Klinik örneklerden izole edilen 'klebsıellapneumonıae' izolatlarında kolistin duyarlılığınındeğerlendirilmesinde altın standartmikrodilüsyon ve güncel otomatize ticarisistemin performans kıyaslaması ve mcr genvarlığının araştırılması
Performance Comparison of Gold Standard Microdilution and CurrentAutomated Commercial System in the Evaluation of ColistinSusceptibility in 'Klebsiella Pneumoniae' Isolates from Clinical Samplesand Investigation of mcr Gene Presence
- Tez No: 893164
- Danışmanlar: PROF. DR. BEDİA DİNÇ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Ankara Bilkent Şehir Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Amaç: Kolistin özellikle çoklu ilaca dirençli Gram negatif bakterilerin tedavisinde son çare olarak kullanılmaktadır. Standart sıvı mikrodilüsyon (SMD) yöntemi, kolistin duyarlılık testlerinde EUCAST tarafından referans olarak kabul edilir. Ticari otomatize sistemler ise hızlı sonuçlar, tekrarlanabilirlik ve iş yükünün azalması gibi avantajlar sunar. Ancak daha önceki çalışmalar, çok büyük hata oranlarının yüksek olması sebebiyle ticari otomatize sistemleri kolistin duyarlılık tespiti için önermemiştir. Günümüzde hayvancılık sektöründe yoğun kullanımı sonucu bakteriler kolistine karşı da direnç geliştirmeye başlamıştır. Direnç mekanizmaları arasında PmrAB ve PhoPQ gibi çift bileşenli sistemlerin aktivasyonu, lipid A biyosentezini etkileyen mutasyonlar, dışa atım pompaları ve plazmid aracılığıyla mobil kolistin direnç genleri (mcr) bulunmaktadır. mcr genleri, kolistine direnç gelişiminde önemli bir tehdit oluşturmakta ve türler arası kolistin direncinin yayılımına neden olup, endişe yaratmaktadır. Bu çalışmanın amacı, K. pneumoniae izolatlarında kolistin duyarlılık testi için kullanılan ticari otomatize sistemin referans yöntemle performansının karşılaştırılması ve izolatlarda mcr gen varlığını PCR ile saptayarak, hastane enfeksiyonlarındaki kolistin direncinin ve etkili tanı yöntemlerinin belirlenmesine katkı sağlamaktır. Gereç ve Yöntem: Sağlık Bilimleri Üniversitesi Ankara Bilkent Şehir Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına Temmuz 2023 ile Aralık 2023 tarihleri arasında ulaşan klinik örneklerden (apse, kan, idrar, vs.) elde edilen ve MALDI- TOF MS ile tanımlanan 284 Klebsiella pneumoniae izolatında, kolistin standart sıvı mikrodilüsyon (SMD) yöntemi ve VITEK 2 otomatize sistemi kullanılarak kolistin duyarlılık testi gerçekleştirildi. Kolistin dirençli izolatlar, multipleks qPCR kullanılarak mcr (1-10) gen varlığı açısından incelendi. Bulgular: Hastaların yaş ortalaması 61,5±24,1 idi ve %58,1 erkekti. Kolistin duyarlılığı açısından, izolatların %52,1'i SMD'a göre duyarlı bulunurken, VITEK 2 ile bu oran %49,3 olarak belirlendi. Karşılaştırma sonuçlarına göre, VITEK 2 ile SMD yöntemi arasında KU oranı %96,6 ve EU oranı %93,0, BH oranı %3,3 ÇBH oranı %0,1 olarak belirlendi. Kolistin direnci olan izolatlarda eravasiklin ve seftazidim avibaktam haricinde diğer antibiyotiklere karşı da %90'ın üzerinde direnç saptandı. Çalışılan 136 kolistin dirençli izolatın hiçbirinde mcr 1-10 geni saptanmadı. Sonuç: Yoğun bakımda yatan hastalarda elde edilen K. pneumoniae izolatlarının %75,73'ü SMD'a göre kolistin dirençlidir. Bu durum, hastane enfeksiyonlarının yönetiminde endişe vermektedir. Çalışmamızda diğer çalışmalardan farklı olarak, ticari otomatize sistemin dirençli sonuç vermeye yani büyük hata yapmaya daha yatkın olduğu bulunmuştur. VITEK2 KU, EU ve ÇBH açısından kabul edilebilir oranlara sahipken BH oranları kabul edilebilir sınırların dışında bulunmuştur. Diğer klinik çalışmalarla benzer olarak kolistin dirençli K. pneumoniae izolatlarında mcr geni tespit edilmemiştir.
Özet (Çeviri)
Objective: Colistin is increasingly used as a last choice treatment for multidrug- resistant Gram-negative bacteria. However, its efficacy is threatened by the emergence of resistance mechanisms, including the spread of mobile colistin resistance (mcr) genes. This study aims to compare the performance of a commercial automated system with the reference method for colistin susceptibility testing and to determine the presence of mcr genes in Klebsiella pneumoniae isolates. Materials and Methods: A total of 284 Klebsiella pneumoniae isolates obtained between July 2023 and December 2023 were subjected to colistin susceptibility testing using both the standard broth microdilution method and the VITEK 2 automated system. Isolates were collected from various clinical specimens. Phenotypically colistin resistant isolates were screened for the presence of mcr (1-10) genes using multiplex qPCR. Results: The average age of patients was 61.5±24.1 years, with 58.1% being male. While 52.1% of isolates were susceptible to colistin according to SMD, this rate was 49.3% with VITEK 2. The comparison revealed an acceptable very major error (VME) rate of 0.1%, essential agreement (EA) of 93.0%, and categorical agreement (CA) of 96.6% between VITEK 2 and SMD. But an unacceptable major error (ME) rate of 3.3% was also observed in the comparison between VITEK 2 and SMD. Isolates resistant to colistin showed resistance rates of over 90% against other antibiotics except eravacycline and ceftazidime-avibactam. Of the 136 studied colistin resistant isolates, none harboured mcr1-10 gene. Conclusion: A concerning prevalence of colistin resistance was observed among K. pneumoniae isolates from ICU patients. In contrast to previous studies, our research indicates a higher likelihood of colistin-resistant outcomes with the automated system, suggesting an increased propensity for ME. Although VITEK 2 demonstrated acceptable VME, EA and CA, the elevated ME rates underscore the need for caution. Similarly to other studies, mcr gene was not detected in colistin resistant K. pneumoniae isolates.
Benzer Tezler
- Çeşitli klinik örneklerden izole ediLen Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii ve Pseudomonas aeruginosa izolatlarında kolistin direncinin saptanmasında otomatize sistem ve sıvı mikrodilüsyon sonuçlarının karşılaştırlıması
Comparison of automated system and liquid microdilutionresults in determination of colistin resistance in isolates ofKlebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii andPseudomonas aeruginosa isolated from various clinicalsamples
BEGÜM ZEYNEP ŞEREFOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZLEM KİRİŞÇİ
- Klebsiella pneumoniae izolatlarında kolistin direncinin farklı yöntemlerle belirlenerek MCR direnç genlerinin araştırılması
Investigation of MCR resistance genes by determining colistin resistance in Klebsiella pneumoniae isolats by different methods
KÜBRA NUR TUTAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET PARLAK
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE ÖZKAÇMAZ
- Hastanemizde klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli klebsiella pneumoniae suşlarındaki fosfomisin direnç durumlarının araştırılması
Başlık çevirisi yok
UĞUR KÜÇÜKSU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜNEVVER UFUK HASDEMİR
- Farklı klinik numunelerden izole edilen e. coli ve klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem, kinolon, kolistin direncinin araştırılması ve karbapenem dirençli suşlarda multipleks pcr yöntemi ile kpc, ndm, vım, oxa-48, ımp-1 genlerin tespiti
An investigation of carbapenem, quinolone and colistin resistance in e. coli and klebsiella pneumoniae strains isolated from different clinical samples and detection of kpc, ndm, vim, oxa-48, imp-1 genes by multiplex pcr in carbapenem-resistant strains.
ÖZGE ALKAN BİLİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
MikrobiyolojiHarran ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BAYRAKTAR
- Kolistin dirençli klebsiella pneumoniae izolatlarında plazmid aracılı direnç mekanizmalarının araştırılması
Investigation of plasmid mediated resistance mechanisms in colistin resistant klebsiella pneumoniae isolates
FATMA ERDOĞAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiZonguldak Bülent Ecevit ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FÜSUN CÖMERT