Vitis cinsinde pmeıı (pektin metil esteraz inhibitör) genlerinin biyoinformatik değerlendirmesi ve bazı vitis türlerinde tuz stresinin PMEI genleri üzerine etkisinin in-silico analizi.
Bioinformatics evaluation of pmeii (pectin methyl esterase inhibitor) genes in vitis and in-silico PCR analysis on PMEI genes of salt stress in some vitis species.
- Tez No: 891692
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE DİLŞAT YEĞENOĞLU, PROF. DR. MELTEM SESLİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Manisa Celal Bayar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Bilimler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Pektin Metil esteraz İnhibitör (PMEI) genleri, bitkiler için çok önemli bir yere sahiptir. Bitkilerde stres yanıtı, bitki gelişimi, meyve oluşumu ve olgunluğu gibi birçok farklı biyolojik süreçte görev almaktadırlar. Bu çalışmada asma (Vitis) bitkisindeki PMEI genleri biyoinformatik analizler aracılığıyla in-silico incelenmiştir. Vitis vinifera türünde 46 gen, Vitis riparia türünde ise 43 gen PMEI genleri olarak saptanmış, VvPMEI ve VrPMEI olarak adlandırılmışlardır. Bulunan filogenetik ağaçlarda aynı sınıfta yer alan proteinlerin motif kalıplarının benzer olduğu görülmüştür. VvPMEI ve VrPMEI hedefleyen miRNA'lar bulunmuş, bu genlerin stres yanıtı ile ilişkileri saptanmaya çalışılmıştır. Vr-PMEI-9, VvPMEI-10, VvPMEI-18, VvPMEI-34 ve VvPMEI-35 genlerinin tuz, soğuk ve kuraklık stresi ile ilişkili olabilecek potansiyel genler olduğu görülmüş, bunun yanısıra meyve oluşumu, renklenme ve olgunlaşma ile ilişkili olabilecek potansiyel hedef genler belirlenmiştir. Ayrıca, veri tabanlarından elde edilen tuz stresine maruz kalmış asma gen dizilerinde gen ekspresyon düzeylerindeki değişimlerin in-silico olarak elde edilip edilmediği FastPCR programı denenerek araştırılmış ve gen ekspresyonundaki değişimleri belirleyebildiği görülmüştür. Sonuç olarak, elde edilen veriler ışığı altında bu çalışmanın daha ileride yapılacak araştırmalara ve ıslah çalışmalarına kaynak olabileceği düşünülmektedir. Tuz stresine ve diğer abiyotik strese dayanıklı çeşitlerin geliştirilmesinde in-silico çalışmaların zaman ve maliyetten tasarruf gibi birçok avantajının olduğu belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Pectin Methylesterase Inhibitor (PMEI) genes have a very important place for plants. They are involved in many different biological processes in plants such as stress response, plant development, fruit formation and maturity. In this study, PMEI genes in grapevine (Vitis) were examined in silico through bioinformatic analyses. 46 genes in Vitis vinifera and 43 genes in Vitis riparia were identified as PMEI genes and were named as VvPMEI and VrPMEI. It was observed that the motif patterns of the proteins in the same class were similar in the phylogenetic trees found. VvPMEI and VrPMEI targeting miRNAs were found and the relationships of these genes with stress response were tried to be determined. VvPMEI-10, VvPMEI-18, VvPMEI-34 and VvPMEI-35 genes were found to be potential genes related to salt, cold and drought stress, and potential target genes related to fruit formation, coloration and ripening were determined. In addition, the FastPCR program was used to investigate in-silico whether the changes in gene expression levels in grapevine gene sequences exposed to salt stress obtained from databases detected and it was seen that it could determine the changes in gene expression. As a result, it is thought that this study can be a source for further research and breeding studies. It was determined that in-silico studies have many advantages such as saving time and cost in the development of varieties resistant to salt stress and other abiotic stresses.
Benzer Tezler
- Kokulu kara üzüm (Vitis labrusca L.) meyvesinin farklı tekniklerle kurutularak bisküvi üretiminde kullanımı
The use of foxy grape (Vitis labrusca L.) fruit by drying with different techniques in the biscuit production
TUĞBA USTA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Gıda MühendisliğiNecmettin Erbakan ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİLGÜN ERTAŞ
- Bazı üzüm çeşitlerinde farklı proses uygulamalarının üzüm şırasının aroma bileşenleri üzerindeki etkisi
The effect of different process conditions on aromatic compounds of must in some grape varieties
YALÇIN GÜÇER
Doktora
Türkçe
2016
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENDER SİNAN POYRAZOĞLU
- Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü EST (Expressed Sequence Tag) koleksiyonlarından üzüm mikrosatellit lokuslarının tanımlanması
Description of grape microsatellite loci rom EST (Expressed Sequence Tag) data set belongs to Ankara University Biotechnology Institute
UMUT KİBAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ ERGÜL
- Hatay ve Gaziantep illerindeki bağ alanlarında görülen önemli vi̇rüs hastalıklarının serolojik ve moleküler yöntemlerle tanılanması
Detection of important virus diseases in Hatay and Gaziantep vineyards by serological and molecular techniques
ECE DEĞER
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
ZiraatMustafa Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KADRİYE ÇAĞLAYAN
- Detection and molecular diversity of grapevine leaf roll- associated virus 2 and 4 in Palestine
Filistin'de grapevıne leaf roll- assocıated vırus2 ve 4'ün saptanması ve moleküler çeşitliliği
FIDAA S.K. ARAFAH
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHARREM ARAP KAMBEROĞLU