the effect of different types of push-ups on upper limb muscle activation
TUĞBA YAYLA
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
SporOrdu ÜniversitesiBeden Eğitimi ve Spor Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGÜR DİNÇER
- Sismik tomografi yöntemi ile yer altı yapısının incelenmesi
Underground exploration with seismic tomography method
ZİYA ÖNCÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Jeofizik MühendisliğiSüleyman Demirel ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ZÜHEYR KAMACI
- Takım sporlarında el bileği izokinetik güç ve kas aktivasyonlarının incelenmesi
Study of wrist isokinetic power and muscle activation in team sports
ZÜBEYDE ÇAKIR
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
SporOrdu ÜniversitesiBeden Eğitimi ve Spor Eğitimi Anabiilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGÜR DİNÇER