Klinik E. Coli izolatlarında plazmit aracılı MCR gen bölgelerinin varlığının araştırılması ve bu genlerin yakın ilişkilerinin tespiti
Investigation of the presence of plasmid-mediated MCR gene regions in clinical E. Coli isolates and determination of close relationships of these genes
- Tez No: 926440
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TOĞRUL NAĞIYEV, DR. ÖĞR. ÜYESİ MEDİHA BEGÜM KAYAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 50
Özet
E. coli, hastane kaynaklı enfeksiyonlarda en sık izole edilen gram negatif bakterilerden biridir. Normal flora üyesi olmasının yanında sebep olduğu sistemik enfeksiyonlar ile de bilinir. Bu enfeksiyonları önemli kılan ana etken ise bakterilerin rutin tedavide kullanılan antibiyotiklere karşı geliştirdiği dirençtir. Kolistin, gram negatif bakterilere karşı kullanılan son seçenek antibiyotiklerden birisidir. Kullanımı nefrotoksisite ve nerotoksisitesi nedeniyle kısıtlanmasına karşın, son zamanlarda özellikle çoklu ilaç direnci geliştiren suşların ortaya çıkmasıyla yeniden önem kazanmıştır. Ancak kolistinin bilinçsiz kullanımı bu antibiyotiğe karşı da direnç gelişmesine neden olmuştur. Günümüze kadar bilinen kolistin direncinin sadece intrinsik genlerdeki mutasyonlar nedeniyle olduğu düşünülmekteydi. Ancak mobil kolistin direnç (mcr) genlerinin keşfiyle, kolistin direncinin plazmid aracılığıyla suşlar arasında aktarılabildiği keşfedilmiştir. Bu genlerin tanımlanan 10 farklı alleli vardır. Çalışmamızda, bugüne kadar plazmid üzerinde tanımlanan tüm mcr allellerinin varlığını araştırarak bölgemizdeki plazmid aracılı direncin prevalansını ve tespit edilen genlerin birbirleriyle olan ilişkisini belirlemeyi amaçladık. Bu amaçla çalışmamıza, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'nda izole edilen ve ardışık sırayla seçilen 26 klinik E. coli suşu dahil edildi. Bu izolatlardan 2'si (%7,69) kolistine dirençli idi. 26 E. coli suşu konvansiyonel yöntemlerle doğrulandıktan sonra kolistin direnç profilleri sıvı mikrodilüsyon testi ile doğrulandı. İzolatlardan kit kullanılarak plazmid izole edilip, real-time PCR yöntemi ile mcr gen bölgelerinin varlığı incelendi. Bir dirençli izolatta mcr-1 geni tespit edilirken, diğer mcr allellerine hiçbir izolatta rastlanmadı. Çalışmanın sonucunda mcr-1 pozitif izolat oranı %3,8 (1/26), dirençli suşlar içerisindeki oranı ise % 50 (1/2) olarak bulundu. İzolatlarda mcr-1 geni haricinde hiçbir mcr alleli bulunamaması nedeniyle genler arası ilişkiler tespit edilememiştir. Kolistin direnç prevelansının düşük olması ve kolistin dirençli bir izolattaki mcr-1 dışında mcr genlerine rastlanmaması bölgemizdeki antibiyotik direnci için riskin henüz düşük olduğunu göstermektedir. Çalışmamız aynı zamanda bölgemizde E. coli izolatlarında tüm plazmid aracılı mcr allellerinin birlikte bakıldığı ilk çalışmadır.
Özet (Çeviri)
E. coli is one of the most commonly isolated gram-negative bacteria in hospital-acquired infections. In addition to being a member of the normal flora, it is also known for causing systemic infections. The main factor that makes these infections significant is the resistance developed by the bacteria to antibiotics commonly used in routine treatment. Colistin is one of the last-resort antibiotics used against gram-negative bacteria. Although its use is restricted due to nephrotoxicity and neurotoxicity, it has regained importance in recent times, especially with the emergence of strains that have developed multidrug resistance. However, the indiscriminate use of colistin has also led to the development of resistance to this antibiotic. Until now, it was believed that the colistin resistance was only due to mutations in intrinsic genes. However, with the discovery of mobile colistin resistance (mcr) genes, it was revealed that colistin resistance can be transferred between strains via plasmids. There are 10 different alleles of these genes. In our study, we aimed to investigate the presence of all mcr alleles identified on plasmids in order to determine the prevalence of plasmid-mediated resistance in our region and to explore the relationships between the detected genes. For this purpose, 26 clinical E. coli strains, isolated and consecutively selected from the Department of Medical Microbiology at Çukurova University Faculty of Medicine, were included in the study. Two of these isolates were resistant (%7.69) to colistin. After the 26 E. coli strains were confirmed using conventional methods, their colistin resistance profiles were validated by a broth microdilution test. Plasmids were isolated from the strains using a kit, and the presence of mcr gene regions was investigated by real-time PCR. The mcr-1 gene was detected in one resistant isolate, while no other mcr alleles were found in any of the isolates. As a result of the study, the ratio of mcr-1 positive isolates was found to be 3.8% (1/26), and the ratio among resistant strains was 50% (1/2). Due to the absence of any other mcr alleles besides mcr-1 in the isolates, the relationships between the genes could not be determined. The low prevelance of colistin resistance and the absence of mcr genes other than mcr-1 in the colistin-resistant isolate suggest that the risk of antibiotic resistance in our region is still low. Our study is also the first to examine all plasmid-mediated mcr alleles in E. coli isolates in our region.
Benzer Tezler
- Klinik örneklerden izole edilen enterobacteriaceae izolatlarında plazmid aracılı kolistin direncinin moleküler yöntemler ile araştırılması
Investigation of plasmid mediated colistin resistance by molecular methods in enterobacteriaceae isolates isolated from clinical samples
TOLGA TOROL
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Eczacılık ve FarmakolojiMersin ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MAHMUT ÜLGER
- Hastane enfeksiyonlarından en sık izole edilen gram negatif bakterilerde beta laktam antibiyotiklere, aminoglikozidlere ve kolistine karşı gelişen direncin moleküler olarak tanımlanması
The molecular identification of resistance of gram negative bacteria, which are mostly isolated from hospital infecitons, against beta lactam antibiotics, aminoglycosides and colistin.
TÜLAY KANDEMİR
Doktora
Türkçe
2021
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TOĞRUL NAĞIYEV
- Klinik Escherichia coli izolatlarında plazmit aracılı kinolon direnç genlerinin araştırılması
Investigation of plasmid-mediated quinolone resistance genes in clinical Escherichia coli isolates
AHMED MOHSIN SALEH AL-AZZAWI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiKırşehir Ahi Evran ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA FİLİZ ARI
- Klinik Escherichia coli izolatlarında antibiyotik direnç genlerinin araştırılması ve bazı bitki özütlerinin kinolon dirençli izolatlar üzerine etkisinin belirlenmesi
Investigation of antibiotic resistance genes in clinical Escherichia coli isolates and determination of the effect of some plant extracts on quinolon resistant isolates
FUNDA OKUMUŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyoteknolojiGümüşhane ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AZER ÖZAD DÜZGÜN
- İdrar yolu enfeksiyonlarından izole edilen Enterobacteriaceae'lerde antibiyotik direnç genlerinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of antibiotic resistance genes in Enterobacteriaceae isolated from urinary tract infections (UTI)
HUSAM MAHDI SALEH ALSHABBANI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiKırşehir Ahi Evran ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELİF SEVİM