Yoğun bakım ünitelerinde karbapenem dirençli acinetobacter baumannii (KDAB) izolatlarının karakterizasyonu
Characterization of carbapenem-resistant A. baumannii (KDAB) isolates in intensive care units
- Tez No: 923939
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ALİ ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 148
Özet
Karbapenem dirençli A. baumannii (KDAB), özellikle hastane ortamlarında yaşamı tehdit eden ciddi enfeksiyonlara neden olabilen önemli bir patojendir. KDAB, A. baumannii türünün karbapenem grubu antibiyotiklere (imipenem, meropenem ve ertapenem gibi) direnç geliştirmiş formlarını ifade eder. Bu direnç, enfeksiyonların tedavisini zorlaştırarak hastalık yükünü ve yayılma riskini arttırmaktadır. Bu çalışmanın amacı, farklı yoğun bakım ünitelerinde (YBÜ) yatan hastalardan izole edilen A. baumannii kökenlerinde karbapenem direncine neden olan genlerin fenotipik ve moleküler yöntemlerle araştırılması ve izolatlar arasındaki klonal ilişkinin pulsed-field jel elektroforez (PFGE) yöntemi ile incelenmesidir. Çalışmaya toplam 60 A. baumannii izolatı dahil edildi. İzolatların tür düzeyinde tanımlanmasında konvansiyonel yöntemlerin yanı sıra MALDI-TOF MS sistemi de kullanıldı. İzolatların farklı antibiyotiklere karşı duyarlılıkları, Vitek compact 2 otomatize sistemi ve disk difüzyon yöntemiyle değerlendirildi. Karbapenemaz varlığı fenotipik olarak Rapidec Carba NP testi ile araştırıldı, moleküler düzeyde ise Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile karbapenemaz genleri tespit edildi. İzolatlar arasındaki klonal ilişkiler PFGE yöntemi ile incelendi. İzolatların elde edildiği 60 hastanın 34'ü (%56.7) erkek, 26'sı (%43.3) kadındı. Suşlar trakeal aspirat (%75), kan (%18), yara (%5) ve balgam (%2) örneklerinden izole edildi. İzolatların büyük çoğunluğu Genel (%73,3), Anesteziyoloji (%15), Cerrahi (%5), Dahiliye (%3,3), COVID-19 (%1,7) ve Kardiyovasküler Cerrahisi (%1,7) YBÜ'lerinden elde edildi. Vitek 2 sistemi ile yapılan duyarlılık testlerinde en etkili antibiyotikler kolistin (%100), trimetoprim/sülfametoksazol (%36.67) ve amikasin (%23.33) olarak bulundu. Disk difüzyon yöntemiyle ise izolatların imipenem, meropenem, gentamisin, amikasin, sefepim, seftazidim, piperasilin-tazobaktam, netilmisin ve tigesikline karşı %100 dirençli olduğu tespit edildi. Genetik analizlerde izolatların %86.6'sında (n=52) blaOXA-51 ve %91.6'sında (n=55) blaOXA-23 genleri saptandı. Bununla birlikte, hiçbir izolatda blaOXA-40 ve blaOXA-58 genleri tespit edilmedi. Klonal ilişki analizinde küme benzerlik oranı %71 olarak bulunmuş olup kümeler içindeki genotipler arasında %99,4'e varan yüksek klonal ilişki oranları tespit edildi. Bu bulgular, KDAB izolatlarının hem fenotipik hem de moleküler düzeyde yüksek direnç profiline sahip olduğunu ve karbapenemaz genlerinin yaygın olarak bulunduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Carbapenem-resistant A. baumannii (CRAB) is an important pathogen that can cause serious life-threatening infections, especially in hospital settings. CRAB refers to strains of A. baumannii that have developed resistance to carbapenem group antibiotics (such as imipenem, meropenem, and ertapenem). This resistance makes infections more difficult to treat, increasing the disease burden and the spread risk. This study aimed to investigate the genes causing carbapenem resistance in A. baumannii strains isolated from patients hospitalized in different intensive care units (ICU) by phenotypic and molecular methods and to examine the clonal relationship between the isolates by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). A total of 60 A. baumannii isolates were included in the study. In addition to conventional methods, the MALDI-TOF MS system was also used to identify the isolates at the species level. The susceptibility profiles of the isolates against different antibiotics were evaluated by the Vitek compact 2 automated system and disk diffusion method. The presence of carbapenemase was investigated phenotypically with the Rapidec Carba NP test, and carbapenemase genes were detected at the molecular level with Polymerase Chain Reaction (PCR). Clonal relationships between isolates were examined by the PFGE method. Of the 60 patients, 34 (56.7%) were male and 26 (43.3%) were female. The strains were isolated from tracheal aspirate (75%), blood (18%), wound (5%) and sputum (2%) samples. The majority of isolates were obtained from General (73.3%), Anesthesiology (15%), Surgery (5%), Internal Medicine (3.3%), COVID-19 (1.7%) and Cardiovascular Surgery (1.7%) ICUs. In the sensitivity tests performed with the Vitek 2 system, the most effective antibiotics were found to be colistin (100%), trimethoprim/sulfamethoxazole (36.67%), and amikacin (23.33%). The disk diffusion method revealed that the isolates were 100% resistant to imipenem, meropenem, gentamicin, amikacin, cefepime, ceftazidime, piperacillin-tazobactam, netilmicin, and tigecycline. Genetic analysis revealed that 52 isolates (86.6%) carried the blaOXA-51 gene, and 55 isolates (91.6%) carried the blaOXA-23 gene. However, the blaOXA-40 and blaOXA-58 genes were not detected in any of the isolates. In the clonal relationship analysis, the cluster similarity rate was 71%, and high clonal relationship rates of up to 99.4% were detected between genotypes within clusters. These findings demonstrate that CRAB isolates exhibit a high resistance profile both phenotypically and molecularly, with carbapenemase genes being widely distributed.
Benzer Tezler
- Yoğun bakımdan izole edilen karbapenem dirençli acinetobacter baumannii suşlarında antibiyotik direnç genlerinin araştırılması ve kullanılan antibiyotik ile ilişkisinin değerlendirilmesi
Investigation of antibiotic resistance genes in carbapenem resistant acinetobacter baumannii strains isolated from intensive care and its relation to the antibiotic used
ÖZNUR GÜNEŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ERTEK
- Yoğun bakımda karbapenem dirençli acinetobacter baumannii enfeksiyonlarının klinik sonuçları ve moleküler olarak değerlendirilmesi
Clinical outcomes of acinetobacter baumannii infections in intensive care unit and moleculer investigation
ARZU NAZLI ZEKA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiEge ÜniversitesiKlinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİLGİN ARDA
- Karbapenem dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında direnç genlerinin Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile araştırılması ve Pulsed Field Gel Electrophoresis yöntemi ile genotip tayini
The investigation of resistance genes of carbapenem resistant Acinetobacter baumannii isolates with Pulsed Field Gel Electrophoresis
SİBEL GÖRDEBİL
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Bir eğitim ve araştırma hastanesi yoğun bakım ünitesi hastalarının kan kültürlerinden izole edilen karbapenem dirençli acinetobacter baumannii izolatlarında beta laktam direnç genlerinin ve klonal ilişkinin araştırılması
Investigation of beta-lactam resistance genes and clonal relationships in carbapenem-resistant acinetobacter baumannii isolates from blood cultures of patients in an education and research hospital intensive care unit
CANSET NUR AYDOGAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET TEVFİK YAVUZ
- Karbapenem dirençli Acinetobacter baumannii klinik izolatlarında direnç genlerinin moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation into clinical isolates of resistance genes in carbapenem resistant Acinetobacter baumannii by using molecular methods
HÜSEYİN BURAK ÖZÇELİK