Investigation of enhancer-protein-promoter interactions within regulatory loops
Transkripsiyon düzenleyici döngülerde enhancer-protein-promotör etkileşimlerinin incelenmesi
- Tez No: 917644
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR PİR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Biyomühendislik, Genetik, Biostatistics, Bioengineering, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 181
Özet
Transkripsiyonel aktiviteyi yönlendiren karmaşık düzenleyici mekanizmaların anlaşıl- ması, hücresel farklılaşma, bağışıklık yaşlanması ve patolojik fenotiplerin deşifre edil- mesi için kritik öneme sahiptir. Bu çalışma, transkripsiyonel döngüleri araştırmakta, enhancer ve promotör arasındaki karşılıklı etkileşime odaklanmakta, ağ analizi yön- temlerini kullanmakta ve öncelikle insan örneklerinden elde edilen multiomiks veri- lerini entegre etmektedir. Çalışmanın önemli bir metodolojik odak noktası da, Hi-C verilerinin düşük çözünürlük sınırlamalarını ele almıştır. Çeşitli çözünürlük artırma yöntemlerinin karşılaştırılması, bu yöntemlerin TAD tanımlama için faydalarını ortaya koymuş olmakla birlikte yüksek çözünürlüklü (
Özet (Çeviri)
Understanding the intricate regulatory mechanisms driving transcriptional activity is critical to deciphering cellular differentiation, immune aging, and pathological phe- notypes. This study investigates transcriptional loops, focusing on the bidirectional interplay between enhancers and promoters, utilizing cutting-edge network analysis methods and integrating multi-omics data, primarily derived from human samples. A significant methodological focus addressed the low-resolution limitations of Hi-C data. Benchmarking various resolution-enhancement methods revealed their utility for TAD- calling but also highlighted challenges in defining high-resolution (
Benzer Tezler
- Investigation of RIG-I responses under hypoxic conditions in microglia
Mikroglialarda hipoksik koşullar altında RIG-I yanıtlarının araştırılması
YAĞMUR ÖZÇELEBİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEREN ÇIRACI MUĞAN
- Valorization of carrot processing by-products through fermentation and extrusion for enhanced bioactive content and bioaccessibility
Havuç işleme yan ürünlerinin fermentasyon ve ekstrüzyon yoluyla değerlendirilmesi, biyoaktif içerik ve biyoerişilebilirliğin artırılması
DAMLA EZGİ UZUN
Doktora
İngilizce
2025
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA ÇAPANOĞLU GÜVEN
- Improvement of Bacilysin biosynthesis in Bacillus subtilisPY79 VIA CRISPR/CAS9 technology
Bacillus subtilis PY79 suşunda basilisin biyosentezinin CRISPR/CAS9 teknolojisi ile iyileştirilmesi
HADEEL WALEED ABDULMALEK
Doktora
İngilizce
2023
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ
- Investigation of NFİB function and regulation of its putative target genes in human neural stem cell and SH-SY5Y neuroblastoma cell lines
İnsan sinir kök hücre ve SH-SY5Y nöroblastom hücre hatlarında NFIB işlevinin ve potansiyel hedef genlerinin regülasyonunun incelenmesi
BETÜL ULUCA
Doktora
İngilizce
2023
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUMBASAR
- Investigation of the localization pattern and the role of anti apoptotic BAG-1 in healthy and tumor tissues from patients with breast carcinoma
Meme kanserli hastalardan alınan sağlıklı ve tümörlü dokularda anti-apoptotik BAG-1 proteininin rolü ve lokalizasyonunun incelenmesi
JALE YILDIZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY