İnsan dışkısından izole edilen ampisilin dirençli escherichia coli suşlarındaki antibiyotik direncinin moleküler analizi
Molecular analysis of antibiotic resistance in ampicillin-resistant escherichia coli strains isolated from human faeces
- Tez No: 915087
- Danışmanlar: PROF. DR. OSMAN BİROL ÖZGÜMÜŞ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Antimikrobiyal direnç, GSBL, Direnç genleri, Gen kasetleri, Tek Sağlık, Antimicrobial resistance, ESBL, Resistance genes, Gene cassettes, One Health
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bakanlığı
- Enstitü: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Antibiyotik direnci, gelişmekte olan ülkelerde yaygın bir sorun olup, intestinal sistemde bulunan kommensal bakterilerden patojen mikroorganizmalara hareketli genetik elemanlar (plazmidler, integronlar vb.) ile aktarılarak insan sağlığı için risk oluşturmaktadır. Enterobacterales familyası üyelerinde antimikrobiyal direncin yüksek oranda gözlenmesi ve özellikle E. coli gibi intestinal sistemde baskın türlerin direnç genlerini içermesi antimikrobiyal direncin yayılmasında potansiyel risk oluşturmaktadır. Antimikrobiyal direnç hayvanlarda ve çevre mikrobiyolojisinde de sorun yaratmaktadır. Dünya Sağlık Örgütü'nün önerdiği“Tek Sağlık”yaklaşımı ile bu sorunun çözülmesi için çeşitli disiplinlerin birlikte çalışması gerekmektedir. Bu çalışma, insan dışkısından izole edilen ampisiline dirençli (Ampr) E. coli suşlarının antibiyotik duyarlılıklarını ve beta laktamaz direnç genlerini tespit etmeyi amaçlamaktadır. Çalışmada Rize Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına Mart – Mayıs 2023 tarihleri arasında gönderilen gaita örneklerinden izole edilen 65 adet Ampr E. coli suşu kullanıldı. Suşların tanımlanması ve antimikrobiyal duyarlılıkları VİTEK 2 sistem ile yapıldı ve GSBL üretimleri çift disk sinerji testi ile tarandı. Toplam DNA ekstraksiyonları fenol:kloroform:izoamil alkol yöntemi ile yapıldıktan sonra beta laktamaz genleri (blaTEM, blaSHV ve blaCTX-M) ile sınıf 1 ve sınıf 2 integron varlıkları polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile araştırıldı. İntegronların değişken bölgelerinin amplikonlarının DNA dizileme analizi ile antibiyotik direnç gen kasetleri belirlendi. Suşların %60,6'sının amoksisilin/klavulonata, %63,1' inin siprofloksasine ve %63,1' inin trimetoprim/sülfametoksazole dirençli olduğu görüldü. Ayrıca aminoglikozid grubu (amikasin ve gentamisin) antibiyotiklere %1,5 oranında direnç saptanırken karbapenem grubu (imipenem ve meropenem) antibiyotiklere karşı direnç görülmedi. Suşların 19' unun (%29,2) GSBL ürettiği tespit edildi. Suşların 39' unun (%60) blaTEM, birinin (%1,5) blaSHV ve 16' sının (%24,6) blaCTX-M genleri taşıdığı saptandı. Sınıf 1 ve sınıf 2 integron içerikleri sırası ile 37 suş (%56,9) ve bir suş (%1,5) olarak bulundu. İntegronların 3 tanesi boş olarak saptanırken diğerlerinde aadA1, dfrA7, dfrA17, blaOXA-1 ve lnuF gen kasetleri tespit edildi. Bu çalışmanın sonuçları, antimikrobiyal direncin moleküler epidemiyolojisine ve dirençle mücadelede yapılacak diğer bilimsel çalışmalara“Tek Sağlık”çerçevesinde bilgi zemini açısından katkı sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Antibiotic resistance is a common issue in developing countries, posing a significant risk to human health by the transfer of mobile genetic elements (such as plasmids and integrons) from commensal bacteria to pathogenic microorganisms in the intestinal system. The high incidence of antimicrobial resistance in the members of Enterobacterales family, particularly in dominant species like E. coli in the intestinal system, is a potential risk factor for the spread of resistance genes. Antimicrobial resistance poses challenges in animal and environmental microbiology as well. The World Health Organization's“One Health”approach recommends collaborative efforts across various disciplines to address this issue. This study aims to determine the antibiotic susceptibilities and beta-lactamase resistance genes of ampicillin resistant (Ampr) E. coli strains isolated from human stool samples. The study included 65 Ampr E. coli strains isolated from stool samples sent to the Medical Microbiology Laboratory of Rize Education and Research Hospital between March and May 2023. The identification and antimicrobial susceptibilities of the strains were determined using the VITEK 2 system, and ESBL production was screened by the double disk synergy test. Total DNA extractions were performed using the phenol:chloroform:isoamyl alcohol method, followed by PCR analysis to investigate the presence of beta lactamase genes (blaTEM, blaSHV, and blaCTX-M) and class 1 and class 2 integrons. Antibiotic resistance gene cassettes in the variable regions of the integrons were identified by DNA sequencing. The results showed that 60.6% of the strains were resistant to amoxicillin/clavulanate, 63.1% to ciprofloxacin, and 63.1% to trimethoprim/sulfamethoxazole. Additionally, 1.5% of the strains were resistant to aminoglycosides (amikacin and gentamicin), while no resistance was observed against carbapenem antibiotics (imipenem and meropenem). Nineteen strains (29.2%) produced ESBL. Among the strains, 39 (60%) harbored blaTEM, one (1.5%) harbored blaSHV, and 16 (24.6%) harbored blaCTX-M genes. The presence of class 1 and class 2 integrons was detected in 37 strains (56.9%) and one strain (1.5%), respectively. Three integrons were found to be empty, while others carried resistance gene cassettes such as aadA1, dfrA7, dfrA17, blaOXA-1, and lnuF. The results of this study will contribute to the molecular epidemiology of antimicrobial resistance and provide a valuable information for further scientific studies in combating resistance within the“One Health”framework.
Benzer Tezler
- Farklı kaynaklardan izole edilen laktik asit bakterilerinin (LAB) probiyotik potansiyelinin belirlenmesi
Determination of probiotic potential of lactic acid bacteria (LAB) isolated from different origins
YASEMİN KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiBayburt ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ENES DERTLİ
DR. ÖĞR. ÜYESİ TAYYİBE ERTEN
- Hatay yöresinde evcil güvercinlerde cryptococcus neoformans saçılımının araştırılması
Investigation shedding of cryptococcus neoformans on domestic pigeons in the hatay region
GAMZE ÖZGE ÖZMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
MikrobiyolojiMustafa Kemal ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ZAFER CANTEKİN
- Çeşitli gruplarda dışkıda Escherichia coli O157:H7 varlığının araştırılması
Investigation of E. coli O157:H7 in fecal samples of in various groups
ESMA YENİİZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2005
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıGATAEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- L-asparaginaz enzimi üreten mikroorganizmaların izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and characterization of microorganisms producing l-asparaginase enzyme
EMİNE GÖKÇE
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyoteknolojiAtatürk ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖMER FARUK ALGUR
- Giardia intestinalisin in vivo üretilmesi ve in vitro ekskistasyonu üzerine çalışmalar
Başlık çevirisi yok
AHMET ÖZBİLGİN