Genome-wide association study in common bean under iron deficiency
Demir eksikliğinde fasulyede genom çapında ilişkilendirme çalışması
- Tez No: 906226
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRE AKSOY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 121
Özet
Fasulye, dünyadaki önemli baklagil bitkilerinden biridir. Üretimi ve verimi topraktaki demir eksikliğinden oldukça etkilenmektedir. Önemine rağmen, fasulyede demir eksikliği toleransının altında yatan genetik mekanizmalar konusunda literatürde bir boşluk bulunmaktadır. Bu tez, demir eksikliği koşulları altında bir fasulye genotip havuzunun kök ve toprak üstü özelliklerini değerlendirerek ve demir eksikliği toleransıyla bağlantılı önemli genetik markörleri belirleyerek bu boşluğu doldurmayı amaçlamaktadır. Bu çalışmada, Türkiye'nin 19 ilinden 133 yerel fasulye çeşidi ve 3 ticari çeşit, 13 gün boyunca demir eksikliği koşullarında topraksız sistemde yetiştirilmiştir. Demir eksikliğinin etkisini değerlendirmek için çeşitli kök ve yeşil aksam özellikleri ölçülmüştür. R Studio'da GAPIT paketi kullanılarak bu fenotipik veriler, 7900 DArT-seq marköründen elde edilen genotipik verilerle ilişkilendirilmiştir. Genom çapında ilişkilendirme çalışması (GWAS) aracılığıyla, FCR aktivitesi, kök taze ağırlığı ve toplam kök alanı ile yüksek ilişkili yedi önemli markör belirlenmiştir. Ardından bu markörlerin yakınındaki potansiyel aday genler belirlenmiş ve gen ontoloji analizi yapılmıştır. Ayrıca, bu çalışma kapsamında, demir eksikliğine en toleranslı ve en hassas beşer fasulye aksesyonu belirlenmiştir; dolayısıyla bu çalışma, demir eksikliği görülen topraklarda üretimi önemli ölçüde artırabilecek daha dayanıklı fasulye çeşitlerinin geliştirilmesi için bir temel sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Common bean is one of the most important legume crops in the world. Its production and yield are highly affected by iron deficiency in the soil. Despite its significance, there is a gap in the literature regarding the genetic mechanisms underlying iron deficiency tolerance in common beans. This thesis aims to fill this gap by evaluating the root and above-ground characteristics of a pool of common bean accessions under iron deficiency conditions and identifying significant genetic markers linked to iron deficiency tolerance. In this study, 133 common bean landraces and 3 commercial cultivars from 19 provinces in Türkiye were grown in hydroponic systems under iron-deficient conditions for 13 days. Various root and above-ground traits were measured to assess the impact of iron deficiency. Using the GAPIT package in R Studio, these phenotypic data were associated with genotypic data obtained from 7900 DArT-seq markers. Through genome-wide association studies (GWAS), seven significant markers were identified significantly associated with FCR activity, root fresh weight, and total root area. Then, several potential candidate genes near these markers were identified and subsequent gene ontology analysis was done. Besides, five of the most tolerant and five of the most sensitive common bean accessions were identified, therefore, this study offers a foundation for developing more resilient common bean cultivars, which could significantly enhance productivity in iron-deficient soils.
Benzer Tezler
- Türk fasulye genetik kaynaklarında bazı agronomik özellikler için genomik bölgelerin genom çapı ilişkili çalışmalar (GWAS) ile tanımlanması
Identification of genomic regions for various agronomic traits in turkish common bean germplasm with genome wide association studies (GWAS)
MUHAMMAD AZHAR NADEEM
Doktora
Türkçe
2019
ZiraatBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FAHEEM SHAHZAD BALOCH
- Fasulye'de DGK (Diacylglycerol kinaz) genlerinin genom düzeyinde tanımlanması ve gen ifade düzeylerinin abiyotik stres faktörleri ile ilişkisi
Genome-wide identification of DGK (Diacylglycerol kinase) genes in common bean and association of gene expression levels with abiotic stress factors
MEHMET ZAHİT YEKEN
Doktora
Türkçe
2021
ZiraatBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VAHDETTİN ÇİFTÇİ
DOÇ. DR. GÖKSEL ÖZER
- Üveiti olan ve olmayan behçet hastalarında CPLX1 ve MEFV gen mutasyonu sıklıklarının araştırılması
Evaluation of CPLX1 and MEFV gene mutation frequency in behçet's patients with and without uveitis
YEŞİM GEDİK OĞUZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Göz HastalıklarıAnkara ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATİME NİLÜFER YALÇINDAĞ
- A genome-wide association study to identify candidate genes associated with DAG score in a commercial sheep breeding population
Başlık çevirisi yok
ECEM HATİPOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyomühendislikAberystwyth University / Prifysgol AberystwythYurtdışı Enstitü
- A linkage analysis and a genome-wide association study on familial multiple sclerosis
Ailesel multipl skleroz'da bağlantı analizi ve genom çapı ilişkilendirme çalışması
ELİF EVEREST
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EDA TAHİR TURANLI