Bazı buğday genotiplerinde barley yellow dwarf virus mav (bydv-mav)'a toleranslık sağlayan bdv1 geninin moleküler belirteç ile belirlenmesi
Determination of the bdv1 gene providing tolerance to barley yellow dwarf virus mav (bydv-mav) in some wheat genotypes by molecular marker
- Tez No: 928039
- Danışmanlar: DR. SEVDİYE YORGANCI, PROF. DR. SERAP AÇIKGÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Bdv1 geni, BYDV MAV, Luteovirus mavhordei, SSR markörü, Virüs dayanıklılığı, Bdv1 gene, BYDV MAV, Luteovirus mavhordei, SSR marker, Virus resistance
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Aydın Adnan Menderes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fitopatoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 93
Özet
Amaç: Barley yellow dwarf virus'e orta derece dayanıklılık sağladığı bilinen Bdv1 geninin varlığının moleküler markör ile araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla öncelikle, WMS130 ve Lr34-D belirteçlerinin uygulanabilirlik yönünden karşılaştırılması sonucu belirlenen WMS130 markörü ile 156 adet durulmuş kademedeki buğday genotipinde Bdv1 geninin varlığının belirlenmesi araştırılmıştır. Materyal ve Yöntem: Bu tez çalışması kapsamında 156 adet durulmuş kademedeki buğday genotipleri ve pozitif kontrol Anza buğday genotipi üzerinde çalışmalar yürütülmüştür. İzolasyon başlangıç materyali belirlenmesi (tohum/yaprak), DNA/RNA izolasyon yöntemlerinin tayini ve moleküler markör seçimi için pozitif kontrol Anza buğday bitkisi dahil olmak üzere toplam beş buğday genotipi ile ön çalışma gerçekleştirilmiştir. Ön çalışma kapsamında tohumdan DNA izolasyonu, yapraktan DNA ve TNA izolasyonları gerçekleştirilmiştir. İzole edilen DNA/RNA'lar kalıp olarak kullanılarak PCR/RT-PCR analizleri yapılmış ve bu sonuçlara göre moleküler markör seçilmiştir. Markörlerin uygulanabilirlik, güvenirlilik ve maliyeti açısından değerlendirilmesi ile birlikte izolasyon yöntemlerindeki performans/başarı ve saflık/kalite değerlendirilmesi yapıldıktan sonra tüm genotiplerde Bdv1 geninin varlığının araştırılması amacıyla yapraktan DNA izolasyonu ve WMS130 markörünün kullanılması uygun bulunmuştur. Genotiplerde WMS130 markörü ile yapılan PCR analizleri sonrasında en iyi profil görüntüsü veren iki buğday genotipi Maden ve Dağdaş94 2 adet örneğe ait PCR ürünü sekansa gönderilmiştir. Ayrıca Anza çeşidinin yapraktan TNA izolasyonu ile Lr34-D markörü kullanılarak elde edilen PCR ürünü sekansa dahil edilmiştir. Bulgular: Genotiplerde Bdv1 geninin varlığının araştırılması için yapılan ön çalışmalar ile en uygun izolasyon başlangıç materyali (tohum/yaprak), marköre özgü en uygun DNA/RNA izolasyon yöntemi ve markörü belirlenmiştir. Ön çalışma bulgularına göre; Lr34-D markörü ile yapılan PCR analizlerinde yapraktan DNA izolasyonu ve yapraktan TNA izolasyonu karşılaştırıldığında TNA izolasyonun kullanılmasının uygun olduğu tespit edilmiştir. Bu TNA izolasyonu ile yapılan PCR sonuçlarına göre Bdv1 genine özgü 398 bp boyutunda bant elde edilmiştir. Yapraktan elde edilen DNA ile yapılan PCR analizinden sonuç elde edilememiştir. WMS130 markörü kullanıldığında tohumdan DNA izolasyonu ve yapraktan DNA izolasyonundan elde edilen DNA ile yapılan PCR analizinde Bdv1 genine özgü 130 bp boyutunda bant elde edilmiştir. Böylece WMS130 markörü için her iki izolasyon yönteminin de uygun olduğu belirlenmiştir. İzolasyonda DNA'ların saflığı ve kalitesi göz önünde bulundurulduğunda WMS130 markörü için yapraktan gerçekleştirilen DNA izolasyon yönteminin en uygun olduğu bulunmuştur. Yapılan ön çalışma sonuçlarına göre Lr34-D ve WMS130 ile alınan sonuçlarda markörlerin uygulanabilirliği, güvenilirliği ve maliyeti göz önünde bulundurulduğunda genotiplerde Bdv1 geninin varlığının araştırılması için yapraktan DNA izolasyonu ve WMS130 markörünün kullanılması uygun görülmüştür. Yapraktan DNA izolasyonu ile WMS130 markörü kullanılarak yapılan PCR ürünün sekanslanması sonucunda Maden genotipinin Rhizoctonia solani ile ve Dağdaş94 genotipinin ise Ascomycete sp. ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Anza çeşidinin Lr34-D markörü ile yapılan PCR ürünün sekans sonucu KU711570.1 no ile kayıtlı Triticum dicoccoides'e ve KU711538.1 no ile kayıtlı Triticum monococcum ile ilişkili olduğu ortaya konmuştur. Sonuç: 156 adet durulmuş kademedeki buğday genotipinde yapraktan DNA izolasyonu ve WMS130 markörü kullanılarak yapılan analiz sonucunda 104 adet buğday genotipinde Bdv1 genine rastlanmıştır. Ancak genotiplerin fenotipik tepkilerinin değerlendirilmesi sonrası BYDV MAV'a dayanıklılık/toleranslılık durumları ortaya çıkmış olabilecektir. Yapılan sekans analizleri sonucu Dağdaş94 genotipinin Ascomycete sp. ve Maden genotipinin R. solani ile ilişkili olduğu bulunmuştur. WMS130, sadece Bdv1 genini tespit etmek için spesifik olmayıp bazı fungal hastalıklara dayanıklılık sağlayan genleri de belirlemede kullanılabilecek çok yönlü bir markör olduğu sonucuna varılmıştır. Anza çeşidinde Lr34-D markörü kullanıldığında buğday ataları olan Triticum dicoccoides ve Triticum monococcum ile ilişkili olduğu yapılan sekans analizi ile belirlenmiştir. Gelecekte yapılacak olan çalışmalarda buğday genotiplerinde Bdv1 geninin saptanması için Lr34-D markörünün uygun bir alternatif olacağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Objective: It was aimed to investigate the presence of the Bdv1 gene, which is known to provide moderate resistance to Barley yellow dwarf virus, with a molecular marker. For this purpose, first of all, the presence of the Bdv1 gene in 156 mature wheat genotypes was investigated with the WMS130 marker, which was determined by comparing the WMS130 and Lr34-D markers in terms of applicability. Material and Methods: Within the scope of this thesis study, studies were carried out on 156 dormant stage wheat genotypes and the positive control Anza wheat genotype. A preliminary study was carried out with a total of five wheat genotypes, including the positive control Anza wheat plant, for the determination of isolation starting material (seed/leaf), determination of DNA/RNA isolation methods and molecular marker selection. Within the scope of the preliminary study, DNA isolation from seeds, whole DNA and TNA isolations from leaves were carried out. PCR/RT-PCR analyzes were performed using the isolated DNA/RNAs as templates and the molecular marker was selected according to these results. After evaluating the markers in terms of applicability, reliability and cost, as well as evaluating the performance/success and purity/quality of the isolation methods, it was found appropriate to use leaf DNA isolation and the WMS130 marker to investigate the presence of the Bdv1 gene in all genotypes. After the PCR analyzes performed with the WMS130 marker on the genotypes, the PCR products of 2 samples of the two wheat genotypes Maden and Dağdaş94 that gave the best profile images were sent to the sequence. In addition, the PCR product obtained by TNA isolation from the leaf of Anza variety and using the Lr34-D marker was included in the sequence. Results: With the preliminary studies carried out to investigate the presence of the Bdv1 gene in genotypes, the most suitable isolation starting material (seed/leaf), the most suitable DNA/RNA isolation method and marker specific to the marker were determined. According to preliminary study findings; In the PCR analyzes performed with the Lr34-D marker, when DNA isolation from the leaf and TNA isolation from the leaf were compared, it was determined that the use of TNA isolation was appropriate. According to the PCR results performed with this TNA isolation, a 398 bp band specific to the Bdv1 gene was obtained. No results were obtained from PCR analysis performed with DNA obtained from the leaf. When the WMS130 marker was used, a 130 bp molecular size band specific to the Bdv1 gene was obtained in the PCR analysis performed with DNA obtained from seed DNA isolation and leaf DNA isolation. Thus, it was determined that both isolation methods were suitable for the WMS130 marker. Considering the purity and quality of DNA in isolation, it was found that the leaf DNA isolation method was most suitable for the WMS130 marker. According to the results of the preliminary study, considering the results obtained from both Lr34-D and WMS130 markers and the applicability, reliability and cost of the markers, it was deemed appropriate to use leaf DNA isolation and the WMS130 marker to investigate the presence of the Bdv1 gene in genotypes. As a result of DNA isolation from the leaf and sequencing of the PCR product using the WMS130 marker, Maden genotype was identified as Rhizoctonia solani and Dağdaş94 genotype was identified as Ascomycete sp. It was found to be associated with. The sequence result of the PCR product performed with the Lr34-D marker of the Anza variety revealed that it is related to Triticum dicoccoides registered with number KU711570.1 and Triticum monococcum registered with number KU711538.1. Conclusion: As a result of analysis performed using leaf DNA isolation and WMS130 marker in 156 established stage wheat genotypes, Bdv1 gene was found in 104 wheat genotypes. However, resistance/tolerance to BYDV MAV may have emerged after evaluating the phenotypic responses of the genotypes. As a result of the sequence analysis, Dağdaş94 genotype is Ascomycete sp. and Maden genotype was found to be associated with R. solani. It was concluded that WMS130, which is a versatile marker, is not only specific for detecting the Bdv1 gene, but also can be used to identify genes that provide resistance to some fungal diseases. It is thought that the Lr34-D marker will be a suitable alternative in the detection of the Bdv1 gene in wheat genotypes in future studies.
Benzer Tezler
- Bazı buğday genotiplerinin barley yellow dwarf virus (BYDV)'ne markör destekli seleksiyon ile dayanıklılıklarının belirlenmesi ve reaksiyonlarının değerlendirilmesi
Determining the resistance of some wheat genotypes to barley yellow dwarf virus (BYDV) by marker assisted selection and evaluation of their reactions
SEVDİYE YORGANCI
Doktora
Türkçe
2021
ZiraatAydın Adnan Menderes ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP AÇIKGÖZ
- Bazı buğday genotiplerinin sarı cücelik virüslerine karşı dayanıklılığının genotipik ve fenotipik karakterizasyonunun belirlenmesi
Determination of the genotypic and phenotypic characterization of some wheat genotypes resistance to yellow dwarf viruses
MAHİR BAŞARAN
Doktora
Türkçe
2022
ZiraatHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KADRİYE ÇAĞLAYAN
- Seçilmiş arpa (Ordeum vulgare L. ) ve buğday (Triticum spp. ) genotiplerinde bazı özelliklerin Antalya koşullarında belirlenmesi
Determination of some characters selected barley and wheat genotypes Antalya land conditions
AHU ÇINAR
- Tuz stresi altındaki bazı buğday (Triticum aestivum L.) genotiplerinde potasyum nitrat uygulamalarının etkisinin fizyolojik olarak araştırılması
Investigation of the physiological effect of potassium nitrate applications on the some wheat (Triticum aestivium L.) genotypes under salt stress
TUBA TÜFEKÇİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiSakarya ÜniversitesiFen Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ DOĞRU
- Doğu Anadolu bölgesinde yetiştirilen bazı buğday ve arpa genotiplerinde soğuğa dayanıklılık ve vernalizasyon ihtiyacının belirlenmesi
The Determination of cold hardiness and vernalization requirement on some wheat and barley genotypes grown in Eastern Anatolia region
TELAT YILDIRIM