Characterization of SOX7 transcription factor that is located in recurrently deleted 8p23.1 locus on development and drug resistance of multiple myeloma through molecular, epigenomic, and transcriptomic approaches
Sıklıkla delesyona uğrayan 8p23.1 lokusunda yer alan SOX7 transkripsiyon faktörünün multipl miyelom gelişimi ve tedavi direncindeki rolünün moleküler, epigenomik, ve transkriptomik yöntemlerle karakterizasyonu
- Tez No: 897804
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CAN KÜÇÜK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Hematoloji, Onkoloji, Genetics, Hematology, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 65
Özet
Multipl miyelom (MM), plazma hücrelerinin anormal çoğalmasından kaynaklanan yaygın bir hematolojik kanserdir. Şifası olmamakla birlikte, nüks hastalarda ilaç direnci görülmektedir. Bu bağlamda, MM gelişimini ve tedavi direncinin ardındaki mekanizmaları araştırmak önem taşımaktadır. SOX7, sıklıkla delesyona uğrayan 8p23.1 lokusunda bulunan bir tümör baskılayıcı gen adayı olup, literatürde çeşitli kanser tipleri için tümör baskılayıcı özellikleri gösterilmiştir. Ancak daha önce multipl miyelomda incelenmemiştir. Bu çalışmada, qPCR ve bisülfit dizileme analizleri ile SOX7'nin MM hücre hatlarında delesyon ve/veya promotör hipermetilasyonu yoluyla sessizleştiğini gösterdik. Western blot ile SOX7'nin MM hücrelerinde protein düzeyinde ifade edilmediği gözlemlendi. Harici SOX7 ifadesinin MM hücrelerinde G1 fazında hücre döngüsü tutuklanmasına yol açabileceğini ve apoptozu tetikleyebileceğini gözlemledik. Panobinostat muamelesinin SOX7 mRNA seviyelerinde artışa neden olduğu, apoptozu tetiklediği ve MM hücre hatlarında G1 veya S fazında hücre döngüsü tutuklanmasına neden olduğu gözlemlendi. Ancak, apoptoz seviyelerinde anlamlı bir artış olmadığından, harici SOX7 ifadesinin bortezomib duyarlılığını arttırmamaktadır. Harici SOX7 ifadesi sonrası farklı ifade edilen genleri ve SOX7 hedef genlerini bulmak için tüm transkriptom dizileme ve kromatin immünopresipitasyon dizileme deneylerini gerçekleştirdik. Sonuç olarak, bulgularımız doğrultusunda SOX7'yi MM'de bir tümör baskılayıcı gen olarak karakterize ettik; ve MM'de prognostik bir biyobelirteç veya terapötik hedef olma potansiyelini gösterdik.
Özet (Çeviri)
Multiple myeloma (MM) is a common hematological cancer, originating from abnormal proliferation of plasma cells. Current treatments do not result in recovery; and cancer relapses with drug resistance. Hence, it is crucial to investigate the mechanism behind MM development and therapy resistance. SOX7 is a candidate tumor suppressor gene in recurrently deleted 8p23.1 locus. Its tumor suppressor properties were shown in various cancer types. However, it was not studied in multiple myeloma before. In this study, qPCR and bisulfite sequencing analyses showed that SOX7 is silenced in MM cell lines via deletion and/or promoter hypermethylation. Western blot showed that SOX7 is not expressed in MM cell lines. We found that ectopic expression of SOX7 can result in cell cycle arrest in G1 phase and trigger apoptosis in MM cells. Panobinostat treatment resulted in increase in SOX7 mRNA levels, triggered apoptosis and caused cell cycle arrest in G1 or S phase in MM cell lines. However, we did not find any additive or synergistic effect between ectopic SOX7 expression and bortezomib as there was no significant increase in apoptosis levels. We performed whole transcriptome sequencing and chromatin immunoprecipitation sequencing to identify differentially expressed genes and SOX7 target genes respectively, when SOX7 was ectopically expressed. In conclusion, we characterized SOX7 in MM as a tumor suppressor gene and showed its potential as a therapeutic target in MM.
Benzer Tezler
- Vankomisin içeren Poli(D,L-laktik-ko-glikolik asit) implantların karakterizasyonu ve in vitro-in vivo salım davranışlarının incelenmesi
Characterization of vancomycin containing poly(d,l-lactide-co-glycolide) implants and investigation of their in vitro-in vivo release behaviour
YILDIZ ÖZALP
Doktora
Türkçe
1997
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURTEN ÖZDEMİR
- Characterization of arylamine N-acetyltransferase in tissues from human breast cancer
İnsan kanserli meme dokusunda arilamin N-asetiltransferaz enziminin karakterizasyonu
YAŞASIN SENEM GEYLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TÜLİN GÜRAY
- Characterization of Aspergillus oryzae transformed with a plasmid carrying alfa-amylase gene
(Alfa)-amilaz geni taşıyan bir plazmid ile transforme edilmiş aspergillus aryzae'nin karakterizasyonu
GÖKHAN TOLUN
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ
- Characterization of membrane phospholipids and proteins of some wheat (Triticum aestivum l.) varieties under salt and drougth stress conditions
Buğday (Triticum aestivum l.) bazı çeşitlerinin tuz ve kuraklık stresi altında hücre zarı fosfolipitlerinin ve proteinlerinin tanımlanması
E.SEMA TORAMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL YÜCEL
- Characterization of the Küçük Menderes River basin aquifer system
Küçük Menderes Nehri Havzası akifer sisteminin karakterizasyonu
KORAY KAMİL YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Jeoloji MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN YAZICIGİL