Geri Dön

Understanding the rheumatoid arthritis-gut axis by metabolic network analysis

Romatoid artrit hastalığı ile bağırsak mikrobiyomu ilişkisinin metabolik ağ analiz yöntemi ile incelenmesi

  1. Tez No: 887230
  2. Yazar: DESTİNA EKİNGEN GENÇ
  3. Danışmanlar: PROF. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN, DOÇ. NAZAR İLERİ ERCAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 145

Özet

Romatoid Artrit (RA), çoğunlukla eklemleri etkileyen otoimmün bir hastalıktır. Genetik yatkınlığın yanı sıra beslenme çeşidini içeren çevresel faktörler, hastalığın anlaşılması ve tedavisi için önemli parametrelerdir. RA hastalarının bağırsaklarında bulunan bakterilerin etkilerini anlamak için bu çalışmada genom ölçekli metabolik modelleme kullanılmıştır. Bakteriyel taksonun büyümeleri, metabolit değişimleri, işbirlikçi veya rekabetçi davranışları, odak etkileşimleri ve elastikiyet değerlerinde beslenme farklılıklarına göre meydana gelen değişiklikler Python kütüphanesi MICOM yazılımı ve CPLEX çözücü kullanılarak incelenmiştir. Gıda ortamı olarak Batı, Akdeniz ve Vegan diyetleri seçilmiştir. Her üç diyete de demir, ornitin ve fenilalanin takviyeleri eklenerek etkileri belirlenmiştir. Bu çalışma, diyet tipinin genel olarak önemli değişikliklere sahip olmadığını ortaya çıkarmakla birlikte, Clostridium celatum, Fusobacterium varium ve Haemophilus parainfluenzae gibi bazı bakteri türleri besin alım türünden belirgin şekilde etkilenmiştir. Bakteriyel üreme sonuçlarına göre Akdeniz ve Vegan diyetleri patojenlere karşı fazla etkili olamamış; ancak bakteri türlerine bağlı olarak farklı metabolitlerin akış yoğunluğunu değiştirmiştir. RA topluluklarının sağlıklı topluluklara göre daha fazla işbirlikçi etkileşime sahip olduğu bulunmuştur, ancak ikili etkileşimler açısından kısa zincirli yağ asidi türleri dikkate alındığında RA topluluğunun sağlıklı topluluğa kıyasla daha düşük akı değerlerine sahip olduğu ortaya çıkmıştır. Üç diyet tipi için de yapılan tüm ek diyet takviyelerinin Clostridium celatum'da, standart diyetlere göre önemli akı değişikliklerine sebep olduğıu bulunmuştur. Çalışmanın sonunda, RA için potansiyel belirteçler olarak amino asit metabolitleri alanin, prolin ve lösin listelenmiştir. Bağırsak florasında bulunan mikrobiyom arasında, Clostridium Celatum, Enterococcus faecalis, Enterobacter aerogenes, Bacteroides faecis, Haemophilus parainfluenzae ve Fusobacterium varium olası biyobelirteçler olarak öne çıkmışlardır.

Özet (Çeviri)

Rheumatoid Arthritis (RA) is an autoimmune disease that mostly affects the joints. In addition to the genetic susceptibility, environmental factors including dietary intake are important parameters for the pathogenesis and understanding of the disease. In this study, genome-scale metabolic modeling was employed to understand the activities of the bacteria residing in the gut of RA patients. Changes in the bacterial growths, metabolite exchanges, cooperative or competitive behavior of the taxon, focal interactions, and elasticity values according to the dietary differences were examined by using the Python library, MICOM software and the CPLEX solver. Western, Mediterranean, and Vegan diets were selected as the nutritional media. Iron, ornithine, and phenylalanine supplementations were added to all three diets and their effects were determined. The study revealed that diet type did not have significant changes overall; however, some species were notably affected by the type of nutrient intake including Clostridium celatum, Fusobacterium varium and Haemophilus parainfluenzae. According to the bacterial growth results, MD and Vegan diets were not able to take actions against pathogens; however, depending on the bacterial species the exchange fluxes of some metabolites were altered with diet type. RA communities were found to have more cooperative interactions than the HC communities, however, in terms of the dual interactions considering short-chain-fatty acids species of the RA community were having less flux values compared to the HC community. After the dietary supplementations, Clostridium celatum displayed significant flux changes relative to the standard diets. At the end of the study, possible amino acid metabolites that could be listed as potential biomarkers for RA were alanine, proline and leucine. Among the gut microbiom, Clostridium Celatum, Enterococcus faecalis, Enterobacter aerogenes, Bacteroides faecis, Haemophilus parainfluenzae and Fusobacterium varium were highlighted as the possible biomarkers.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    509017

    Romatoid artritli hastalarda İnsan Nötrofil Peptit (HNP 1-3) düzeyleri ve hastalık aktivitesiyle ilişkileri

    Human Neutrophil Peptide (HNP 1-3) levels and relationships with disease activity in patients with rheumatoid arthritis

    MEHMET OKÇU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonDicle Üniversitesi

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. PELİN OKTAYOĞLU

  2. Tez No

    413449

    Using systems based models to uncover the disease network of Psoriasis and its associations with other autoimmune-related diseases

    Sistem esaslı modeller kullanarak sedef hastalığı ağının ve diğer bağışıklık sistemi ile ilintili hastalık ağlarının oluşturulması

    TUBA SEVİMOĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyomühendislikMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA

  3. Tez No

    514673

    Romatoid artrit'li hastalarda denge,düşme korkusu ve ilişkili faktörler

    Balance,fear of falling and related factors in patients with rheumatoid arthritis

    YURDAGÜL BAHRAN MUŞTU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HALİM YILMAZ

  4. Tez No

    341653

    Romatoid artrit tedaviisnde kullanılan bazı ilaçların ters faz sıvı kromatografi yöntemiyle iyonlaşma sabitlerinin tayini

    Determination of ionization constant of some drugs used to treatment of rheumatoid artritis disease with reversed phase liquid chromatography method

    HÜLYA YILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    KimyaSüleyman Demirel Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. EBRU ÇUBUK DEMİRALAY

  5. Tez No

    132259

    Romatoid artrit ve ankilozan spondilitde adrenal ve gonodal seks steroidlerinin serum düzeylerinin karşılaştırılması ve hastalık parametreleri le ilişkisinin araştırılması

    The Comparison of adrenal and gonadal sex steroid serum levels in rheumatoid arthritis and ankylosing sponylitis and investigation of relations with disease parameters

    ÇİĞDEM DOMBAYCI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonSüleyman Demirel Üniversitesi

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SELAMİ AKKUŞ

Geri Dön