Bağdat hastalarında caga ve vaca virülans ve gyra antibiyotik direnç genlerinin varlığına dayalı olarak helicobacter pylori'nin moleküler tespiti
Molecular detection of helicobacter pylori based on the presence of caga and vaca virulence and gyra antibiotic resistance genes in Baghdad patients
- Tez No: 887306
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TARKAN YORULMAZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 89
Özet
Helicobacter pylori (H. pylori) dünyada çok sayıda insanı enfekte eden gram-negatif bir bakteridir ve insan midesinin epitelini enfekte eder. Bu çalışma Bağdat'ta (Yarmouk Eğitim Hastanesi, Al Kindi Hastanesi, Medical City) yürütülmüş ve 100 hasta dahil edilmiştir. Tüm hastalara uzman doktor tarafından tanı konulmuş ve hasta örnekleri Eylül 2022 ile Şubat 2023 tarihleri arasında toplanmıştır. Toplanan gastrik biyopsi örneklerinden ekstrakte edilen RNA sonucu, ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak cDNA'ya dönüştürülmüştür. cDNA, Gerçek Zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPCR) ile gen ekspresyonunu ve bu genlerin gastrointestinal hastalık gelişimi ile ilişkisini değerlendirmek için VagA, CagA virülans ve GyrA antibiyotik direnç genleri için spesifik primer setleri kullanılarak çoğaltılmıştır. 16SrRNA kantifikasyon için referans gen mRNA olarak kullanılmıştır, VagA geni için kat değişikliği sonucu 1,9113 iken VagA gen ekspresyon seviyesinin yukarı regülasyonunu göstermektedir. Öte yandan, CagA geni için kat değişimi sonucu 4.6144 olup gen ekspresyon seviyesinin yukarı regülasyonunu göstermektedir. Ek olarak, GyrA geninin kat değişimi sonucu 4.3664 iken, GyrA gen ekspresyon seviyesinin yukarı regülasyonunu göstermektedir. Genel olarak, sonuçlar VagA, CagA ve GyrA için gen ekspresyon seviyesinin yukarı regülasyonunu ve genler arasında anlamlı bir fark olmadığını göstermiştir (p≤0,05). Mevcut çalışmada, VagA, CagA ve GyrA genleri için gen ifadesi arasındaki fark Tukey testi ile belirlenmiştir. Bu sonuçlar, RT-qPCR'nin insan mide dokusunda H. pylori varlığını ve H. pylori genlerinin ekspresyonunu tespit etmek için hassas ve spesifik bir yöntem olduğunu göstermektedir. Bu yaklaşımla H. pylori gen ekspresyonunun in vivo olarak saptanması, H. pylori enfeksiyonlarının tanısının iyileştirilmesine ve patogenezinin anlaşılmasına katkıda bulunabilir.
Özet (Çeviri)
Helicobacter pylori (H. pylori) is a gram-negative bacterium that infects large numbers of people worldwide and infects the epithelium of the human stomach. This study was conducted in Baghdad (Yarmouk Teaching Hospital, Al Kindi Hospital, Medical City) and included 100 patients. All patients were diagnosed by the attending physician and patient samples were collected between September 2022 and February 2023. RNA extracted from the collected gastric biopsy specimens was converted into cDNA using reverse transcription polymerase chain reaction. cDNA was amplified by Real Time polymerase chain reaction (RT-qPCR) using specific primer sets for VagA, CagA virulence and GyrA antibiotic resistance genes to assess gene expression and their association with gastrointestinal disease development. 16SrRNA was used as the reference gene mRNA for quantification, the fold change result for the VagA gene was 1.9113, indicating up-regulation of VagA gene expression level. On the other hand, the fold change result for the CagA gene was 4.6144, indicating up-regulation of the gene expression level. In addition, the fold change result for the GyrA gene was 4.3664, indicating up-regulation of the GyrA gene expression level. Overall, the results showed upregulation of gene expression level for VagA, CagA and GyrA and no significant difference between the genes (p ≤0.05). In the present study, the difference between gene expression for VagA, CagA and GyrA genes was determined by Tukey test. These results indicate that RT-qPCR is a sensitive and specific method to detect the presence of H. pylori and the expression of H. pylori genes in human gastric tissue. Detection of H. pylori gene expression in vivo with this approach may contribute to improving the diagnosis and understanding the pathogenesis of H. pylori infections.
Benzer Tezler
- Bağdat'ta yaşayan H. Pylorı ve tip 2 diyabet hastalarında bazı immünolojik parametrelerin düzeylerinin belirlenmesi
Determination of the levels of some immunological parameters in H. Pylori and type 2 diabetes patients living in Baghdad
MUSTAFA RIYADH SALMAN AL-RUBAYE
Doktora
Türkçe
2024
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TARKAN YORULMAZ
- Study of the association between thyroid peroxidase and biochemical parameters (T3, T4 and TSH) and the lipid profile in type-2 diabetes patients in center of Baghdad
Bağdat merkezde tip-2 diyabet hastalarında tiroid peroksidaz ve biyokimyasal parametreler (T3, T4 ve TSH) ile lipid profili arasındaki ilişkinin incelenmesi
HANAN ISMAEL SHAHADHA AL-MASHHADANI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaÇankırı Karatekin ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VOLKAN EYÜPOĞLU
PROF. DR. Saad M. Shukr AL-MSHHDANI
- Bağdat'taki kronik hepatit C virüsü hastalarında serum IL2 ve IL-10 düzeylerinin değerlendirilmesi
Assessment of serum levels of iIL2 and IL-10 in chronic hepatitis virus C patients in Baghdad
RAHMEN ADEEB SALLAMA SALLAMA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. IRMAK POLAT
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA HUSSAİN ABDUL AMEER AL-SHEAKH
- Insulin resistance and lipid profile in patients with Covid-19 in baghdad
Bağdat'ta Covıd-19'lu hastalarda insülin direnci ve lipid profili
MAREB MOHAMMED HABEEB HABEEB
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyokimyaÇankırı Karatekin ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAKAN ÇOLAK
- Clinical study of interleukin-6 and some biochemical paramical in hypothyroidism patients
Hipotiroidi hastalarında interlökin 6 ve bazı biyokimyasal paramiyallerin klinik çalışması
SHAMS AZZAM ABDULLAH ALBAKRI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
KimyaÇankırı Karatekin ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VOLKAN EYÜPOĞLU