Characterization of SOX7 transcription factor that is located in recurrently deleted 8p23.1 locus on development and drug resistance of multiple myeloma through molecular, epigenomic, and transcriptomic approaches
Sıklıkla delesyona uğrayan 8p23.1 lokusunda yer alan SOX7 transkripsiyon faktörünün multipl miyelom gelişimi ve tedavi direncindeki rolünün moleküler, epigenomik, ve transkriptomik yöntemlerle karakterizasyonu
- Tez No: 897804
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CAN KÜÇÜK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Hematoloji, Onkoloji, Genetics, Hematology, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 65
Özet
Multipl miyelom (MM), plazma hücrelerinin anormal çoğalmasından kaynaklanan yaygın bir hematolojik kanserdir. Şifası olmamakla birlikte, nüks hastalarda ilaç direnci görülmektedir. Bu bağlamda, MM gelişimini ve tedavi direncinin ardındaki mekanizmaları araştırmak önem taşımaktadır. SOX7, sıklıkla delesyona uğrayan 8p23.1 lokusunda bulunan bir tümör baskılayıcı gen adayı olup, literatürde çeşitli kanser tipleri için tümör baskılayıcı özellikleri gösterilmiştir. Ancak daha önce multipl miyelomda incelenmemiştir. Bu çalışmada, qPCR ve bisülfit dizileme analizleri ile SOX7'nin MM hücre hatlarında delesyon ve/veya promotör hipermetilasyonu yoluyla sessizleştiğini gösterdik. Western blot ile SOX7'nin MM hücrelerinde protein düzeyinde ifade edilmediği gözlemlendi. Harici SOX7 ifadesinin MM hücrelerinde G1 fazında hücre döngüsü tutuklanmasına yol açabileceğini ve apoptozu tetikleyebileceğini gözlemledik. Panobinostat muamelesinin SOX7 mRNA seviyelerinde artışa neden olduğu, apoptozu tetiklediği ve MM hücre hatlarında G1 veya S fazında hücre döngüsü tutuklanmasına neden olduğu gözlemlendi. Ancak, apoptoz seviyelerinde anlamlı bir artış olmadığından, harici SOX7 ifadesinin bortezomib duyarlılığını arttırmamaktadır. Harici SOX7 ifadesi sonrası farklı ifade edilen genleri ve SOX7 hedef genlerini bulmak için tüm transkriptom dizileme ve kromatin immünopresipitasyon dizileme deneylerini gerçekleştirdik. Sonuç olarak, bulgularımız doğrultusunda SOX7'yi MM'de bir tümör baskılayıcı gen olarak karakterize ettik; ve MM'de prognostik bir biyobelirteç veya terapötik hedef olma potansiyelini gösterdik.
Özet (Çeviri)
Multiple myeloma (MM) is a common hematological cancer, originating from abnormal proliferation of plasma cells. Current treatments do not result in recovery; and cancer relapses with drug resistance. Hence, it is crucial to investigate the mechanism behind MM development and therapy resistance. SOX7 is a candidate tumor suppressor gene in recurrently deleted 8p23.1 locus. Its tumor suppressor properties were shown in various cancer types. However, it was not studied in multiple myeloma before. In this study, qPCR and bisulfite sequencing analyses showed that SOX7 is silenced in MM cell lines via deletion and/or promoter hypermethylation. Western blot showed that SOX7 is not expressed in MM cell lines. We found that ectopic expression of SOX7 can result in cell cycle arrest in G1 phase and trigger apoptosis in MM cells. Panobinostat treatment resulted in increase in SOX7 mRNA levels, triggered apoptosis and caused cell cycle arrest in G1 or S phase in MM cell lines. However, we did not find any additive or synergistic effect between ectopic SOX7 expression and bortezomib as there was no significant increase in apoptosis levels. We performed whole transcriptome sequencing and chromatin immunoprecipitation sequencing to identify differentially expressed genes and SOX7 target genes respectively, when SOX7 was ectopically expressed. In conclusion, we characterized SOX7 in MM as a tumor suppressor gene and showed its potential as a therapeutic target in MM.
Benzer Tezler
- Borlanmış AISI M35 ve AISI M42 çeliklerinin karakterizasyonu ve aşınma davranışlarının incelenmesi
Characterization of the boronized AISI M35 & M42 steels and investigation of the wear behavior
MEHMET KÜÇÜKKURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Metalurji MühendisliğiAfyon Kocatepe ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HALİL AYTEKİN
- RF saçtırma yöntemi ile biriktirilen CdS ve ZnS ince filmlerin karakterizasyonu ve heteroeklem üretiminde kullanılması
Characterization of CdS and ZnS thin films deposited by RF sputtering method and usage in the fabrication heterojunctions
CİHAT BOZKAPLAN
Doktora
Türkçe
2015
Fizik ve Fizik MühendisliğiDicle ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL AKKILIÇ
- Küçükbaş hayvan derilerindeki ılımlı halofil bakterilerin karakterizasyonu
Characterization of moderately halophilic bacteria found on the sheep and goat skins
PINAR ÇAĞLAYAN
Doktora
Türkçe
2015
BiyolojiMarmara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL BİRBİR
PROF. DR. ANTONIO VENTOSA
- Elmada 'Kaşel 37xdelbarestivale' f1 populasyonunda bazı meyve kalite kriterlerinin karakterizasyonu
Characterization of some of the fruit quality characteristics on apple 'Kasel 37xdelbarestivale' f1 population
MURAT AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESİBE EBRU KAFKAS
- Characterization of fly ashes from thermal power plants in Turkey
Türkiye termik santrallerinden elde edilen uçucu küllerin karakterizasyonu
MELTEM TANGÜLER BAYRAMTAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
İnşaat MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. ÇAĞLA MERAL