Application of cheminformatic approaches in protein structure-based drug design
Protein yapısına dayalı ilaç tasarımında keminformatik yaklaşımların uygulanması
- Tez No: 914464
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASIA PAVLOPOULOU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Biyoistatistik, Biyoloji, Biophysics, Biostatistics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 153
Özet
İlaç geliştirme veya ilaç tasarımı zaman alıcı ve yoğun emek isteyen bir süreçtir. Biyoenformatik, keminformatik alanındaki gelişmeler ve bu alanlarda kullanılan programların artmasıyla zaman ve maliyet parametreleri daha da azalmıştır. Bilgisayar destekli ilaç tasarımı, büyük bileşik kütüphanelerinin hızla taranmasını, ilaç özelliklerinin optimize edilmesini ve ilaç geliştirme için yeni hedeflerin belirlenmesini sağlar. Bu tezin bağlamında, öncelikle, çeşitli DNA onarım yolunda yer alan iki proteini hedefleyebilecek ilaç benzeri özelliklere sahip bir kimyasal molekül oluşturmak için bilgisayar destekli bir ilaç tasarımı yaklaşımı kullandık. Bu çalışmanın sonuçları, ilaç geliştirme girişimlerinde yeni ligandın ek araştırmaları için bir sıçrama tahtası görevi görebilir ve ayrıca hastalarda veya hayvanlarda genel olarak tolere edilebilir yan etki seviyeleri varsayarak radyasyon tedavisi ve DNA hasar tepkisi elemanlarını hedef alan ilaçların eş zamanlı uygulanmasıyla ilgili klinik karar alma sürecinde uygulanabilir. İkinci olarak, amaç yeni terapötik hedefleri belirlemek ve obezite patofizyolojisindeki son gelişmeleri vurgulamaktı. Obezite ve sirkadiyen ritimlerle bağlantılı proteinleri hedef alan doğal kimyasalları bulmak için sanal tarama metodolojisini uyguladık. Moleküler ağlar, kronofarmakoloji şemalarını doğal ürünlerle ilişkilendirebilir ve enerji dengesi ve obezite ilerlemesinin entegre düzenlenmesi hakkındaki bilgimizi ilerletebilir. Üçüncüsü, iki veya daha fazla akut miyeloid lösemi ile ilişkili proteini hedefleyebilecek yeni ilaç benzeri bileşikler üretmek için yapısal farmakoloji, moleküler dinamik simülasyonları ve moleküler modellemeyi içeren bir silico yaklaşımlar kullanmaktı. Elde edilen sonuçlar, ilaç taşıma ve uygulama sistemlerini rasyonel bir şekilde tasarlamak ve geliştirmek için farmasötik ve klinik araştırma projelerini bilgilendirmek için kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
Drug development, or drug design, is a time-consuming and labor-intensive process. Due to the advances in the field of bioinformatics, cheminformatics, and the increase in the programs used in these fields, time and cost parameters have decreased further. Computer-aided drug design enables the rapid screening of large compound libraries, optimization of drug properties, and identification of new targets for drug development. In the context of this thesis, first, we used a computer-aided drug design approach, to create a chemical molecule with drug-like properties that could target two proteins involved in several DNA repair pathways,. The results of this study may serve as a springboard for additional investigations of the novel ligand in drug development initiatives, as well as for the application in clinical decision-making concerning the co-administration of radiation therapy and DNA damage response elements-targeting medications in patients or animals, presuming generally tolerable levels of side effect. Second, the aim was to identify novel therapeutic targets and highlight recent advancements in the obesity pathophysiology. Virtual screening methodology was applied to find natural chemicals that target proteins linked to obesity and the circadian rhythms. Molecular networks may link chronopharmacology schemes with natural products and advance our knowledge of the integrated regulation of energy balance and obesity progression. Third, to generate novel drug-like compounds that may target two or more acute myeloid leukemia-associated proteins, we employed an in silico pipeline including structural pharmacology, molecular dynamics simulations and molecular modeling. The results might be used to inform pharmaceutical and clinical research projects in order to rationally design and develop drug delivery and application systems.
Benzer Tezler
- Text-based machine learning methodologies for modelling drug-target interactions
Protein-ilaç etkileşimlerinin metin tabanlı makine öğrenmesi yöntemleri ile modellenmesi
HAKİME ÖZTÜRK
Doktora
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZUCAN ÖZGÜR TÜRKMEN
DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
- Biological data integration and relation prediction by matrix factorization
Matris factorizasyonu yöntemi ile biyolojik veri entegrasyonu ve ilişki tahmini
GÖKÇE ABAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYBAR CAN ACAR
DOÇ. DR. TUNCA DOĞAN
- Buji ile ateşlemeli bir motorda Miller çevrimi uygulaması, performans ve emisyon karakteristiklerinin incelenmesi
Application of Miller cycle in a spark ignition engine and the investigation of performance and emission characteristics
OĞUZ KÜRŞAT DEMİRCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Teknik EğitimGazi ÜniversitesiMakine Eğitimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CAN ÇINAR
- Borlama yüzey kaplama teknolojisinin bir dizel motorun yanma odası elemanlarına uygulanması
Application of boronizing technique to a diesel engines' combusiton chamber parts
UĞUR ÖZTÜRK
Doktora
Türkçe
2015
Makine MühendisliğiFırat ÜniversitesiMakine Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HANBEY HAZAR
- Toprak kaynaklı ısı pompası destekli pasif ev tasarımının Karabük ilinde uygulanması
Application of support passive house design that ground source heat pump to the Karabuk
METE BAYRAKTAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
EnerjiKarabük ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET ÖZALP