Çevresel örneklerden izole edilen antibiyotik dirençli escherichia coli'ye özgü litik bakteriyofajların E. coli biyofilmlerinin eradikasyonunda etkinliğinin araştırılması
Investigation of the efficiency of antibiotic-resistant E coli-specific lytic bacteriophages isolated from environmental samples in eradication of biofilm of E. coli
- Tez No: 909542
- Danışmanlar: PROF. DR. ZAFER GÖNÜLALAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı
- Bilim Dalı: Veterinerlik Besin Hijyeni ve Teknolojisi Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 120
Özet
Escherichia coli, güçlü adaptasyon ve kolonizasyon yetenekleriyle biyofilm oluşturma kapasitesi yüksek bir bakteri türüdür. Biyofilm oluşturma özelliği, bu bakterinin çeşitli yüzeylerde kalıcı bir rezervuar haline gelmesine neden olarak hem gıda güvenliği hem de halk sağlığı açısından büyük tehdit oluşturur. Özellikle çoklu antibiyotik dirençli suşlarının neden olduğu enfeksiyonlar, tedavi süreçlerini uzatmakta ve daha karmaşık hale getirmektedir. Artan antibiyotik direnci, geleneksel yöntemlerin etkinliğini azaltırken, alternatif çözümleri zorunlu kılmaktadır. Bu bağlamda, bakteriyofaj uygulamaları, yeniden dikkat çeken bir tedavi ve biyokontrol stratejisi olarak önem kazanmaktadır. Bu kapsamda çalışmamızda, Kayseri ilindeki mezbahane ve süt işletmelerinden temin edilen atık ve kuyu sularından (n=21) E. coli'ye karşı litik etkili bakteriyofajların izolasyonu, karakterizasyonu ve in vitro testlerle anti-biyofilm potansiyellerinin belirlenmesi amaçlandı. Faj izolasyonu amacı ile et ve süt işletmelerinin farklı noktalarından toplanan örneklerden (n=100) izole edilen antibiyotik dirençli E. coli izolatları konak olarak kullanıldı. Faj izolasyonu ve litik etkinliğin değerlendirilmesi amacıyla çift tabaka agar ve spot test yöntemleri kullanıldı. İzole edilen fajların moleküler karakterizasyonu tüm genom sekans analizleri ile gerçekleştirildi. Çalışma sonucunda geniş konak spektrumuna sahip ve 0.001-1 aralığında çoklu infeksiyon değerine (MOI) sahip 15 adet lokal faj izole edildi. Tüm genom sekans analizleri ile, fajların litik, yapısal ve DNA regülasyon genleri içerdiği ve antibiyotik direnç ile virülans genleri taşımadığı belirlendi. İzole edilen fajların E. coli türleri için anti-biyofilm etkinlikleri ise %36 ila %76 arasında olduğu tespit edildi. Sonuç olarak, çalışmada izole edilen fajların et ve süt işlemelerinden izole edilen biyofilm oluşturabilen patojenik E. coli izolatlarına karşı litik ve anti-biyofilm etkinliklerine sahip olması, antibiyotik direnç ve virülans genleri içermemesi bakımından gıda işletmelerinde E. coli ve diğer gıda patojenlerine karşı potansiyel bir biyokontrol ajanları olabilecekleri ortaya kondu.
Özet (Çeviri)
Escherichia coli is a bacterial species with high biofilm formation capacity due to its strong adaptation and colonization abilities. Its biofilm-forming properties enable it to become a persistent reservoir on various surfaces, posing significant threats to both food safety and public health. Infections caused by multidrug-resistant strains prolong and complicate treatment processes. The rise in antibiotic resistance diminishes the effectiveness of traditional methods, necessitating alternative solutions. In this context, bacteriophage applications have gained renewed attention as promising therapeutic and biocontrol strategies. This study aimed to isolate, characterize, and evaluate the in vitro anti-biofilm potential of lytic bacteriophages effective against E. coli from waste and well water samples (n=21) collected from slaughterhouses and dairy facilities in Kayseri, Turkey. Antibiotic-resistant E. coli isolates obtained from various sampling points in meat and dairy facilities (n=100) were used as hosts for phage isolation. The double-layer agar and spot test methods were employed to isolate bacteriophages and assess their lytic activity. Molecular characterization of the isolated phages was performed through whole-genome sequencing. As a result, 15 local phages with broad host ranges and multiplicity of infection (MOI) values ranging from 0.001 to 1 were isolated. Whole-genome sequencing revealed that the phages contained lytic, structural, and DNA regulation genes while harbouring no antibiotic resistance or virulence genes. The anti-biofilm activity of the isolated phages against E. coli strains ranged from 36% to 76%. In conclusion, the isolated phages demonstrated lytic and anti-biofilm efficacy against biofilm-forming pathogenic E. coli isolates from meat and dairy processing environments. The absence of antibiotic resistance and virulence genes further highlights their potential as biocontrol agents for combating E. coli and other foodborne pathogens in food processing facilities.
Benzer Tezler
- Sağlıklı tavuk dışkılarından ve çevresel materyallerden izole edilen Escherichia coli suşlarının kolistin ve çoklu antibiyotik dirençliliklerinin araştırılması ve genotiplendirilmesi
Investigation of colistin and multiple antibiotic resistances of Escherichia coli strains isolated from healthy chicken stools and environmental samples and geneotyping these strains
ALİ SERDAR
Doktora
Türkçe
2024
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU FINDIK
- Çevresel örneklerden Escherichia coli DH10B suşuna karşı litik bakteriyofaj izolasyonu ve klinik Escherichia coli suşlarına karşı etkinliklerinin belirlenmesi
Çevresel örneklerden Escherichia coli DH10B suşuna karşı litik bakteriyofaj izolasyonu ve klinik Escherichia coli suşlarına karşı etkinliklerinin belirlenmesi
ABDULKERİM KARAYNİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMoleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜLENT BOZDOĞAN
- Ankara'daki çiftliklerden izole edilen Escherichia coli' lerde antibiyotik duyarlılıklarının ve genişlemiş spektrumlu beta laktamaz varlığının belirlenmesi
Determination of antibiotic susceptibility and the presence of extended spectrum beta lactamase in Escherichia coli isolated from farms in ankara.
DİDEM KARADEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BANU KAŞKATEPE
- Deniz suyundan izole edilen enterokok suşlarının virulans faktörlerinin incelenmesi
Investigation of virulence factors of enterococci strains isolated from sewater
İPEK ADA
- Denizel sediment örneklerinden biyoaktif metabolit üretici aktinomisetlerin kültürel ve moleküler yöntemlerle karakterizasyonu ve biyoaktif metabolitlerin saflaştırılması
Cultural and molecular characterization of bioactive metabolite producing actinomycetes from marine sediment samples and purification of bioactive metabolites
SEMİHA ÇETİNEL AKSOY
Doktora
Türkçe
2014
KimyaEge ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATAÇ UZEL
PROF. DR. ERDAL BEDİR