Functional Analysis of CSMD1 in Breast Cancer and Kidney Physiology
Meme Kanseri ve Böbrek Fizyolojisinde CSMD1'in Fonksiyonel Analizi
- Tez No: 929970
- Danışmanlar: DR. SANDRA M. BELL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Molecular Medicine, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Böbrek, Epitel-mezenkimal geçiş, Meme, Meme kanseri, RNA dizileme, İmmünohistokimya, Kidney, Epithelial-mesenchymal transition, Breast, RNA sequencing, Immunohistochemistry
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Unıversıty Of Leeds
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Temel Tıp Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
CUB ve Sushi Çoklu Domain 1 (CSMD1), gelişim, kompleman sistemi düzenlemesi, nörogelişim ve kanser ilerlemesi gibi çeşitli hücresel işlevlerde rol alan bir transmembran proteindir; ancak etki mekanizmaları hala tam olarak aydınlatılamamıştır. CSMD1'in daha geniş biyolojik işlevlerini araştırmak amacıyla, CRISPR teknolojisi kullanılarak CSMD1 ifadesi düşürülmüş (Knockdown, KD) T47D meme kanseri hücre modeli ve Csmd1 geninin yok edildiği (Knockout, KO) fare böbrek modeli oluşturulmuş ve bu modellerde RNA-Seq analizleri gerçekleştirilmiştir. Ayrıca, Csmd1 KO ve yabanıl tip (WT) farelerin böbrek gelişimi 4, 6, 8 ve 12. haftalarda değerlendirilmiş, 12 haftalık farelerde kreatinin düzeyleri karşılaştırılarak böbrek fonksiyonları incelenmiştir. CRISPR CSMD1 KD T47D hücre modelinde, CSMD1 ifadesinin azaltılması, bağışıklıkla ilişkili yollarda (özellikle interferon sinyal yolunda) belirgin değişikliklere yol açmıştır; antiviral genler (örneğin IFITM3) yukarı regüle edilirken, hücre adezyonuyla ilişkili genler (örneğin CLDN16 ve TP63) aşağı regüle edilmiştir. Bu durum, CSMD1'in bağışıklık düzenlenmesi ve epitel bütünlüğünde önemli bir rol oynadığını göstermektedir. Csmd1 KO böbrek modelinde ise, Csmd1 kaybı bağışıklık düzenleyici genlerin (örneğin Gbp2b, Ifi44l, C3) ekspresyonunun azalmasına yol açmış, bu da bağışıklığın zayıfladığını ve böbrek inflamasyonuna yatkınlığın arttığını düşündürmektedir. RNA-Seq analizleri, Csmd1 KO böbrek modelinde SLC taşıyıcılarının gen ifadelerinin düzensizleştiğini ortaya koymuş, bu da CSMD1'in böbrek fonksiyonları için kritik olan besin ve iyon taşınımında önemli bir rol oynadığını göstermiştir. Her iki modelde de CSMD1'in kalsiyum taşınımını etkilediği, bunun da apoptoz ve proliferasyon yolları üzerinde etkili olduğu gözlenmiştir. Lipid metabolizmasıyla ilişkili genlerdeki değişimler, CSMD1'in lipid depolanmasında da rolü olabileceğini, bunun ise hem böbrek sağlığını hem de kanser progresyonunu etkileyebileceğini düşündürmektedir. Ayrıca, Csmd1 silinmesi E-kaderin/N-kaderin protein düzeylerinde dalgalanmalara neden olmuş; bu durum epitel-mezenkimal geçiş (EMT) ve hücre dışı matriks (ECM) bütünlüğünü etkilemiştir. 6. haftada Csmd1 KO farelerde böbrek boyutunun küçüldüğü, glomerül büyümesinin ve yoğunluğunun arttığı, 12. haftada ise kolajen birikimi ve kreatinin düzeylerinde artış gözlenmiştir. Bu bulgular, CSMD1'in ECM düzenlenmesi, fibrozis ve doku stabilitesi açısından kritik olduğunu ortaya koymaktadır. Elde edilen bulgular, CSMD1'in bağışıklık düzenlenmesi, iyon taşınımı, hücre adezyonu ve metabolizma üzerindeki rollerini ortaya koyarak, CSMD1'in böbrek fonksiyonları ve kanser biyolojisi açısından önemli bir terapötik hedef olabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
CUB and Sushi Multiple Domains 1 (CSMD1) is a transmembrane protein involved in various cellular functions, including development, complement regulation, neurodevelopment, and cancer progression, though its mechanisms remain unclear. To investigate CSMD1's broader biological functions, a CRISPR CSMD1knockdown (KD) T47D breast cancer cell model and a Csmd1 knockout (KO) mouse kidney model were used, with RNA-Seq analyses performed. Additionally, kidney development was evaluated in Csmd1 KO and wild-type (WT) mice at 4, 6, 8, and 12 weeks, with kidney function assessed by comparing creatinine levels in 12-week-old mice. In the CRISPR CSMD1 KD T47D model, CSMD1 reduction significantly altered immune-related pathways (interferon signalling pathway), up-regulating antiviral genes like IFITM3 and down-regulating cell adhesion genes such as CLDN16 and TP63, indicating CSMD1's role in immune modulation and epithelial integrity in cancer. In the Csmd1 KO kidney model, loss of Csmd1 led to reduced expression of immune regulatory genes (e.g., Gbp2b, Ifi44l, C3), suggesting compromised immune defence and susceptibility to kidney inflammation. RNA-Seq analysis in the Csmd1 KO kidney model revealed dysregulation of SLC transporters, emphasizing CSMD1's role in nutrient and ion handling essential for renal function. Both models showed CSMD1's influence on calcium transport, impacting apoptosis and proliferation pathways. Changes in lipid metabolism genes suggest a role in lipid storage, potentially affecting kidney health and cancer progression. Csmd1 deletion also showed fluctuating E-cadherin/N-cadherin protein expression, which had an impact on epithelial-mesenchymal transition (EMT) and extracellular matrix (ECM) integrity. By 6-weeks, Csmd1 KO mice exhibited reduced kidney size, glomerular enlargement and increased density, with heightened collagen deposition and creatinine levels by 12-weeks, highlighting CSMD1's importance in ECM regulation, fibrosis and tissue stability. These findings underscore CSMD1's roles in immune regulation, ion transport, cell adhesion, and metabolism, with implications for renal function and cancer biology, making it a potential therapeutic target.
Benzer Tezler
- IEEE 1149.1 standardı kullanarak test edilebilir lojik devre tasarımı
Testable lojik circit design by using IEEE 1149.1 standard
A.BETÜL TUNCER
- Genome wide quantitative trait loci analysesof body composition and obesity
Vücut kompozisyonu ve obezitenin genom çapında kantitatif özellik lokusları analizleri
AYÇA DOĞAN
Doktora
İngilizce
2011
Humboldt-Unıversıtat Zu BerlınMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Functional analysis of a mirna putatively involved in powdery mildew disease susceptibility in barley
Arpada külleme hastalığı oluşumunda görev aldığı varsayılan bir mirna?nın fonksiyonel analizi
GÜLAY DAĞDAŞ
- Functional analysis of the genes in the glucose metabolic network by a system based modular approach
Glikoz metabolik ağındaki genlerin sistem bazlı modüler yaklaşım ile işlevsel analizi
OKAN YÜZÜAK
- Functional analysis of a splice site mutation in GABRG2 gene and its effect on gabaa receptor
GABRG2 geninde bulunan bir kırpılma bölge mutasyonunun fonksiyonel analizi ve gabaa reseptörüne etkisi
ÖYKÜM KAPLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Boğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
