Solanuim nigrum L. ve Chenopodium album L.'dan Tomato brown rugose fruıt virus (ToBRFV)' ın RNA izolasyon optimizasyonu ve bu yabancı otların konukçuluk potansiyellerinin belirlenmesi
RNA Isolation Optimization of Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) from Solanum nigrum L. and Chenopodium album L. and determination of the host potential of these weeds
- Tez No: 920572
- Danışmanlar: PROF. DR. DOĞAN IŞIK, DR. CEMİLE TEMUR ÇINAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Tomato brown rugose fruit virüs, RNA izolasyon, Solanum nigrum L, Chenopodium album L, Yabancı ot, Tomato brown rugose fruit virus, RNA isolation, Solanum nigrum L, Chenopodium album L, weeds
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Bitki Koruma Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 52
Özet
Solanuım nigrum L. ve Chenopodium album L.'dan Tomato brown rugose fruıt virus (ToBRFV)' ın RNA İZOLASYON OPTİMİZASYONU ve BU YABANCI OTLARIN KONUKÇULUK POTANSİYELLERİNİN BELİRLENMESİ Tuğba ERDOĞAN Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Yüksek Lisans Tezi, Temmuz 2024 Danışman: Prof. Dr. Doğan IŞIK ÖZET Tomato brown rugose fruit virus (Domates kahverngi buruşuk meyve virüsü- ToBRFV), domates üreticileri için yeni ortaya çıkan bir hastalık ve viral bir salgın olarak kabul edilmektedir. Bu araştırmanın amacı ToBRFV'nin Solanum nigrum L. ve Chenopodium album L. yabancı otlarından etmenin izolasyon optimizasyonu ve bu yabancı otların test bitkisi olarak kulanım potansiyellerinin belirlenmesidir. Bu ana konukçu olmayan bitkilerde ToBRFV'nin tespiti ve incelenmesi, düşük viral yük, bitki inhibitörleri ve doku özelliklerindeki değişkenlikler gibi zorluklar nedeniyle optimize edilmiş RNA izolasyon protokollerini gerektirmektedir. Bu amaçla ToBRFV, toplam 10 adet C. album ve 4 adet S. nigrum bitkisine 10-11 gerçek yapraklı döneme geldiğinde mekanik olarak inoküle edilmiştir. Simptom gösteren örneklerden alınan yapraklar, SDS-LiCl yöntemi (fenol kullanılarak ve kullanılmadan), CTAB-LiCl yöntemi ve RNA izolasyon kiti kullanılarak işlenmiştir. Bu çalışmada kullanılan RNA izolasyon teknikleri arasında, modifiye edilmiş SDS-LiCl yöntemi ile kaliteli RNA izole edilebilmiş ve bu yöntem en uygun teknik olarak belirlenmiştir. İki bitki de indikatör bitki olma potansiyelleri açısından değerlendirildiğinde, Solanum nigrum L. bitkisinin Chenopodium album L. bitkisine göre uzun ömürlü olması ve farklı iklim koşullarına dayanıklı olması, sadece lokal simptomlar göstermemesi, aynı zamanda virüsü sistemik olarak taşıyabilme potansiyeline sahip olması bakımından üstün olduğu bulunmuştur. Bu çalışma, Solanum nigrum L. ve Chenopodium album L. bitkilerinden RNA izolasyonunun verimliliğini artırmaya yönelik yenilikçi yaklaşımları incelemekte, standart izolasyon yöntemleriyle karşılaştırmalı bir analiz sunmaktadır ve RNA verimi ile saflığını artırmak için yeni çözümler önermektedir.
Özet (Çeviri)
RNA Isolation Optimization of Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) from Solanum nigrum L. and Chenopodium album L. and Determination of the Host Potential of These Weeds Tuğba ERDOĞAN Erciyes University, Graduate School of Natural and Applied Sciences Master Thesis, Month Year Supervisor: Prof. Dr. Doğan IŞIK ABSTRACT Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) is considered an emerging disease and a viral epidemic affecting tomato. The aim of this research is to optimize the isolation of ToBRFV from the weeds Solanum nigrum L. and Chenopodium album L. and to determine its potential for use as a test plant. For this purpose, ToBRFV was mechanically inoculated when a total of 10 Chenopodium album L. and 4 Solanum nigrum L. plants reached the stage of 4-5 true leaves. The detection and study of ToBRFV in these non-primary hosts requires optimized RNA isolation protocols due to challenges such as low viral load, plant inhibitors, and variations in tissue properties. This paper explores innovative approaches to improve the efficiency of RNA isolation from Solanum nigrum L. and Chenopodium album L., offering a comparative analysis with standard isolation methods and proposing novel solutions to increase RNA yield and purity. By addressing the unique biochemical challenges posed by these plants, our work provides an essential foundation for accurate ToBRFV diagnosis and further virological research. The leaves taken from the samples showing symptoms were applied using SDS-LiCl method with and without phenol, CTAB-LiCI methods and the RNA isolation kit was used. Among the RNA isolation techniques used in this study, the most suitable one was found as modifing SDS-LiCl from which good quality RNA was able to be isolated. When the two plants were evaluated in terms of their potential as indicator plants, Solanum nigrum L. plant was found to be superior to Chenopodium album L. plant in terms of longevity and resistant to different climatic conditions, not only showing local symptoms but also having the potential to carry the virus systemically.
Benzer Tezler
- Beyaz lahana (Brassica oleracea L.) fidelerinin bitki ekstraktlarının bazı yabancı ot ve kültür bitkisi tohumlarının çimlenmesi üzerine etkisi
The effect of plant extracts of white cabbage (Brassica oleracea L.) seedlings on germination of some weed andculture plant seeds
ÖMER YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ REYYAN YERGİN ÖZKAN
- Erzincan ili fasulye (phaseolus vulgaris L.) ekim alanlarında sorun olan yabancı otların tespiti ve mücadelede kritik periyotun belirlenmesi
Determination of weed species and critical period for their management in bean fields (phaseolus vulgaris L.) in Erzincan
ALAADDİN SALTABAŞ
- Tokat ilinde yetiştirilen bazı sebze türlerinde faydalı ve zararlı akar(acari) türlerinin belirlenmesi
Studies on determination of harmful and beneficial mite species (acari) on some vegetables grown in Tokat province
FATMA NUR GARGILI TOKKAMIŞ
- Mısır bitkisinin farklı gelişme dönemlerinde kullanılan bazı herbisitler ve amonyum sülfat ile kombinasyonlarının etkilerinin araştırılması
Investigation of some herbicides effects and combinations with ammonium sulfate used in different growth stage of corn plant
MERVE KOÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
ZiraatSelçuk ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MURAT KARACA
- Toprak solarizasyonu ile Tokat ve yöresinde sorun olan bazı yabancı otların kontrolü üzerine araştırmalar
Investigations on control of some weeds in the Tokat province using soil solarizastion
ÜNAL ASAV
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
ZiraatGaziosmanpaşa ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF.DR. İZZET KADIOĞLU