Geri Dön

Meme kanserinde kodlanmayan RNA'ların düzenleyici rollerinin biyoinformatik olarak araştırılması

The bioinformatics investigation of the regulatory roles of non-coding RNAs in breast cancer

PDF İndir

  1. Tez No: 924954
  2. Yazar: BEGÜM KARAOĞLU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 163

Özet

Meme kanseri, dünya çapında kadınlar arasında en yaygın görülen kanser türüdür. Bu durum, hastalığın tanı ve tedavisinde kullanılabilecek yeni ve etkin biyobelirteçlerin keşfinin önemini vurgulamaktadır. Gen ifadesinin kontrolünde görev alan moleküllerin (transkripsiyon faktörleri, miRNA'lar ve lncRNA'lar gibi) birbirleriyle olan etkileşimlerinin belirlenmesinin, meme kanser oluşumunda rol oynayan karmaşık süreçlerin sistem biyolojisi yaklaşımıyla çözülmesine katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Bu amaçla tez çalışması kapsamında, invaziv duktal meme kanseri (IDC) hastalarından elde edilen 179 tümör ve 51 normal doku içeren 5 Yeni Nesil Dizileme (NGS) çalışması ile 490 tümör ve 122 normal doku içeren 8 mikrodizin çalışmasına ait ifade verileri GEO veri tabanından elde edilmiştir. Diferansiyel ifade analizleri sonucunda mRNA, miRNA, lncRNA ve TF düzenleyici moleküllerine ait ifade verileri, tez kapsamında geliştirilen devre analiz programı miRCuit'a yüklenerek incelenmiştir. Analizler sonucunda elde edilen devrelerden lncRNA CASC15, miR-130b-3p ve transkripsiyon faktörü KLF5'in meme kanseri oluşumunda önemli düzenleyici elemanlar olduğunu belirlenmiştir. Geliştirilen program ve bu çalışma sonucunda ortaya koyulan devrelerin, düzenleyici moleküller arasındaki ifade değişikliklerinin etkilerini anlamaya yardımcı olacağı ve tümör gelişimi sürecine dair kapsamlı bir bakış açısı sunacağı düşünülmektedir. Ayrıca, geliştirilen bu program, farklı çalışma alanlarından araştırmacıların düzenleyici devreler oluşturmasına olanak tanıyacaktır.

Özet (Çeviri)

Breast cancer is the most common type of cancer among women worldwide. This highlights the importance of discovering new and effective biomarkers that can be used for the diagnosis and treatment of the disease. It is believed that determining the interactions between molecules involved in gene expression regulation (such as transcription factors, miRNAs, and lncRNAs) will contribute to solving the complex processes involved in breast cancer development through a systems biology approach. For this purpose, expression data from 5 Next Generation Sequencing (NGS) studies containing 179 tumors and 51 normal tissues from invasive ductal breast cancer (IDC) patients, as well as 8 microarray studies with 490 tumors and 122 normal tissues, were obtained from the GEO database. Following differential expression analyses, the expression data of mRNA, miRNA, lncRNA, and TF regulatory molecules were loaded into the circuit analysis program, miRCuit, developed within the scope of this thesis and analyzed. The analysis results identified lncRNA CASC15, miR-130b-3p, and the transcription factor KLF5 as significant regulatory elements in the development of breast cancer. It is believed that the circuits developed in this study will help understand the effects of expression changes between regulatory molecules and provide a comprehensive perspective on the tumor development process. Moreover, the developed program will allow researchers from different fields to create regulatory circuits.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    414087

    Tamoxifen ve trastuzumab'a duyarlı meme kanseri hücrelerinde tamoxifen ve trastuzumab'a cevap veren mikroRNA (miRNA) profillerinin araştırılması

    The investigation of tamoxifen and trasuzumab responsive mirnas in tamoxifen and trastuzumab sensitive breast cancer cell lines

    SENEM NOYAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU

  2. Tez No

    966486

    Roles of chromosome 1Q in breast cancer

    Kromozom 1Q'nun meme kanserindeki rolü

    GAMZE TURAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    Moleküler TıpKoç Üniversitesi

    Hücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖZDE KORKMAZ

  3. Tez No

    945602

    Triple negatif meme kanseri hastalarında düzenleyici yolakta bulunan EZH2/miR-29b/LOXl4 ekspresyon seviyelerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of EZH2/miR-29b/LOXl4 expression levels in the regulatory pathway in triple negative breast cancer patients

    BÜŞRA SARUHAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    GenetikAtatürk Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÇİĞDEM YÜCE KAHRAMAN

  4. Tez No

    632546

    Effect of doxorubicin and microrna-140-3p on pd-L1 expression in colon cancer

    Kolon kanserinde doxorubıcın ve mıcrorna-140-3p'nin pd-L1 ifadesine olan etkisi

    NOEL MOPOUGUINI NABA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    Assoc. Prof. Dr. AYÇA SAYI YAZGAN

  5. Tez No

    520282

    Meme kanseri hastalarında LNCRNA-GAS5 ve hedef geni APOBEC3c ' nin miR-103 yoluyla ifadelenme modelleri

    Expression patterns of LNCRNA-GAS5 and its target APOBEC3c gene through miR-103 in breast cancer patients

    BELAN OTHMAN KANABE KANABE

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyolojiGaziantep Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ÖZASLAN

Geri Dön