Süt ve süt ürünlerinden izole edilen staphylococcus aureus suşlarının stafilolokokal protein a (SPA) dizi tiplemesi ve SPA lokusunun yüksek çözünürlüklü erime analizi
Staphylococcal protein a (SPA) sequence typing of staphylococcus aureus strains isolated from milk and dairy products and high resolution melting analysis of the SPA locus
- Tez No: 903898
- Danışmanlar: PROF. DR. BİRCE TABAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Staphylococcus aureus, yüksek çözünürlüklü erime analizi (HRM), stafilolokokal protein A (spa) tiplendirmesi, çiğ süt, peynir, Staphylococcus aureus, high resolution melting analysis (HRM), staphylococcal protein A (spa) typing, raw milk, cheese
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Süt Teknolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 62
Özet
S. aureus'un önemli bir virülans faktörü, spa geni tarafından kodlanan yüzey Ig-bağlayıcı protein A'dır. spa geni, C-terminal hücre duvarı bağlanma dizisi içinde yer alan X bölgesindeki 24 bç'lik tekrarların değişen sayıları nedeniyle önemli boyut polimorfizmi göstermektedir. Bu tekrarlardaki varyasyon S. aureus suşları arasında farklılık gösterdiğinden onu, S. aureus suşlarının sınıflandırılmasında ve gıda kaynaklı hastalıkların epidemiyolojik olarak izlenmesinde elverişli hale getirmektedir. Spa tiplemesi, spa geninin kısa tekrarlı veya polimorfik X bölgesini tiplemek için kullanılan özgün ve hızlı bir yöntemdir. Bir diğer yöntem, DNA amplikonlarının erime davranışının bilgisayar analizini kullanan HRM analizidir. Bu tez çalışmasında da, Ocak 2020 - Mayıs 2021 döneminde İç Anadolu ve Akdeniz Bölgeleri'nin çeşitli yörelerinden süt işletmelerine gelen çiğ sütlerden ve bu yörelerde üretilerek çeşitli satış noktalarında satışa sunulan süt ürünlerinden önceki çalışmalardan izole edilerek tanımlanan toplam 27 adet S. aureus ve MRSA suşlarının spa tiplemesinin yapılması, farklı ve yeni spa tiplerinin olup olmadığı ve bu spa tiplerinin ayrımında HRM yönteminin performansının ortaya konulması amaçlanmıştır. spa tiplemesi sonucunda t044, t084, t127, t189, t197, t223, t359, t442, t529, t571 ve t701 olmak üzere 11 farklı spa tipi tanımlanmıştır. Bu sonuçlar, mevcut spa tipi veri tabanlarıyla karşılaştırıldığında, 4 adet suşun Kreiswirth ve Ridom veri tabanlarıyla eşleşmediği ve bunların yeni spa tipleri olduğunu düşünülmektedir. Aynı gen bölgesini çoğaltan primerler kullanılarak yapılan HRM analizi ile bu 27 adet suşun 23 adedinin başarılı bir şekilde birbirinden ayırt edildiği belirlenmiştir. Ancak HRM analizi ile birbirlerinden ayırt edilemeyen t442 ile t350 ve t701 ile t189 gibi spa tiplerinin olduğu da belirlenmiştir. Elde edilen veriler, HRM yöntemi kullanılarak bu spa tiplerinin birbirinden ayırt edilme potansiyelini ve spa tipleme veri tabanlarına yeni yerel tiplerin eklenmesini sağlamıştır. HRM yönteminin S. aureus spa tiplerini belirlemek için başarıyla kullanılabileceğini ve daha fazla laboratuvar çalışması gerektiren ve nispeten pahalı olan geleneksel spa tipleme yöntemine bir alternatif sunduğunu göstermiştir. Eylül 2024, 55 sayfa
Özet (Çeviri)
An important virulence factor of S. aureus is surface Ig-binding protein A, encoded by the spa gene. The spa gene displays significant size polymorphism due to the variable numbers of 24 bp repeats in the X region within the C-terminal cell wall binding sequence. The variation in these repeats varies among S. aureus strains, making it useful for the classification of S. aureus strains and for the epidemiological monitoring of foodborne diseases. spa typing is a specific and rapid method for typing the short repeat or polymorphic X region of the spa gene. Another method is HRM analysis, which uses computer analysis of the melting behaviour of DNA amplicons. In this thesis study it was aimed to perform spa typing of a total of 27 S. aureus and MRSA strains, which were successfully isolated and identified in advance studies from raw milk coming to dairy enterprises from various areas of Central Anatolia and Mediterranean Regions and from dairy products produced in these regions and offered for sale in various sales points between January 2020 and May 2021, to determine whether there are different and new spa types and to reveal the performance of the HRM method in distinguishing these spa types. spa typing identified 11 different spa types: t044, t084, t127, t189, t197, t223, t359, t442, t529, t571, and t701. When these results were compared with existing spa type databases, it was found that 4 strains did not match the Kreiswirth and Ridom databases, suggesting that they were new spa types. It was determined that 23 out of 27 strains were successfully distinguished from each other by HRM analysis using primers that amplified the same gene region. However, it was also determined that there were spa types such as t442 and t350 and t701 and t189 that could not be distinguished from each other by HRM analysis. The data obtained provided the potential to distinguish these spa types from each other using the HRM method and to add new local types to the spa typing databases. It was shown that the HRM method can be successfully used to determine S. aureus spa types and offers an alternative to the traditional spa typing method, which requires more laboratory work and is relatively expensive. September 2024, 55 pages
Benzer Tezler
- Kahramanmaraş ili merkez ve çevresindeki çeşitli firma ve mandıralardan temin edilen çiğ keçi sütlerinden staphylococcus türlerinin izolasyonu ve virülans faktörlerinin moleküler yöntem ile araştırılması
Isolation of staphylococcus species from raw goat milk procured from various firms and dairies in and around Kahramanmaraş province and investigation of virulence factors by molecular method
ÜMMÜGÜLSÜM KÜÇÜKÖNDER UNCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEZBAN TÜLAY YALÇINKAYA
- Süt ürünlerinden izole edilen staphylococcus aureus suşlarında icaA ve icaD genlerinin ve biyofilm üretiminin tespiti
Detection of icaA and icaD genes and biofilm production in Staphylococcus aureus strains isolated from milk products
BURCU ESKİCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
GenetikNecmettin Erbakan ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMRAH TORLAK
- Süt ve fermente ürünlerden izole edilen bazı bacillus bakterilerinin antimikrobiyal aktivite, PHB üretim ve plazmid DNA'larının incelenmesi
Studying of antimicrobial activities, PHB productions and plasmid DNA of some bacillus bacteria isolated from milk and fermented products
EBRU KALAYLI
- Piyasada satışa sunulan peynirlerden elde edilen jenerik Escherichia coli ve Staphylococcus aureus suşlarının antibiyotik dirençliliklerinin belirlenerek, mastitis kontrol ve tedavi programlarında kullanılan antibiyotiklerle ilişkisinin belirlenmesi
Antibiotic resistance of generic Escherichia coli and Staphylococcus aureus isolated from cheese samples sold in retail markets and correlation between antibiotics used as preventative and therapeutic measures in mastitis
CAN ATABEY
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Besin Hijyeni ve TeknolojisiAdnan Menderes ÜniversitesiBesin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERGÜN ÖMER GÖKSOY
- Probiyotik özellik gösteren bazı maya suşları ve laktik asit bakterilerinin etkileşimlerinin araştırılması
Investigation of the interaction between probiotic yeasts and lactic acid bacteria
HATİCE YILDIRAN
Doktora
Türkçe
2017
Gıda MühendisliğiSüleyman Demirel ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYNUR GÜL KARAHAN
DOÇ. DR. GÜLDEN BAŞYİĞİT KILIÇ