DNA dizi karşılaştırılması ve genetik çeşitlilik hesaplamalarına yönelik bir yazılım geliştirilmesi
Development of a software for DNA sequence comparison and genetic diversity calculations
- Tez No: 917077
- Danışmanlar: DOÇ. DR. FİLİZ UÇAN TÜRKMEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kilis 7 Aralık Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışma, DNA dizilerinin karşılaştırılması ve genetik çeşitlilik analizlerini yapabilen bir yazılım geliştirilmesini hedeflemiştir. Yazılım, C# dili ve ASP.NET platformu kullanılarak geliştirilmiş olup, polimorfik bölgelerin tespiti, genetik mesafelerin hesaplanması (örneğin, Nei'nin Genetik Mesafe), PIC (Polimorfizm Bilgi İçeriği) analizi ve genetik benzerlik oranlarının belirlenmesi gibi genetik çeşitlilik analizlerine olanak sağlamaktadır. Yazılım, bir arayüz aracılığıyla Excel dosyalarından alınan genetik verileri analiz edebilmekte ve bu veriler üzerinde kapsamlı karşılaştırmalar yaparak genetik çeşitlilik parametrelerini hesaplamaktadır. Örneğin, yazılım iki birey arasında genetik mesafeyi hesaplamak için -ln(Ortak Baz Sayısı/Toplam Pozisyon Sayısı) formülünü kullanarak, popülasyon düzeyindeki genetik farklılıkları bireysel bazda analiz edebilmektedir. Ayrıca, PIC hesaplamaları ile polimorfik genetik bölgelerin genetik çeşitliliğe olan katkısı değerlendirilmiştir. Yazılımın geliştirilmesi sırasında genetik çeşitliliği anlamada kullanılan en güncel yöntemler ve istatistiksel analiz araçları entegre edilmiştir. Bu bağlamda, yazılım hem teorik hem de pratik olarak genetik çeşitlilik ve karşılaştırma analizlerinde araştırmacılara önemli bir araç sunmaktadır. Çalışma, genetik çeşitlilik analizlerini daha hızlı, daha güvenilir ve erişilebilir hale getirerek biyoinformatik alanına katkıda bulunmaktadır.
Özet (Çeviri)
This study aimed to develop a software tool capable of comparing DNA sequences and performing genetic diversity analyses. The software, developed using the C# programming language and ASP.NET platform, enables analyses such as polymorphic region identification, genetic distance calculation (e.g., Nei's Genetic Distance), Polymorphism Information Content (PIC) analysis, and determination of genetic similarity ratios. The software, with its interface, allows for the analysis of genetic data retrieved from Excel files and performs comprehensive comparisons to calculate genetic diversity parameters. For instance, the software calculates genetic distances between individuals using the formula -ln(Matching Base Count/ otal Position Count), providing a basis for analyzing genetic differences at the individual level. Additionally, the calculation of PIC values evaluates the contribution of polymorphic genetic regions to overall genetic diversity. During the development of the software, the most up-to-date methods and statistical analysis tools for understanding genetic diversity were integrated. In this context, the software serves as a significant tool for researchers in theoretical and practical aspects of genetic diversity and comparative analyses. This study contributes to the field of bioinformatics by making genetic diversity analyses faster, more reliable, and more accessible.
Benzer Tezler
- Kalkan (Scophthalmus maeoticus Pallas, 1811) populasyonlarının moleküler genetik ve fenotipik tekniklerle analizi
Molecular genetic and phenotypic analysis of turbot populations Scopthalmus maeoticus Pallas, 1814
SERPİL KARAN
- Kangal Akkaraman koyunlarında mitokondriyal dna COX1 gen polimorfizmlerinin belirlenmesi
Determination of mitochondrial dna COX1 gene polymorphysm in Kangal Akkaraman sheep
TURAN KÜRŞAD BÜYÜK
- The phylogenetic analysis of liquidambar Orientalis mill. varieties by comparing the non-coding trn regions of the chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak liquidambar Orientalis mill. varyetelerinin filogenetik analizi
MELİS OR
- Complete mitochondrial phylogeny of palaearctic serotine bats (Genus eptesicus, vespertilionidae, chiroptera)
Palaearktik geniş kanatlı yarasaların tüm mitokondriyal genom filogenisi (Cins eptesicus, vespertilionidae, chiroptera)
GAMZE ÖZBAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
İstanbul Teknik Üniversitesiİklim ve Deniz Bilimleri Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Structural analysis of a 50 KB region on 17q23
17q23 üzerinde bulunan 50 KB?lik bölgenin yapısal analizi
H. BEGÜM AKMAN
