Geri Dön

Investigation of conformational changes in antibodies using computational methods

Antikorlarda konformasyonel değişimlerin hesaplamalı yöntemlerle incelenmesi

  1. Tez No: 888294
  2. Yazar: MEHMET EMİN AYGEN
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ARZU UYAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biyomühendislik, Biochemistry, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 219

Özet

Antikorlar, insan vücudunda lenf düğümlerinde ve kanda dolaşan, antijenleri tespit ve nötralize eden büyük proteinlerdir. Antijenler epitop bölgelerinden etkileşime girerken, antikorlar paratop bölgelerinden etkileşime girerek spesifik olarak birbirlerine bağlanırlar. Proteinler olarak antikorlar dinamik yapılardır ve konformasyonel değişikliklere uğrarlar. Antijenler ve antikorlar arasındaki spesifik bağlanmanın bir sonucu olarak, her iki yapıda da büyük veya küçük konformasyonel değişikliklere yol açan bir alosterik etki meydana gelebilir. Hesaplamalı bilimler yöntemleri kullanılarak antikorlar, antijenler ve bunların komplekslerindeki alosterik etkinin detaylı olarak çalışılmadığı görülmüştür. Bu tez, antijen-antikor etkileşimi sonucunda oluşan kompleks yapıda alosterik değişimlerin meydana geldiği kritik amino asit bölgelerinin hesaplamalı yöntemler kullanılarak belirlenmesini amaçlamaktadır. Bu amaca ulaşmak için Protein Veri Bankası'ndan (PDB) seçilen yapılara“Temel Bölge Tarama Analizi (ESSA)”yöntemi uygulanarak antijen ve antikorlar üzerindeki olası ligand/protein bağlanma bölgeleri tahmin edilmiştir. Antikorlar, özellikle tamamlayıcılığı belirleyen bölgeler (CDRs) ve antijenler üzerindeki kritik amino asitler incelenen çoğu yapı için başarılı bir şekilde tahmin edilmiştir. Ayrıca, başarısız olunan yapılar için ilave araştırmalar yapılmış ve“ClustENMD”yöntemi kullanılarak konformasyonel örneklemeler geliştirilmiştir. İyileşmiş ESSA sonuçları elde edilmiş ve CDR'lar üzerindeki bazı amino asitler tespit edilmiştir. Yapı dinamiği üzerinden potansiyel bir alosterik etkiye sahip kritik amino asitlerin tespiti, terapötik monoclonal antikorların (mAb) geliştirilmesine potansiyel olarak katkıda bulunabilir. Bu tez, antikorların ve antijenlerin içsel dinamiklerinin daha iyi anlaşılmasını ve gözlemlenmesini sağlayacaktır.

Özet (Çeviri)

Antibodies are large proteins that circulate through the human body in the lymph nodes and blood, identifying and neutralizing antigens. Antigens interact from their epitope regions, whereas antibodies interact from their paratope regions to bind specifically to each other. Antibodies as proteins are dynamic structures and undergo conformational changes. As a result of specific binding between antigens and antibodies, an allosteric effect might occur, which leads to large or small conformational changes in both structures. It has been observed that the allostery in antibodies, antigens, and their complexes using computational sciences methods has not been studied in detail. This thesis aims to determine the critical amino acid regions where allosteric changes occur in the complex structure formed due to antigen-antibody interaction using computational methods. To achieve this goal,“Essential Site Scanning Analysis (ESSA)”method was applied to the structures selected from the PDB to predict the possible ligand/protein binding sites on antigens and antibodies. Critical residues on antibodies, especially on the complementarity-determining regions (CDRs), and antigens were successfully predicted for most of the cases studied. In addition, further investigation for unsuccessful cases was done, and conformational sampling was enhanced using“ClustENMD”method. Improved ESSA results were obtained, and a few residues were detected on CDRs. Detection of critical amino acids that have a potential allosteric effect on the dynamics can potentially contribute to the development of therapeutic mAbs. This thesis would provide a better understanding and observation of the intrinsic dynamics of antibodies and antigens.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    842126

    P53-TAD'nin DNA-PK enzimi tarafından fosforilasyonunun incelenmesi

    Investigation of phosphorylation of p53-TAD by DNA-PK enzyme

    MERVE ATEŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyokimyaRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SERAP PEKTAŞ

  2. Tez No

    329631

    İnfluenza A virüsüne ait sentetik peptidlerin polielektrolitlerle konjugasyon reaksiyonunun floresans rezonans enerji transferi ve diğer yöntemlerle incelenmesi

    Investigation of conjugation reaction synthetic peptides of Influenza A virus with polyelectrolytes by fluorescence resonance energy transfer and the other methods

    YASEMİN BUDAMA KILINÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. ZEYNEP MUSTAFAEVA AKDESTE

  3. Tez No

    748666

    Sübstitüe azol türevi taşıyıcı liganda sahip Platin(II) komplekslerinin sentezi ve antikanser aktivitelerinin araştırılması

    Investigation of synthesis and anticancer activities of Platinum (II) complexes with substituted azole derivatives carrier ligand

    ABUBAKER WISAM JABER AL-ALOOSI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Eczacılık ve FarmakolojiMersin Üniversitesi

    Farmasötik Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMRA UTKU

  4. Tez No

    776836

    The investigation of thermo-responsive polymers exhibiting LCST with interactions between water molecules by quantum mechanical methods

    LCST davranışı gösteren ısıya duyarlı polimerlerin su ile etkileşimlerinin kuantum mekanık yöntemlerle incelenmesi

    FATMA CAN KÜTÜK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Polimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURCAN TÜZÜN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BERKAY SÜTAY

  5. Tez No

    574780

    Experimental and mathematical investigation of mass transfer in food and hydrogel systems using magnetic resonance imaging and nMR relaxometry

    Gıda ve hidrojel sistemlerinde kütle transferi sürecinin manyetik rezonans görüntüleme ve nMR relaksometre ile deneysel ve matematiksel incelenmesi

    SEVİL ÇIKRIKCI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HALİL MECİT ÖZTOP

    PROF. DR. BEHİÇ MERT

Geri Dön