Türkiye'de yayılış gösteren Pinus türlerine özgü bir DNA izolasyon protokolü geliştirilmesi
Developing a DNA isolation protocol specific to Pinus species distributed in Turkey
- Tez No: 916224
- Danışmanlar: PROF. DR. YUSUF KURT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Harran Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 106
Özet
Bu tezde, farklı Pinus türlerinden yüksek verimli ve kaliteli DNA izolasyonu gerçekleştirmek amacıyla optimize edilmiş bir protokol geliştirilmiştir. Çalışmada, Türkiye'nin doğal habitatında bulunan beş ana Pinus türü (Pinus brutia, Pinus nigra, Pinus sylvestris, Pinus halepensis ve Pinus pinea) ile Türkiye dışı orijinli iki tür (Pinus pinaster ve Pinus radiata) ele alınmıştır. İzole edilen DNA örneklerinin verimi ve kalitesi spektrofotometrik yöntemlerle değerlendirilmiş ve türler arasındaki farklılıklar istatistiksel analizlerle incelenmiştir. Shapiro-Wilk normallik testi sonucunda verilerin normal dağılım göstermediği belirlenmiş ve non-parametrik analiz yöntemleri kullanılmıştır. Kruskal-Wallis testi ve Dunn-Bonferroni post-hoc testi sonuçları, türler arasında DNA verimi ve kalitesi açısından istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar olduğunu ortaya koymuştur. Elde edilen DNA örneklerinin bütünlüğü agaroz jel elektroforezi ile değerlendirilmiş ve yüksek moleküler ağırlıklı, intakt DNA bantları elde edilmiştir. Ayrıca, PCR amplifikasyonları başarılı bir şekilde gerçekleştirilmiş ve amplikonlar jel elektroforezi ile doğrulanmıştır. İzole edilen DNA örnekleri, dizilemeiçin uygunluk göstermiş ve sekanslama sonuçları başarılı bir şekilde elde edilmiştir. Bu bulgular, optimize edilmiş protokolün hem geleneksel moleküler tekniklerde hem de ileri düzey genetik analizlerde etkin bir şekilde kullanılabileceğini göstermektedir. Protokolün uygulama süresinin kısa olması (yaklaşık 65 dakika) ve düşük maliyeti (örnek başına yaklaşık 0,05 ABD doları) önemli avantajlar sağlamaktadır. Ticari kitlerle karşılaştırıldığında maliyet etkinliği ve farklı Pinus türlerinde tutarlı sonuçlar vermesi, protokolün geniş çaplı genetik ve moleküler biyoloji çalışmalarında tercih edilebilirliğini artırmaktadır. Ayrıca, protokolün farklı bitki türleri ve dokularında uygulanabilirliğinin araştırılması, gelecekteki çalışmalar için önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
In this thesis, an optimized protocol was developed to achieve high-yield and high-quality DNA isolation from different Pinus species. The study involved five main Pinus species native to Turkey's natural habitats (Pinus brutia, Pinus nigra, Pinus sylvestris, Pinus halepensis, and Pinus pinea) and two non-native species (Pinus pinaster and Pinus radiata). The yield and quality of the isolated DNA samples were evaluated using spectrophotometric methods, and differences among species were analyzed using statistical methods. The Shapiro-Wilk normality test indicated that the data did not follow a normal distribution, leading to the use of non-parametric analysis methods. Results from the Kruskal-Wallis test and Dunn-Bonferroni post-hoc test revealed statistically significant differences among species in terms of DNA yield and quality. The integrity of the obtained DNA samples was assessed via agarose gel electrophoresis, resulting in high-molecular-weight, intact DNA bands. Additionally, PCR amplifications were successfully performed, and the amplicons were confirmed through gel electrophoresis. The isolated DNA samples were suitable for sequencing applications, and sequencing results were successfully obtained. These findings demonstrate that the optimized protocol can be effectively used in both traditional molecular techniques and advanced genetic analyses. The protocol offers significant advantages due to its short application time (approximately 65 minutes) and low cost (approximately $0.05 per sample). Compared to commercial kits, its cost-effectiveness and consistent results across different Pinus species enhance its desirability for large-scale genetic and molecular biology studies. Furthermore, it is recommended that future studies explore the applicability of the protocol to different plant species and tissues.
Benzer Tezler
- Türkiye'de yayılış gösteren bazı ağaç türlerine ait uçucu yağların anti-biyofilm etkilerinin belirlenmesi
Anti-biofilm effect of essential oils from some tree species in Turkey
BEKİR CAN TURGUT
- Pinaceae familyasına ait bazı türlerin polenlerinin morfometrik analizleri
The Morphometric analysis of the pollen grains of some pinaceae species
ÖZCAN ELZEM DOĞANCI
- Türkiye'de yayılış gösteren (pinus L) türlerinin tohum yağ asitlerinin araştırılması
The Investigation of the pine (pinus L) species distrubing in view of fatty acids
YALÇIN KARAAĞAÇLI
- İç Anadolu bölgesinde farklı yaşlardaki karaçam ağaçlandırma sahalarında toprak ve bitkideki bazı besin elementleri oranlarının yıllara göre değişimi
Variation of amount of some nutrients of soil and plant in different aged black pine plantation sites in Inner Anatolia region
ADEM SEÇİLMİŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Ormancılık ve Orman MühendisliğiDüzce ÜniversitesiOrman Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MURAT SARGINCI
- Modeling biomass and carbon storage for anatolian black pine ((Pinus nigra Arnold subsp. pallasiana (Lamb.) Holmboe) – Turkish red pine (Pinus brutia Ten.) mixed forests in türkiye using artificial neural networks
Türkiye'deki Karaçam ((Pinus nigra Arnold subsp. pallasiana (Lamb.) Holmboe)) - Kızılçam (Pinus brutia Ten.) karışık meşcerelerinin biyokütle ve karbon depolamanin yapay sinir ağları kullanılarak modellenmesi
MOUSSA BEAU-GARS MBOHOU
Doktora
İngilizce
2023
Ormancılık ve Orman MühendisliğiKaradeniz Teknik ÜniversitesiOrman Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET MISIR