Analysis of HLA and receptor gene polymorphisms in multiple myeloma
Multipl myelomda HLA ve reseptör gen polimorfizmlerinin analizi
- Tez No: 908447
- Danışmanlar: PROF. DR. NÜLÜFER TÜLÜN GÜRAY, PROF. DR. MERAL BEKSAÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Genetik, Hematoloji, Biostatistics, Genetics, Hematology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 82
Özet
Multipl miyelom (MM), özellikle yaşlıları ve erkekleri etkileyen ve Afrika kökenlilerde daha sık görülen, tedavi edilebilen ancak nadiren iyileştirilebilen bir neoplastik plazma hücre hastalığıdır. Doğal öldürücü (NK) hücreler, enfeksiyonlara ve kansere karşı bağışıklık yanıtında rol oynarlar. Tümörlerin tanınması, NK hücre üzerindeki KIR reseptörleri ile hedef hücrelerdeki ligandlar aracılığıyla gerçekleşir. Polimorfik yapıları nedeniyle çok sayıda olan KIR-HLA kombinasyonları nedeniyle ilişkilendirme çalışmalarında istatistiksel güç zayıf kalmaktadır. Birkaç çalışmada KIR/HLA ligandları ile MM yatkınlığı arasında çelişkili sonuçlar rapor edilmiştir. Bu çalışmada, alternatif bir yaklaşımla örneklem büyüklüğünü arttırmak için çeşitli çalışmaların mevcut genomik verileri kullanılarak KIR ve HLA ligandlarının MM hastalarına etkisinin farklı popülasyonlarda araştırılması amaçlanmıştır. Yerel MM hastalarına ek olarak, en büyük MM veri tabanlarından birine ait tüm ekzom dizileme verisinden KIR ve HLA genleri impute edilmiştir. Yerel hastalarda yapılan ön çalışmada aktivatör KIR'ların koruyucu etkisi ve KIR/HLA ligandları ile MM tanı yaşı arasında ilişki saptanmıştır. Arttırılan örneklem büyüklüğü sayesinde önceki çalışmalarda rastlanmayan Bw4 ligandının (HLA-B moleküllerinin genel epitoplarından biri) MM yatkınlığına etkisi ve KIR 3DL1 ve 3DS1 genlerinin karşılık gelen HLA ligandı Bw4 ile iki yönlü bir etkileşim gösterdiği saptanmıştır. Dahası, Afrikalı Amerikalılarda koruyucu genotiplerin düşük frekansta ve yüksek riskli genotiplerin ise daha sık görülmesi, KIR/HLA ligandları ile etnik farklılıklar arasında bir ilişki olabileceğine işaret etmektedir. Son olarak, bu çalışmada KIR/HLA-MM ilişkilendirme çalışmaları için bir referans model sunulmakta, ilaveten KIR ve HLA allotiplerinin çeşitli hastalıklar üzerindeki etkilerini araştırmaya yönelik dünya genelindeki büyük genomik veri setlerinin kullanılabilmesinin önünü açan valide edilmiş bir metodoloji ortaya konmaktadır.
Özet (Çeviri)
Multiple myeloma (MM) is a treatable but rarely curable neoplastic plasma-cell disorder, primarily effecting elderly with a male predilection with a higher incidence rate in African ancestry. Natural killer (NK) cells are regulators of immune response against infections and cancer. Tumor cells are recognized through their human leukocyte antigen (HLA) ligands by killer cell immunoglobulin-like (KIR) receptors on NK cells. Due to their highly polymorphic structure, numerous combinations of KIR-HLA pairs result in underpowered statistical significance in KIR/HLA association studies. A few studies reported conflicting associations between KIR/HLA ligands and MM, due to the limited number of participants. In this study, an alternative approach was conducted to increase the sample size by using large existing data from various studies aiming to investigate the effect of KIR and HLA ligands on MM in different populations. Along with the local patients, KIR and HLA genes were imputed from the whole exome sequencing data belong to one of the largest MM datasets. The preliminary findings on a local cohort have revealed the protective role of activating KIR as well as an association between KIR/HLA ligands and age of MM onset. Remarkably, increasing the sample size uncovered the predisposing effect of Bw4 ligand (one of the public epitopes of HLA-B molecules), and a bidirectional interaction between KIR genes 3DL1, 3DS1 and their cognate ligand Bw4, that had not been reported in prior studies. Moreover, low frequencies of the protective genotypes and high frequencies of the predisposing genotypes among African Americans suggests a relationship between KIR/HLA ligands and ethnic disparities in MM. Finally, this study provides a reference model for the association between KIR/ligand genotypes and MM. It also presents a validated methodology for the global integration of large genomic datasets, enabling accurate evaluation of KIR and HLA allotypes across various disease courses.
Benzer Tezler
- A linkage analysis and a genome-wide association study on familial multiple sclerosis
Ailesel multipl skleroz'da bağlantı analizi ve genom çapı ilişkilendirme çalışması
ELİF EVEREST
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Disease gene identification using linkage and exome analysis
Bağlantı ve ekzom analizi kullanarak hastalık geni keşfi
DERYA YAVUZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Canlı donörden böbrek transplantasyonuna hazırlanan hastalarda sitokin gen polimorfizminin rejeksiyon açısından değerlendirilmesi
The relationship between cytokine gene polymorphisms and rejection episodes in patients preparing for living-donor ranal transplantation
YALÇIN SEYHUN
Doktora
Türkçe
2005
Tıbbi Biyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. FİLİZ AYDIN
- Hashimoto tanılı olgularda sitotoksik t lenfosit ilişkili protein (CTLA-4) ve selenoprotein S (SEPS1) gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Examination of (Cytotoxic T Lympocyte-Associated Protein-4) (CTLA-4) and selenoprotein S (SEPS1) gene polymorphisms in Hashimoto diagnosed cases
FİDAN İSLAMOVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiNamık Kemal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. DUYGU YAŞAR ŞİRİN
- Kompleksin 1 ve Behçet Hastalığı patogenezindeki olası rolünün araştırılması
Complexin-1 and investigation of its possible role in the Pathogenesis of Behçet's Disease
ARİS ÇAKİRİS