Characterization of extracellular vesicles derived from bacteria, yeast, and fungi species based on TEM, SEM, NTA, and FAME analysis
TEM, SEM, NTA ve FAME analizine dayalı bakteri, maya ve fungus türlerinden ızole edilen hücre dışı veziküllerin karakterizasyonu
- Tez No: 908448
- Danışmanlar: PROF. DR. FİKRETTİN ŞAHİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Hücre dışı veziküller (EV'ler), hücreler arası iletişime aracılık eden protein, lipid, nükleik asit ve diğer metabolitleri taşıyan zarlı veziküllerdir. Bu veziküller keşfinden sonra insan ve diğer memeli hücreleri üzerindeki araştırmalara ağırlık verilmiştir ve araştırmalar son yıllarda giderek önem kazanmıştır. Bilim insanları EV'lerin izolasyonu, karakterizasyonu ve biyogezi ile ilgili birçok çalışma yapmaya başlamıştır. EV karakterizasyonu için potansiyel biyobelirteçler bulmak amacıyla proteomik ve lipidomik çalışmalar daha sık yürütülmektedir. EV'lerin hücresel iletişimde rol oynadığı ve evrimsel olarak korunduğu bilinmesine rağmen, farklı organizmalar arasındaki işlevsel rolleri henüz araştırılmamıştır. Mikrobiyal EV'ler üzerine araştırmalar, memeli hücreleri EV'leri üzerine yapılan araştırmalardan sonra başlamıştır. Mikroorganizmalardan izole edilen EV'lerin biyogenezisi ve salınım mekanizmaları hakkında daha fazla bilgiye hala ihtiyaç vardır. Bakteri ve fungus EV'lerinin tanımlanması ve karakterizasyonu üzerine çok sayıda çalışma yürütülmüş olsa da, literatürde şu ana kadar funguslardan izole edilen EV'ler üzerine az sayıda araştırma bulunmaktadır. Bakteri, fungus ve mayalardan elde edilen EV'lerin karakterizasyonunda kullanılabilecek biyobelirteçler henüz belirlenmemiştir. Bu çalışma kapsamında test edilen bakteri, fungus ve maya izolatları, Maldi-TOF ile tanılanmıştır. Daha sonra, farklı bakteri, fungus ve maya türlerinden izole edilen EV'lerin fiziksel özellikleri TEM, SEM ve NTA analizleri ile belirlenmiş ve EV'lerin yağ asidi (FAME) profilleri ilk kez GC tabanlı Mikrobiyal Tanımlama Sistemi kullanılarak tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre bakteri türlerinden izole edilen EV'lerin FAME profillerinde en az 7 farklı yağ asidi (FA), bakteriyel EV'lerin karekterizasyonu için potansiyel biyobelirteç olarak kullanılabileceğini göstermiştir. Ancak, fungus ve maya türlerinden izole edilen EV'lerin FAME profilleri, güncel kullanılan yağ asit izolasyon protokolüne göre belirlenememiştir. Maya ve fungus türlerinden elde edilen EV'lerin FAME profillerini izole etmek ve değerlendirmek için daha fazla araştırma ve optimize edilmiş bir protokole ihtiyaç vardır.
Özet (Çeviri)
Extracellular vesicles (EVs) are vesicles with membranes that mediate intercellular communication and carry proteins, lipids, nucleic acids and some other metabolites. After the discovery of these vesicles, research on human and other mammalian cells has been focused on, and research has become increasingly important in recent years. Scientists have begun to conduct many studies on the isolation, characterization and biogenesis of EVs. Proteomic and lipidomic studies are carried out more frequently in order to find potential biomarkers for EVs characterization. Although EVs are known to play a role in cellular communication and are evolutionarily conserved, their functional roles among different organisms have not yet been investigated. Research on microbial EVs began after research on mammalian cells EVs. More information about their biogenesis and release mechanisms of EVs derived from microorganisms is still needed. Numerous studies have been conducted on the identification and characterization of bacteria and yeasts EVs, only a few studies on EVs from fungi have been reported in the literature so far. Since biomarkers that can be used in the characterization of EVs from bacteria, fungi and yeast are not yet available. In this study, the bacterial, fungal and yeast isolates tested were identified by Maldi-TOF. Then, the physical properties of EVs isolated from different bacterial, fungal and yeast species were determined by TEM, SEM and NTA analyses, and the fatty acid methyl ether (FAME) profiles of EVs were detected for the first time using GC-based Microbial Identification System. The results in the present study showed that at least 7 different fatty acids (FAs) in the FAME profiles of EVs derived from bacterial species could be used for the characterization of bacterial EVs as potential biomarkers. However, the FAME profiles of EVs derived from fungal and yeast species could not be determined with the currently available FA isolation protocol. It is understood that further research and an optimized protocol are required to isolate and evaluate the FAME profiles of EVs obtained from yeast and fungal species.
Benzer Tezler
- In vitro and in vivo immunomodulatory effects of extracellular vesicles
Hücre dışı keseciklerin in vitro ve in vivo immünmodülatör etkileri
MEHMET ŞAHİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İHSAN GÜRSEL
- Leıshmanıasıs tedavisinde ekstrasellüler veziküller içeren formülasyonların geliştirilmesi ve etkinliğinin incelenmesi
Development of formulations containing extracellular vesicles and evaluation of efficacy in the treatment of leishmaniasis
GÜLNAZ YILDIRIM KÖKEN
Doktora
Türkçe
2022
BiyolojiYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMRAH ŞEFİK ABAMOR
PROF. DR. ERDAL KARAÖZ
- Nijer tohumundan elde edilen eksozom benzeri nanopartiküllerin insan nöroblastoma hücre hattındaki olası terapotik etkilerinin araştırılması
Investigation of the potential therapeutic effects of exosome-like nanoparticles derived from niger seed on human neuroblastoma cell lines
KÜBRA BAŞTUĞ ÖZTOPUZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyofizikGazi ÜniversitesiBiyofizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MERİÇ ARDA EŞMEKAYA
- Meme kanseri kök hücrelerine karşı ekstraselüler vezikül temelli yeni tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesi
Development of new extracellular vesicle-based treatment approaches to breast cancer stem cells
ETKİN PARLAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MELAHAT BAĞIROVA
- Plant suspension culture derived extracellular vesicles
Bitki suspansiyon kültürü kaynaklı bitkisel ekstraselüler veziküller
BATUHAN TURHAN BOZKURT
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiYeditepe ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİKRETTİN ŞAHİN
DR. ÖĞR. ÜYESİ BAHAR SOĞUTMAZ ÖZDEMİR