Understanding the rheumatoid arthritis-gut axis by metabolic network analysis
Romatoid artrit hastalığı ile bağırsak mikrobiyomu ilişkisinin metabolik ağ analiz yöntemi ile incelenmesi
- Tez No: 887230
- Danışmanlar: PROF. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN, DOÇ. NAZAR İLERİ ERCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 145
Özet
Romatoid Artrit (RA), çoğunlukla eklemleri etkileyen otoimmün bir hastalıktır. Genetik yatkınlığın yanı sıra beslenme çeşidini içeren çevresel faktörler, hastalığın anlaşılması ve tedavisi için önemli parametrelerdir. RA hastalarının bağırsaklarında bulunan bakterilerin etkilerini anlamak için bu çalışmada genom ölçekli metabolik modelleme kullanılmıştır. Bakteriyel taksonun büyümeleri, metabolit değişimleri, işbirlikçi veya rekabetçi davranışları, odak etkileşimleri ve elastikiyet değerlerinde beslenme farklılıklarına göre meydana gelen değişiklikler Python kütüphanesi MICOM yazılımı ve CPLEX çözücü kullanılarak incelenmiştir. Gıda ortamı olarak Batı, Akdeniz ve Vegan diyetleri seçilmiştir. Her üç diyete de demir, ornitin ve fenilalanin takviyeleri eklenerek etkileri belirlenmiştir. Bu çalışma, diyet tipinin genel olarak önemli değişikliklere sahip olmadığını ortaya çıkarmakla birlikte, Clostridium celatum, Fusobacterium varium ve Haemophilus parainfluenzae gibi bazı bakteri türleri besin alım türünden belirgin şekilde etkilenmiştir. Bakteriyel üreme sonuçlarına göre Akdeniz ve Vegan diyetleri patojenlere karşı fazla etkili olamamış; ancak bakteri türlerine bağlı olarak farklı metabolitlerin akış yoğunluğunu değiştirmiştir. RA topluluklarının sağlıklı topluluklara göre daha fazla işbirlikçi etkileşime sahip olduğu bulunmuştur, ancak ikili etkileşimler açısından kısa zincirli yağ asidi türleri dikkate alındığında RA topluluğunun sağlıklı topluluğa kıyasla daha düşük akı değerlerine sahip olduğu ortaya çıkmıştır. Üç diyet tipi için de yapılan tüm ek diyet takviyelerinin Clostridium celatum'da, standart diyetlere göre önemli akı değişikliklerine sebep olduğıu bulunmuştur. Çalışmanın sonunda, RA için potansiyel belirteçler olarak amino asit metabolitleri alanin, prolin ve lösin listelenmiştir. Bağırsak florasında bulunan mikrobiyom arasında, Clostridium Celatum, Enterococcus faecalis, Enterobacter aerogenes, Bacteroides faecis, Haemophilus parainfluenzae ve Fusobacterium varium olası biyobelirteçler olarak öne çıkmışlardır.
Özet (Çeviri)
Rheumatoid Arthritis (RA) is an autoimmune disease that mostly affects the joints. In addition to the genetic susceptibility, environmental factors including dietary intake are important parameters for the pathogenesis and understanding of the disease. In this study, genome-scale metabolic modeling was employed to understand the activities of the bacteria residing in the gut of RA patients. Changes in the bacterial growths, metabolite exchanges, cooperative or competitive behavior of the taxon, focal interactions, and elasticity values according to the dietary differences were examined by using the Python library, MICOM software and the CPLEX solver. Western, Mediterranean, and Vegan diets were selected as the nutritional media. Iron, ornithine, and phenylalanine supplementations were added to all three diets and their effects were determined. The study revealed that diet type did not have significant changes overall; however, some species were notably affected by the type of nutrient intake including Clostridium celatum, Fusobacterium varium and Haemophilus parainfluenzae. According to the bacterial growth results, MD and Vegan diets were not able to take actions against pathogens; however, depending on the bacterial species the exchange fluxes of some metabolites were altered with diet type. RA communities were found to have more cooperative interactions than the HC communities, however, in terms of the dual interactions considering short-chain-fatty acids species of the RA community were having less flux values compared to the HC community. After the dietary supplementations, Clostridium celatum displayed significant flux changes relative to the standard diets. At the end of the study, possible amino acid metabolites that could be listed as potential biomarkers for RA were alanine, proline and leucine. Among the gut microbiom, Clostridium Celatum, Enterococcus faecalis, Enterobacter aerogenes, Bacteroides faecis, Haemophilus parainfluenzae and Fusobacterium varium were highlighted as the possible biomarkers.
Benzer Tezler
- Devrimler döneminde ittihatçılık ve kemalizm (1919-1926)
Unionism and kemalism in the era of revolutions (1919-1926)
ERCAN YALÇIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
TarihDokuz Eylül ÜniversitesiAtatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. LEYLA KIRKPINAR
- Resimlendirmelerin fen derslerinde okuma anlamaya etkisi
Başlık çevirisi yok
BERRAK KOCAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Eğitim ve ÖğretimUşak Üniversitesiİlköğretim Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. METİN DEMİR
- Numerical modeling of the bosphorus exchange flow dynamics
İstanbul Boğazı değişim akımlarının sayısal modellenmesi
ADİL SÖZER
Doktora
İngilizce
2013
Deniz BilimleriOrta Doğu Teknik ÜniversitesiOşinografi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİN ÖZSOY
- Ankara'daki bazı kent parklarının tasarım anlayışlarının incelenmesi
Review on sense of design for some urban parks in ankara
RUHUGÜL ÖZGE OCAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Peyzaj MimarlığıAnkara ÜniversitesiPeyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA HALİM PERÇİN
- 131 numaralı Ayntâb Şer'iyye Sicili'nin transkripsiyonu ve değerlendirilmesi (h.1182-1195 / m.1768-1780, s.l-96)
The transcription and evaluation of 131 numbered Ayntâb Şer'iyye (regilion affairs) regîster/record (h.1182-1195 /1768-1780 ad. pages 1-96)
KEMAL KUBAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
TarihGaziantep ÜniversitesiYakınçağ Tarihi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİLGEHAN PAMUK