Over kanserli hastalarda vus varyantların klinik etkilerinin araştırılması
Investigation of the clinical effects of vus variants in ovarian cancer patients
- Tez No: 886226
- Danışmanlar: PROF. DR. NACİ ÇİNE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Over kanseri, varyant, VUS, yeni nesil dizileme, DNA dizileme, DNA mutasyon analizi, Genetik varyasyon, Moleküler genetik, Over neoplazmları, Ovarian cancer, variant, VUS, next-generation sequencing, DNA sequencing, DNA mutational analysis, Genetic variation, Molecular genetic, Ovarian neoplasms
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Over Kanserli Hastalarda VUS Varyantların Klinik Etkilerinin Araştırılması Amaç: Over kanseri, endometrium kanserinden sonra ikinci sırada görülen ve en ölümcül olan jinekolojik kanser türüdür. Genetik mekanizmalar over kanseri oluşumu için en önemli itici faktördür. Over kanseri %5-10 oranında kalıtsal sebepli olabilmektedir. Yeni nesil dizilime (YND) yönteminin kullanımı ile varyant profilinin ve varyant özelliklerinin tanımlaması gerçekleştirilebilmektedir. YND ile birçoğu klinik önemi belirsiz varyant (VUS) tanımlanmıştır. VUS'lar klinik kararlar vermek için kullanılmasa da, oluşturabilecekleri muhtemel etkiler göz ardı edilmemelidir. Bu nedenle çalışmada, over kanserinde gözlenen VUS varyantların kliniğe yapabileceği etkilerin araştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: Over kanseri tanısı almış ve ailesinde over kanseri öyküsü bulunan 34 olgu çalışmaya dahil edilmiştir. Yeni nesil dizileme yöntemi ile 54 gen dizilenmiş ve olgularda anlamlı görülen 14 gene (ATM, BRCA2, BRCA1, NOTCH1, CDH1, NBN, RET, BARD1, CHEK2, TP53, FGFR1, BRIP1, MSH6 ve PMS2) ait VUS varyantlar tespit edilerek; bu varyantların, olguların kliniklerine etkilerinin istatistiksel incelemesi yapılmıştır. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 34 olguda tespit edilen 14 gen, 46 klinik önemi belirsiz varyant incelenmiştir. Bu varyantların metastaz ve ilaçlarla olan etkileşimleri analiz edilmiştir. Bu analizler sonucunda, tek organda metastaz görülen vakaların birden fazla organda metastazı görülen vakalara kıyasla ATM gen varyantlarının sayısı istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Ayrıca, ATM varyantı bulunan olguların uzun süreli“Bevacizumab”ilacını kullanması ile ATM varyantı bulunmayan olguların bu ilacı kısa süreli kullanmaları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki tespit edilmiştir. Sonuç: Çalışmamızda, olgulara ait bilgiler doğrultusunda VUS varyantların klinik etkileri araştırılmış ve bu 46 VUS varyant arasından ATM varyantı saptanan olguların tek ve çoklu organ metastazları arasında ilişki olduğu ve ATM varyantları saptanan olguların kısa süreli ve uzun süreli“Bevasizumab”kullanımı açısından ilişkili olduğu saptanmıştır. Olgu sayısının artırılması ve daha detaylı klinik takip ile VUS varyantların etkileri konusunda daha net bilgiye ulaşılabilecektir.
Özet (Çeviri)
Investigation of the Clinical Effects of VUS Variants in Ovarian Cancer Patients Objective: Ovarian cancer is the second most common and the most lethal type of gynecological cancer after endometrial cancer. Genetic mechanisms are the most significant driving factors for the development of ovarian cancer. Approximately 5-10% of ovarian cancers are hereditary. Using next-generation sequencing (NGS), it is possible to identify the variant profile and characteristics of these variants. Many variants of uncertain significance (VUS) have been identified through NGS. Although VUS are not used for clinical decision-making, their potential effects should not be ignored. Therefore, this study aims to investigate the potential clinical impacts of VUS observed in ovarian cancer. Method: The study included 34 cases diagnosed with ovarian cancer who also had a family history of ovarian cancer. Using next-generation sequencing, 54 genes were sequenced, and VUS variants in 14 genes (ATM, BRCA2, BRCA1, NOTCH1, CDH1, NBN, RET, BARD1, CHEK2, TP53, FGFR1, BRIP1, MSH6, and PMS2) that appeared significant in these cases were identified. The potential clinical impacts of these variants on the patients were then statistically analyzed. Results: In the 34 cases included in the study, 46 variants of uncertain significance (VUS) across 14 genes were examined. The interactions of these variants with metastasis and drugs were analyzed. As a result of these analyses, the number of ATM gene variants was found to be statistically significant in cases with metastasis in a single organ compared to those with metastasis in multiple organs. Additionally, a statistically significant relationship was found between the long-term use of the drug“Bevacizumab”in cases with ATM variants and the short-term use of this drug in cases without ATM variants. Conclusions: In our study, based on the information of the cases, the clinical effects of VUS variants were investigated, and it was found that among these 46 VUS variants, there was a relationship between the ATM variant detected in cases and single and multiple organ metastases, as well as between the ATM variants detected in cases and the short-term and long-term use of“Bevacizumab.”Increasing the number of cases and more detailed clinical follow-up will provide clearer information on the effects of VUS variants.
Benzer Tezler
- Molecular investigation of CHEK2 variants of unknown significance (VUS) found by genetic screening of breast and colorectal cancer patients and healthy individuals in Turkish population
Türk popülasyonunda meme ve kolorektal kanser hastaları ile sağlıklı bireylerde genetik tarama ile saptanan klinik önemi bilinmeyen CHEK2 varyantlarının moleküler incelemesi
NİSAN DENİZCE CAN
Doktora
İngilizce
2026
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Meme ve/veya over kanseri öyküsü olan hastalarda ilişkili genlerin yeni nesil dizileme yöntemi ile incelenmesi
Investigation of associated genes in patients with a history of breast and/or ovarian cancer by next generation sequencing
CANBERK AKKAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Genetikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİLİZ ÖZEN
- Mutational spectrum of the Turkish hereditary breast and colon cancer patients
Türkiye'deki kalıtsal meme ve kolon kanseri hastalarında mutasyon spektrumu
ELİFNAZ ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Ailesel ya da bireysel kanser yükü fazla olan ancak kılavuzlarda yer alan ve rutin olarak yapılan genetik testlerde herediter kanserlerle ilişkili bir varyant tanımlanamayan hastaların tüm ekzom dizi analizi ile değerlendirilmesi
Evaluation by whole exome sequencing of patients with high familial or individual cancer burden but no identified hereditary cancer-associated variant in routine guideline-based genetic testing
CAN BERK LEBLEBİCİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
GenetikAnkara ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞULE ALTINER
DOÇ. DR. NÜKET KUTLAY
- Kanserli ve ailesel kanser riski nedeniyle klinik ekzom dizi analizi yapılan olgularda saptanan patojenik ve olası patojenik varyantların tekrarlı analizlerle değerlendirilmesi ve klinikle ilişkilendirilmesi
Evaluation of Pathogenic and Likely Pathogenic Variants Detected in the Cases whom Clinical Exome Sequencing were Performed due to Cancer and Familial Cancer Risk and Association with the Clinic
UMUT ARDA BAYRAKTAR