Geri Dön

Aminoglikozit dirençli bakterilerde rRNA metiltransferaz enzimi için aptamer geliştirilmesi ve karakterizasyonu

Development and characterization of aptamer for rRNA methyltransferase enzyme in aminoglycoside resistant bacteria

PDF İndir

  1. Tez No: 930059
  2. Yazar: YİĞİT TERZİ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HÜSNİYE TANSEL YALÇIN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biochemistry, Biotechnology, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 136

Özet

Dünya Sağlık Örgütü tarafından tüberküloz, endokardiyal ve meningeal enfeksiyonlar ve veba dahil olmak üzere bakteriyel enfeksiyonların tedavisi için aminoglikozit grubu antibiyotikler, kritik öneme sahip antimikrobiyaller olarak listelenmiştir. Bu antibiyotiğe karşı geliştirilen direnç mekanizması plazmit ile aktarılabildiği için hızlı bir şekilde bakteriler arasında yayılabilmektedir. Bu nedenle aminoglikozit dirençliliğinin takibi çalışmanın hedefi olarak belirlenmiştir. Bu hedef doğrultusunda çalışmanın amacı ise aminoglikozit dirençliliğinin saptanması için tanıyıcı molekül olarak aptamer geliştirilmesidir. 16S rRNA metil transferaz enzimi aminoglikozit direncinde etkin rol oynayan enzimlerdendir. Enzim ribozomu metilleyerek, aminoglikozitin tanslasyonu bloke edici etkisini engellemektedir. Bu nedenle bu enzimin varlığını saptanabilmesi ve takip edilebilmesi, dirençliliğinde saptanıp takip edilebilmesine olanak sağlamaktadır. Bu gerekçeler nedeni ile aminoglikozit dirençliliğinin saptanabilmesi ya da takip edilebilmesi için aptamer geliştirilmesi amaçlanılmıştır. Tez çalışması içerisinde dirençliliğe neden olan 16S rRNA metil transferaz enzimi E.coli T7 'ye klonlanarak aktif enzim olarak elde edilmiştr. SELEX metoduyla 14 tur sonunda aptamer kütüphanesi taranarak enzim için uygun olduğu düşününülen aptamer grupları sekansa gönderilmiştir. Sekansların biyoinformatik analizinden sonra 2 adet aptamer belirlenip bağlanma analizleri yapılmıştur. EMSA analizi sonucunda A1 ve A2 aptamerinin, armA proteinine spesifik olarak bağlandığı görülmüştür. Bağlanma sonucunda A1 aptamerinin Kd değeri 951 ppm, A2 aptamerinin Kd değeri 1014 ppm bulunmuştur.

Özet (Çeviri)

The World Health Organization has listed aminoglycoside antibiotics as critically important antimicrobials for treating bacterial infections, including tuberculosis, endocardial and meningeal infections, and plague. Due to their ability to be transferred via plasmids, mechanisms of resistance against these antibiotics can spread rapidly among bacteria. Therefore, monitoring aminoglycoside resistance mechanisms has been identified as a key focus of this study. Accordingly, the aim of the study is to develop aptamers as molecular recognition element for detecting aminoglycoside resistance. The 16S rRNA methyltransferase enzyme plays a significant role in aminoglycoside resistance by methylating the ribosome, thereby preventing the inhibitory effect of aminoglycosides on translation. Detecting and monitoring the presence of this enzyme allows for the identification and tracking of resistance. Therefore, the development of aptamers for detecting or monitoring aminoglycoside resistance is aimed at addressing these reasons. Within the thesis study, the enzyme 16S rRNA methyltransferase, which causes resistance, was cloned into E. coli T7 to obtain the active enzyme. Using the SELEX method, the aptamer library was screened through 14 rounds, and groups of aptamers thought to be suitable for the enzyme were sent for sequencing. After the bioinformatic analysis of the sequences, two aptamers were identified, and binding analyses were conducted. The EMSA analysis demonstrated that the A1 and A2 aptamers specifically bind to the armA protein. The binding resulted in a Kd value of 951 ppm for the A1 aptamer and 1014 ppm for the A2 aptamer.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    878237

    A drug repurposing study to target bacterial ribosome decoding center with molecular docking and molecular dynamics simulations

    Moleküler kenetleme ve moleküler dinamik simülasyonu ile bakteriyel ribozom şifre çözme merkezini hedefleyen ilaç yeniden konumlandırması

    BERİL ATEŞ ULUTÜRK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS

  2. Tez No

    202885

    Antibiyotik üretici streptomisetlerin izolasyonu, identifikasyonu, aktif metabolitlerinin saflaştırılması ve karakterizasyonu

    The isolation and identification of antibiotic producing streptomycetes, purification and characterization of active metabolites

    ÖZGÜR CEYLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    BiyolojiMuğla Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYSEL UĞUR

  3. Tez No

    574939

    Impact of untreated hospital effluents on dissemination of antibiotic resistance genes

    Arıtılmamış hastane atık sularının antibiyotik direnç genlerinin yayılımına etkisi

    OSMAN KAYALI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BÜLENT İÇGEN

  4. Tez No

    652367

    Providencia izolatlarında aminoglikozid direnç genlerinin araştırılması

    Investigation of aminoglycoside resistance genes in providencia isolates

    EBRU ATAYETER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    MikrobiyolojiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAHMUT BAYKAN

  5. Tez No

    103336

    Hastane ve toplum kaynaklı gram negatif bakterilerde aminoglikozit direnci

    Başlık çevirisi yok

    HAVVA MENDEŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıDicle Üniversitesi

    Y.DOÇ.DR. MEHMET FARUK GEYİK

Geri Dön