Geri Dön

In Silico target analysis and drug candidate identification for acute myeloid leukemia

Akut miyeloid lösemi için In Siliko hedef analizi ve ilaç adayı belirleme

PDF İndir

  1. Tez No: 921626
  2. Yazar: ONUR ATEŞ
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YAĞMUR KİRAZ DURMAZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Genetik, Bioengineering, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Ekonomi Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 73

Özet

Akut Miyeloid Lösemi (AML), kan hücresi öncüllerinde meydana gelen genetik mutasyonlardan kaynaklanan hematopoietik kök hücrelerdeki anormalliklerden doğan bir kemik iliği bozukluğudur. Bu mutasyonlar, kötü huylu klonal miyeloid kök hücrelerin kontrolsüz büyümesine yol açar. Myeloid sarkomlar ve lösemi cutis gibi ekstramedüller belirtiler ortaya çıkabilse de, temel sorun hematolojik hücre üretimindeki bozulmalar olarak kalmaktadır. Yaşlı hastalarda tam remisyonda yüksek oranlar elde edilmesine rağmen, hastaların önemli bir kısmı üç yıl içinde nüks yaşamaktadır. Bu sorunu aşmak için yeni hedeflerin belirlenmesi gerekmektedir. Bu tezde, AML hastalarında daha düşük sağkalım oranlarına sahip bireylerde PSMB8'in daha yüksek ekspresyon seviyeleri dikkatimizi çekmiştir. PSMB8'in kristal yapısı PDB'den (6E5B), ligand molekülleri ise ZINC15 veritabanından“for sale”,“named”ve“in trial”filtreleri kullanılarak alınmıştır. PyRx kullanılarak in silico tarama yapılmıştır. Bağlanma enerjisi -9.00 kcal/mol'den düşük olan ligandlar ADMET analizi için kullanılmıştır. Bu analiz sonucunda Adozelesin, Fiduxosin ve Omipalisib molekülleri Moleküler Dinamik (MD) analizleri için seçilmiştir. MD analizleri Gromacs 2021.2 kullanılarak gerçekleştirilmiştir. MD analizleri, bu üç ilacın PSMB8 hedeflemesi için kullanılabileceğini göstermiştir. Bir sonraki adımda, PSMB8 inhibitörü olan ONX-0914 ile karşılaştırmalı olarak Omipalisib'in HL60 hücre hattı üzerindeki sitotoksisitesi araştırılmıştır. Bu çalışma, Akut Miyeloid Lösemi için potansiyel bir hedef ve hedefe yönelik tedavide kullanılabilecek potansiyel bir ilaç ortaya koymuştur.

Özet (Çeviri)

Acute myeloid leukemia (AML) is a bone marrow disorder originating from abnormalities in hematopoietic stem cells caused by genetic mutations in blood cell precursors. These mutations result in the uncontrolled growth of malignant clonal myeloid stem cells. While extramedullary manifestations like myeloid sarcomas and leukemia cutis may occur, the primary concern remains the disruptions in hematologic cell production. Although, complete remission rate is high in elderly patience, there is a significant amount of patience relapce within 3 years. To overcome this problem, new targets needs to be find. In this thesis, PSMB8 was taken our attention with higher expression levels in AML patience with lower survival rate compared to those who have lower expression rate. PSMB8 crystal structure taken from PDB (6E5B) and ligand molecules taken from ZINC15 database by filtering“for sale”,“named”and“in trial”. In silico screening done by using PyRx. Ligands which has binding energy lower than -9.00 kcal/mol was utilized for ADMET analysis. The ligands, Adozelesin, Fiduxosin and Omipalisib was selected for Molecular dynamics analysis. Gromacs 2021.2 was used for MD analysis. MD analysis revealed all three drugs might have been using for PSMB8 targetting. In the next step, investigation of cytotoxicity of Omipalisib compared to ONX-0914, which is a inhibitor of PSMB8 on HL60 cell lines. This study revealed that potential target for Acute Myeloid Leukemia and potential drug can be used for targetted therapy.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    849263

    In silico target determination and identification of novel agents against chemoresistant acute lymphoblastic leukemia

    Kemoresistan akut lenfoblastik lösemiye karşı ın sılıko yöntemle yeni ajanların hedef belirlenmesi ve tanımlanması

    BAŞAK ÖZAY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Biyomühendislikİzmir Ekonomi Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ YAĞMUR KİRAZ DURMAZ

  2. Tez No

    459335

    Ağırlandırılmış gen ko-ekspresyon ağ analizininden (WGCNA) elde edilen biyobelirteçlerin kullanılmasıyla malign melanomda ilaç seçimi

    Drug selection for malignant melanoma using biomarkers generated by weighted gene co-expression network analysis (WGCNA)

    SEMİH ALPSOY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyoistatistikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Sağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. AYBAR CAN ACAR

    DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE

  3. Tez No

    565024

    Veri madenciliği ile yeni ilaç hedeflerinin saptanmasına yönelik interaktomikler: İn silico bir senaryo

    Interactomics to determine new drug targets with data mining: In silico a scenario

    BESTE UNCU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    OnkolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Onkoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YASEMİN BAŞBINAR

  4. Tez No

    246274

    Drug target identification of sphngolipid metabolism against Giardia lamblia

    Sifingolipit metabolizmasında G. lamblia parazitine karşı ilaç hedeflerinin saptanması

    FATMA BANU YAVUZTÜRK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    BiyokimyaBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. KUTLU ÜLGEN

  5. Tez No

    636315

    Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi

    Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods

    GÜLŞAH AYDIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Biyofizikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİNE YURTSEVER

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI

Geri Dön