Geri Dön

Irak'ın Thi-Qar eyaletindeki hastalardan izole edilen escherichia coli'de shigatoxin geninin moleküler tespiti

Molecular detection of shigatoxin gene in escherichia coliisolated from patients in Thi-Qar province, Iraq

PDF İndir

  1. Tez No: 887307
  2. Yazar: TALAL HASAN JABER ALFKAWI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEÇİL AKILLI ŞİMŞEK
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 112

Özet

Escherichia coli, hem avantajlı hem de dezavantajlı olabilen bir üne sahip bir bakteridir. Bazı türleri bağırsak sağlığını korumak için çok önemliyken, diğerleri ciddi hastalıklara neden olma potansiyeline sahiptir. Patojenik Escherichia coli'nin endişe verici bir özelliği, antibiyotiklere karşı artan dirençleri ve biyofilm oluşturma konusundaki güçlü eğilimleridir. Escherichia coli bakterileri sık kullanılan antibiyotiklere karşı giderek artan bir direnç göstermektedir. Bu sorunun ana nedeni esasen hem insanlarda hem de hayvanlarda aşırı ve yanlış antibiyotik kullanımıdır. Escherichia coli, toplanma ve biyofilm olarak bilinen yapışkan, mukoza benzeri kaplamalar oluşturma yeteneğine sahiptir. Biyofilmler, mikropları yok etmek için antibiyotiklerin ve bağışıklık sisteminin erişimini engelleyen kaleler olarak hizmet eder. Biyofilmler antibiyotik direnci sorununu daha da kötüleştirir. Bir biyofilmin kompakt yapısı, antibiyotiklere dirençli bakterilerin hayatta kalması için elverişli bir ortam sağlayarak onları bu ilaçların etkisinden korur. Escherichia coli bakterisinin bazı türleri tarafından sentezlenen Shiga toksini, gıda kaynaklı hastalıklar alanında çok güçlü bir antagonisttir. Shiga toksin ailesi iki ana varyanttan oluşmaktadır: Stx1 ve Stx2, her ikisi de insan vücuduna önemli ölçüde zarar verme potansiyeline sahiptir. Shiga toksini üreten Escherichia coli olarak bilinen spesifik varyantlar, O157 gibi bu zararlı toksinleri üretebilir. H7, hastalığa neden olma eğilimi ile iyi bilinmektedir. Bazı Escherichia coli suşları, hastalığa neden olmaya yardımcı olan zararlı virülans faktörleri, proteinler ve yapılar koleksiyonuna sahiptir. Bunlar arasında hareket için kullanılan kıl benzeri yapılar olan flagella üreten, bağışıklık sisteminden kaçan ve biyofilm oluşumuna katkıda bulunan flic genleri yer almaktadır. Biyofilmler tedaviye karşı direnci artırabilir. HlyA geni, kırmızı kan hücrelerini parçalama yeteneğine sahip olan hemolizin A olarak bilinen bir toksinin üretilmesinden sorumludur. Bu süreç, bir enfeksiyon oluştuğunda doku hasarına ve iltihaplanmaya yol açar. Ek olarak, konağın immünolojik tepkisini bozma potansiyeline sahiptir. Dahası, rfb-o157 genleri, dış zarın bir bileşenini oluşturan ve konakçı bağışıklık sistemiyle etkileşim de dahil olmak üzere birçok role hizmet eden farklı bir lipopolisakkarit formunun sentezlenmesinden sorumludur. Bu çalışmada, Nasiriye Eğitim Hastanesi'nde ishal ve idrar yolu enfeksiyonu olan hastalardan 250 klinik örnek, tek kullanımlık steril idrar ve dışkı kapları kullanılarak toplanmıştır. Tüm örnekler zengin besiyerinde (Kanlı ii agar) üretilmiş, daha sonra sadece Gram-negatif bakterileri üretmek için diferansiyel ve seçici besiyerinde (MacConkey agar) kültürlenmiş ve ardından tüm Gram-negatif pozitif kültürler, sadece E. coli izolatlarını izole etmek için bir dizi biyokimyasal test kullanılarak değerlendirilmiştir. Tanımlamanın doğrulanması ve antibiyotik direnç profilinin incelenmesinin ardından otomatik VITEK Kompakt-2 sistemi kullanılmıştır. E. coli O157:H7 izolatını diğer E. coli izolatlarından ayırmak için tüm izolatlar diferansiyel besiyerinde (Sorbitol agar) kültüre alınmıştır. Saccharomyces bulradii sabouraud dekstroz üzerinde büyütülmüş ve daha sonra E. coli genlerinin ekspresyonu üzerindeki etkilerini değerlendirmek amacıyla bakteriyel besiyerine eklenmiştir. Bakterilerin biyofilm oluşturma kapasitesi mikrotiter plaka yöntemleri kullanılarak belirlenmiştir. Tüm virülans genleri geleneksel bir polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak tespit edilmiş ve daha sonra jel elektroforezi ile tespit edilmiştir. Shiga toksinleri genlerinin ekspresyonu, niceliksel bir gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak tahmin edilmiştir. E. coli filogenisi, 16S rRNA çıkarıldıktan sonra analiz edilmiştir. En yüksek E. coli O157:H7 ile enfekte hasta sayısı 6 (%46,20) 21-30 yaş grubuyla ilişkilendirilirken, (11-20 ve 41-50 yaş gruplarında daha düşük enfeksiyonlu hastalar tespit edilmiştir. O157:H7 olmayan hastaların aksine, en yüksek sayı 11-20 yaş grubunda 11 (%91,7) iken,

Özet (Çeviri)

Escherichia coli is a bacterium that has a reputation that may be both advantageous and disadvantageous. Certain types are crucial for maintaining gut health, while others have the potential to cause severe illnesses. An alarming characteristic of these pathogenic Escherichia coli is their increasing resistance to antibiotics and their strong inclination to build biofilms. Escherichia coli bacteria have shown a growing resistance to frequently used antibiotics. The main cause of this issue is essentially the excessive and incorrect use of antibiotics in both people and animals. Escherichia coli can aggregate and create cohesive, mucous-like coatings known as biofilms. Biofilms serve as strongholds, impeding the access of antibiotics and the immune system to eradicate the germs. Biofilms exacerbate the problem of antibiotic resistance. The compact nature of a biofilm provides a conducive environment for the survival of bacteria that are resistant to antibiotics, shielding them from the impact of these drugs. Shiga toxin, which is synthesized by some strains of Escherichia coli bacteria, is a very powerful antagonist in the realm of foodborne diseases. The Shiga toxin family consists of two primary variants: Stx1 and Stx2, both of which have the potential to cause significant harm to the human body. Specific variants, known as Shiga toxin-producing Escherichia coli, can generate these detrimental toxins, such as O157. H7 is well known for its propensity to induce sickness. Some strains of Escherichia coli possess a harmful collection of virulence factors, proteins, and structures that aid in causing disease. These include flic genes that produce flagella, which are hair-like structures used for movement, evading the immune system, and contributing to the formation of biofilms. Biofilms can increase resistance to treatment. The hlyA gene is responsible for producing a toxin known as hemolysin A, which can break down red blood cells. This process leads to tissue damage and inflammation when an infection occurs. Additionally, it has the potential to impair the immunological response of the host. Moreover, the rfb-o157 genes are accountable for synthesizing a distinct form of lipopolysaccharide, which constitutes a component of the outer membrane and serves many roles, including engagement with the host immune system. During this cross-sectional study, 250 clinical samples from patients at Nasiriyah Teaching Hospital with diarrhea and urinary tract infections were collected using disposable sterile urine and stool containers. All samples were grown on iv rich media (Blood agar), then cultured on differential and selective media (MacConkey agar) to grow only Gram-negative bacteria, and then all Gram-negative positive cultures were evaluated by using a series of biochemical tests to isolate only E. coli isolates. Following confirmed identification and investigation of the antibiotic resistance profile, the automated VITEK compact-2 system was used. To differentiate the E. coli O157:H7 isolate from other E. coli isolates, all isolates were cultured on differential media (Sorbitol agar). The Saccharomyces bulradii were growing on sabouraud dextrose and then added to the bacterial broth in order to evaluate their effects on the expression of E. coli genes. The biofilm formation capacity of bacteria was determined using microtiter plate methods. All virulence genes were detected using a conventional polymerase chain reaction and then detected by gel electrophoresis. T The expression of Shiga toxins genes was estimated using a quantitative real-time polymerase chain reaction. The E. coli phylogeny was analyzed after extracting 16S rRNA and sent to a determined sequencing Microgene company in Korea. The highest number of E. coli O157:H7- infected patients 6 (46.20%) was associated with the age group 21–30 years, while both age groups (11–20 and 41–50 years) were associated with lower-infected patients (8.3% and 14.3%, respectively). In contrast to the non-O157:H7 patients, the highest number was 11 (91.7%) in the age group 11–20 years, while the age groups

Benzer Tezler

  1. Tez No

    782324

    Molecular and epidemiological study of Streptococcus pneumonia in Thi-Qar province

    Thi-Qar eyaletinde Streptococcus pneumoniae'nın moleküler ve epidemiyolojik çalışması

    ALAA HAMEED MOHAMMED MOHAMMED

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ OKAN ÜRKER

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AMRAN MEZHER LAWAS

  2. Tez No

    765174

    Irak'ın Thi-Qar eyaletinde corona virüslü hastalarda moleküler ve fizyolojik çalışma

    Molecular and physiological study in patients with corona virus in Thi-Qar province Iraq

    MOHAMMED OBAID KHAZAAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    GenetikKırşehir Ahi Evran Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MURAT ÇANLI

    DOÇ. DR. ENAS ABDUL KAREEM CABBAR

  3. Tez No

    729665

    Evaluation of depression among patients with major thalassemia in thi-QAR heredity blood disease center

    Thi-QAR kalıtsal kan hastalıkları merkezinde majör talasemili hastalarda depresyonun değerlendirilmesi

    NAWRES ALI MOHAMMED ALSHADOOD

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    PsikiyatriÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Hemşirelik Bilimi Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SERDAR AYKUT

  4. Tez No

    726840

    Güney Irak/Thi Qar eyaletinde beş yıl altında ishal olan hastalarda rotavirus ve norovirus moleküler tespiti ve prevalansı

    Molecular detection and prevalence of rotavirus and norovirus among patients with diarrhea under five years in South Iraq/Thi Qar province

    SAJJAD YASIR ABDULLAH ALQARHAGHULI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyomühendislikKırşehir Ahi Evran Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MURAT ÇANLI

  5. Tez No

    750104

    Serological and molecular detection of hepatitis B among blood donors in thi-qar province

    Dikar eyaletindeki kan vericilerinde hepatıt B virüsünün seroprevalansı ve moleküler tespiti

    JASIM HASHIM HAMEEDI ALZAIDI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKER ŞİMŞEK

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BUSHRA JABBAR HAMAD

Geri Dön