Geri Dön

Nanopor temelli dizileme yöntemiyle kronik obstrüktif akciğer hastalığında kapsamlı dairesel RNA profillemesi

Comprehensive circular RNA profiling in chronic obstructive respiratory disease using nanopore-based sequencing

  1. Tez No: 890529
  2. Yazar: ONUR OBUT
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ VAHAP ELDEM
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Zooloji, Biology, Zoology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Zooloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 53

Özet

Amfizem ve kronik bronşit, ilerleyici ve geri dönüşü olmayan hava yolu tıkanıklığıyla sonuçlanan kronik bir akciğer hastalığı olan Kronik Obstrüktif Akciğer Hastalığını (KOAH) tanımlayan iki durumdur. KOAH, dünya genelinde sıklıkla genetik, sigara içme ve hava kirliliği gibi bir dizi risk faktörünün etken olduğu morbidite ve mortalitenin önde gelen nedenidir. Daha öncesinde KOAH ile dairesel RNA'ların (circRNA) ilişkisi incelenmiş olsada uzun okuma metotu ile ilgili herhangi bir veri bulunmamaktadır. Günümüzde KOAH'IN daha iyi anlaşılmasında ve erken tanı amacıyla circRNA'ların biyobelirteç olarak kullanılmasında dizileme çalışmalarının büyük önemi vardır. Bu kapsamda, sigara içen ve içmeyen olmak üzere iki grup KOAH hastalarından akciğer dokuları alınarak RNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Uygun olan veri kalitesine sahip adaylar Oxford nanopor dizileme için seçilmiştir. Dizileme reaksiyonu için R9.4.1 akış hücresi kullanılmıştır ve toplam ~1.5 Gb okuma elde edilmiştir. Ardından yapılan biyoenformatik analizlerin sonucunda ise sigara içen grupta anlamlı olarak azalış gösteren hsa-RAB11FIP1_0002, hsa-WHAMM_0001 circRNA'ları tespit edilmiştir ve ileriki analizlerde miRNA'lar'ın KOAH ile olası bağlantıları ortaya çıkarılmıştır. Günümüzde sigara kullanımı artan yaşlı nüfusu da göz önünde bulundurulduğunda KOAH vakalarının ciddi oranda artması beklenmektedir. Bu nedenle gelecekte KOAH'da etkili olabilecek circRNA çalışmaları önem arz etmekedir

Özet (Çeviri)

Emphysema and chronic bronchitis are two conditions that define Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD), a chronic lung disease that results in progressive and irreversible airway obstruction. COPD is a leading cause of morbidity and mortality worldwide, often caused by several risk factors such as genetics, smoking, and air pollution. Although the relationship between COPD and circular RNAs (circRNAs) has been previously investigated, there is no data on the long-read method. Today, sequencing studies are of great importance in better understanding COPD and using circRNAs as biomarkers for early diagnosis. In this context, lung tissues were taken from two groups of COPD patients, smokers, and non-smokers, and RNA was isolated. Candidates with appropriate data quality were selected for Oxford nanopore sequencing. R9.4.1 flow cell was used for the sequencing reaction, and a total of ~1.5 Gb of reads were obtained. As a result of the subsequent bioinformatic analyses, hsa-RAB11FIP1_0002 and hsa-WHAMM_0001 circRNAs were detected, which showed a significant decrease in the smoking group, and further analyses revealed possible connections between miRNAs and COPD. Considering the increasing smoking habit in the elderly population, COPD cases are expected to increase significantly. Therefore, future studies on circRNAs that may be effective in COPD are essential.

Benzer Tezler

  1. Metalik damar stentlerinde restenoz riskini azaltıcı ve doğal endotelizasyon hızlandırıcı yenilikçi kaplamalar

    Innovative coatings for bare metallic vascular stents for reduction of restenosis and acceleration of natural endothelization

    ÇAĞATAY YELKARASI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA KAMİL ÜRGEN

  2. Generation of nanobody based chimeric antigen receptor constructs against CD19 positive B cell lymphomas

    CD19 pozitif B hücreli lenfomaya karşi nanokor temelli kimerik antijen reseptör modellerinin geliştirilmesi

    BÜŞRA ŞİMŞEK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER

  3. Nanopore sekanslama teknolojisi kullanılarak, kişi tanımlama kiti geliştirilmesi

    Development of human identification kit using nanopore sequencing technology

    BİLÇAĞ AKGÜN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Adli TıpEge Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERİŞTAH FERDA ÖZKINAY

  4. Surface integrated membrane nanomechanical and microwave coplanar waveguide based biosensors

    Yüzeye entegre membranlı nanomekanik ve mikrodalga eşdüzlemsel dalga kılavuzu temelli biyoalgılayıcılar

    LEVENT ASLANBAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Makine Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET SELİM HANAY

  5. Array platformlarında hassasiyeti arttırmak üzere diatomların kullanılması

    Using diatoms in array platforms to increase sensivity

    EBRU ÖZKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERHAN BİŞKİN