Application of cheminformatic approaches in protein structure-based drug design
Protein yapısına dayalı ilaç tasarımında keminformatik yaklaşımların uygulanması
- Tez No: 914464
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASIA PAVLOPOULOU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Biyofizik, Biyoloji, Biostatistics, Biophysics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İlaç geliştirme veya ilaç tasarımı zaman alıcı ve yoğun emek isteyen bir süreçtir. Biyoenformatik, keminformatik alanındaki gelişmeler ve bu alanlarda kullanılan programların artmasıyla zaman ve maliyet parametreleri daha da azalmıştır. Bilgisayar destekli ilaç tasarımı, büyük bileşik kütüphanelerinin hızla taranmasını, ilaç özelliklerinin optimize edilmesini ve ilaç geliştirme için yeni hedeflerin belirlenmesini sağlar. Bu tezin bağlamında, öncelikle, çeşitli DNA onarım yolunda yer alan iki proteini hedefleyebilecek ilaç benzeri özelliklere sahip bir kimyasal molekül oluşturmak için bilgisayar destekli bir ilaç tasarımı yaklaşımı kullandık. Bu çalışmanın sonuçları, ilaç geliştirme girişimlerinde yeni ligandın ek araştırmaları için bir sıçrama tahtası görevi görebilir ve ayrıca hastalarda veya hayvanlarda genel olarak tolere edilebilir yan etki seviyeleri varsayarak radyasyon tedavisi ve DNA hasar tepkisi elemanlarını hedef alan ilaçların eş zamanlı uygulanmasıyla ilgili klinik karar alma sürecinde uygulanabilir. İkinci olarak, amaç yeni terapötik hedefleri belirlemek ve obezite patofizyolojisindeki son gelişmeleri vurgulamaktı. Obezite ve sirkadiyen ritimlerle bağlantılı proteinleri hedef alan doğal kimyasalları bulmak için sanal tarama metodolojisini uyguladık. Moleküler ağlar, kronofarmakoloji şemalarını doğal ürünlerle ilişkilendirebilir ve enerji dengesi ve obezite ilerlemesinin entegre düzenlenmesi hakkındaki bilgimizi ilerletebilir. Üçüncüsü, iki veya daha fazla akut miyeloid lösemi ile ilişkili proteini hedefleyebilecek yeni ilaç benzeri bileşikler üretmek için yapısal farmakoloji, moleküler dinamik simülasyonları ve moleküler modellemeyi içeren bir silico yaklaşımlar kullanmaktı. Elde edilen sonuçlar, ilaç taşıma ve uygulama sistemlerini rasyonel bir şekilde tasarlamak ve geliştirmek için farmasötik ve klinik araştırma projelerini bilgilendirmek için kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
Drug development, or drug design, is a time-consuming and labor-intensive process. Due to the advances in the field of bioinformatics, cheminformatics, and the increase in the programs used in these fields, time and cost parameters have decreased further. Computer-aided drug design enables the rapid screening of large compound libraries, optimization of drug properties, and identification of new targets for drug development. In the context of this thesis, first, we used a computer-aided drug design approach, to create a chemical molecule with drug-like properties that could target two proteins involved in several DNA repair pathways,. The results of this study may serve as a springboard for additional investigations of the novel ligand in drug development initiatives, as well as for the application in clinical decision-making concerning the co-administration of radiation therapy and DNA damage response elements-targeting medications in patients or animals, presuming generally tolerable levels of side effect. Second, the aim was to identify novel therapeutic targets and highlight recent advancements in the obesity pathophysiology. Virtual screening methodology was applied to find natural chemicals that target proteins linked to obesity and the circadian rhythms. Molecular networks may link chronopharmacology schemes with natural products and advance our knowledge of the integrated regulation of energy balance and obesity progression. Third, to generate novel drug-like compounds that may target two or more acute myeloid leukemia-associated proteins, we employed an in silico pipeline including structural pharmacology, molecular dynamics simulations and molecular modeling. The results might be used to inform pharmaceutical and clinical research projects in order to rationally design and develop drug delivery and application systems.
Benzer Tezler
- Text-based machine learning methodologies for modelling drug-target interactions
Protein-ilaç etkileşimlerinin metin tabanlı makine öğrenmesi yöntemleri ile modellenmesi
HAKİME ÖZTÜRK
- Biological data integration and relation prediction by matrix factorization
Matris factorizasyonu yöntemi ile biyolojik veri entegrasyonu ve ilişki tahmini
GÖKÇE ABAY
- Application of salt spray testing to the evaluation of corrosion performance of organic coatings
Boyaların korozyon direncinin belirlenmesinde tuz püskürtme testinin uygulanması
SUAT YAĞMUR
