Kemikli balıklarda ovaryum ve kas gelişiminden sorumlu gen ifade ağının RNA-SEQ yöntemi ile ortaya konulması
Revealing gene expression networks involved in development of ovary and straited muscle in teleostei using RNA-SEQ method
- Tez No: 890531
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ VAHAP ELDEM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Zooloji, Biology, Zoology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Zooloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 135
Özet
Bu tez çalışmasında, tür sayısı bakımından tüm omurgalı hayvanların yarısını oluşturan kemikli balıklarda ekonomik önemi yüksek olan 35 tür seçilip kas ve ovaryum dokusunda ifadesinde anlamlı değişiklik gösteren genler RNA-Seq yöntemi ile incelenmiştir. Miyogenez ve oogenezin hücresel kontrolünde rol oynayan ana genler ve gen ifade ağları belirlenmiştir. NCBI SRA transkriptomik veri tabanından elde edilen yüksek ölçekli RNA-Seq verileri, uygun biyoinformatik yazılımlar ve araçlar kullanılarak analiz edilmiştir. Analizler sonucunda, kas ve ovaryum dokusunun çeşitli familyalara ait balıklarda belirlenen potansiyel ana genler biyoteknolojik genom düzenleme araçları için potansiyel aday hedefler olarak sunulmuştur. Çizgili kas dokusu, balıkların yenilebilir kısmının çoğunluğunu oluşturduğundan akuakültürde büyük bir öneme sahiptir. Ayrıca, omurgalı çizgili kasların çeşitliliği, balıkların çevresel adaptasyonlarını anlamak için önemli bir gösterge olup, evrimsel ve gelişimsel süreçlerin daha net anlaşılmasına katkıda bulunacaktır. Oogenez, balıkların üreme başarıları için kritik bir süreç olup, bu süreçte rol oynayan genlerin anlaşılması, üreme verimliliğini artırmaya yönelik stratejilerin geliştirilmesine katkıda bulunacaktır. Bu bağlamda, kas ve ovaryum gelişimini yöneten genlerin ve etkileşim ağlarının belirlenmesi ve bunlara ait gen panellerinin oluşturulması bunlara ait gen panellerinin oluşturulması, akuakültür ve balık biyolojisi açısından önemli bulgular sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
This thesis investigates the gene expression profiles in economically significant bony fish species, representing half of all vertebrate species, by analyzing genes with significant expression changes in muscle and ovary tissues using RNA-Seq methodology. This study, crucial for aquaculture, identifies hub genes and gene expression networks involved in myogenesis (muscle development) and oogenesis (egg development). High-throughput RNA-Seq data obtained from the NCBI SRA transcriptomic database were analyzed using appropriate bioinformatics software and tools. The analysis revealed potential hub genes in muscle and ovary tissues across various fish families, which may serve as candidate targets for biotechnological genome editing tools. Striated muscle tissue constitutes a significant portion of the edible parts of fish, underscoring its importance in aquaculture. Additionally, the diversity of striated muscles in vertebrates serves as an important indicator of environmental adaptation mechanisms and contributes to a better understanding of evolutionary and developmental processes. Oogenesis is critical for reproductive success in fish, and understanding the genes involved in this process can contribute to developing strategies to improve reproductive efficiency. In this context, identifying the genes responsible for muscle and ovary development and constructing gene panels for these processes will provide valuable insights for both aquaculture and fish biology.
Benzer Tezler
- Kemikli balıklarda RNA'ya bağlanan LARP6 proteinlerinin n-terminal alanının karakterizasyonu
Characterization of the n-terminal domain of the RNA-binding LARP6 proteins from teleost fish
HATİCE KÜLKÖYLÜOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyokimyaOndokuz Mayıs ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARİF GÖNÜLOL
YRD. DOÇ. DR. KAREN ADELL LEWIS
- Bazı kemikli balıklarda ektoparazitler
Ectoparasites on some fish species
GÖKÇE ÜNSAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Su ÜrünleriSinop ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET ÖZER
- Kuzey Ege denizi ve Bandırma Körfezi'ndeki bazı kemikli balıklarda metazoan ektoparazitlerin araştırılması
Research on metazoan ectoparasites of some teleost fish from North Aegean sea and Bandirma Bay
AHMET ÖKTENER
Doktora
Türkçe
2016
Su ÜrünleriBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. DİLEK TÜRKER
PROF. DR. ALİ ALAŞ
- Van balığı (Alburnus tarichi (Güldenstädt, 1814)) böbreğindeki değişimlerin üreme göçü sırasında histolojik olarak incelenmesi
Histological investigation of changes in the kidney during reproductive migration of van fish (Alburnus tarichi (Güldenstädt, 1814))
AYŞE NUR ERDEMİR
Doktora
Türkçe
2023
BiyolojiVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET REGAİB OĞUZ
- Güneydoğu Karadeniz'de trol avcılığına açık ve kapalı alanlarda avlanan av kompozisyonunun karşılaştırılması
Comparison of catch composition of demersal trawl fishery performed in open and closed fishing areas in Southern Blacksea
İLKAY ÖZCAN AKPINAR
Doktora
Türkçe
2015
Su ÜrünleriÇukurova ÜniversitesiSu Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ERHAN AKAMCA