Klinik ekzom dizileme yapılan hastalarda ikincil bulguların retrospektif olarak taranması
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 930112
- Danışmanlar: PROF. DR. MUNİS DÜNDAR
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 143
Özet
Bu çalışmada, 2383 hastanın Klinik Ekzom Dizileme (KED) verileri retrospektif olarak analiz edilerek ikincil bulgular incelenmiştir. Hem ACMG kılavuzu v3.2'deki 81 gen hem de kılavuz dışı eyleme geçirilebilirliği olan 23 gen değerlendirilmiştir. Çalışma, Türk popülasyonunda ikincil bulguların ele alındığı en kapsamlı çalışma olmasının yanı sıra, kılavuz dışı tesadüfi bulguların incelendiği ilk çalışmadır. Tek nükleotid varyantları analiz edilmiş ve kopya sayısı değişiklikleri kapsam dışında tutulmuştur. ACMG kılavuzundaki genlerde %4,49, kılavuz dışı genlerde ise %7,55 oranında raporlanabilir varyant saptanmıştır. Kılavuz dışı genlerde taşıyıcılık oranı %22,2 gibi yüksek bir değer göstermiştir. ACMG genleri için en sık ikincil bulgu saptanan grup kardiyovasküler hastalık fenotipiyle ilişkili genlerdir (%60). Kılavuz dışı genlerde ise en sık kanser fenotipi ile ilgili genlerin olduğu grupta ikincil bulgu saptanmıştır (%34). Çalışmada ACMG kılavuzundaki 17 gende 29 varyant, kılavuz dışı 9 gende 13 varyant olmak üzere toplam 26 gende 42 yeni varyant tespit edilmiştir. KED testinin hem ACMG kılavuzundaki hem de kılavuz dışı genlerde ikincil bulguların tespiti açısından verimli bir yöntem olduğu bulunmuştur. Bu bulguların bildirilmesi, erken tanı ve tedavi imkânı sağlayarak hastaların prognozunu iyileştirebilir ve genetik danışmanlık yoluyla aile bireylerinin risk değerlendirmesine olanak tanıyabilir. Çalışmada tespit edilen yüksek taşıyıcılık oranları, akraba evliliği sıklığına bağlı genetik hastalık riskine dikkat çekmektedir. Sonuçlar, popülasyon genetiği farklılıklarının dikkate alınarak tarama programlarının düzenlenmesinin önemini vurgulamaktadır. Çalışmamız, kılavuzda yer almayan bazı genlerin Türk popülasyonu için ikincil bulgu değerlendirmesinde gözden geçirilmesinin fayda sağlayabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
This study retrospectively analyzed the Clinical Exome Sequencing (CES) data of 2383 patients and examined secondary findings, evaluating 81 genes in the ACMG guideline v3.2 and 23 genes with non-guideline actionability. Notably, this study is the most comprehensive examination of secondary findings in the Turkish population and the first to investigate incidental non-guideline findings. The analysis encompassed single nucleotide variants, while copy number alterations were excluded from the study. The presence of reportable variants was detected in 4.49% of ACMG guideline genes and 7.55% of non-guideline genes. Notably, the carrier rate for non-guideline genes reached as high as 22.2%. For ACMG genes, the most prevalent group associated with secondary findings was that of genes linked to cardiovascular phenotype (60%). In the case of non-guideline genes, secondary findings were most frequently detected in the group of genes associated with cancer phenotype (34%). The study identified 42 novel variants in a total of 26 genes, including 29 variants in 17 genes in the ACMG guidelines and 13 variants in 9 genes outside the guidelines. The CES test was found to be an efficient method for the detection of secondary findings in both ACMG guidelines and non-guideline genes. Reporting these findings may improve the prognosis of patients by enabling early diagnosis and treatment and may facilitate risk assessment of family members through genetic counseling. The high carrier rates detected in the study draw attention to the risk of genetic diseases associated with the frequency of consanguineous marriage, and the results emphasize the importance of organizing screening programs taking into account population genetic differences. The study suggests that certain genes may be considered candidate genes for secondary finding evaluation for the Turkish population.
Benzer Tezler
- Klinik ekzom dizileme sonucu elde edilen verilerden retrospektif olarak acmg ikincil bulgular ile ilişkili 81 gende ve genişletilmiş taşıyıcılık taraması için seçilen genlerde patojenik, muhtemel patojenik varyant sıklığının araştırılması
Investigation of the frequency of pathogenic/likely pathogenic variants in the data obtained retrospectively as a result of clinical exome sequencing in acmg 81 genes associated with secondary findings and expanded gene panel for carrier screening
ŞEHİME GÜLSÜN TEMEL
Doktora
Türkçe
2024
GenetikBaşkent ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUNUS KASIM TERZİ
DOÇ. DR. ŞEBNEM ÖZEMRİ SAĞ
- Primer immün yetmezlik tanısında genetik yöntemlerin yeri ve önemi
Genetic methods' importance and place in the diagnosis of primary immune deficiency
DOĞAN KAYMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Allerji ve İmmünolojiAnkara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAMİLE AYDAN İKİNCİOĞULLARI
- İleri evre akciğer adenokanserinde mutasyon analizi ve (18)F-FDG PET/BT metabolik parametrelerinin prognoz üzerine etkisi
Başlık çevirisi yok
AHMET MELİH ŞAHİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Göğüs HastalıklarıAnkara ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELİF ŞEN
- Hiperfosfatazya mental retardasyon sendromu düşünülen olgularda tüm ekzom sekanslama ile moleküler etiyolojinin belirlenmesi
Determination of molecular etiology by whole exome sequencing in suspected cases of hyperphosphatasia mental retardation syndrome
SELİN UZUN KARAÜZÜM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERİŞTAH FERDA ÖZKINAY
- Esansiyel trombositemi ve primer miyelofibrozis olgularında ASXL1, IDH1, IDH2 gen mutasyonları ve JAK2V617F allel yükü ile klinik seyir arasındaki ilişki
Impact of ASXL1, IDH1, IDH2 mutations and JAK2V617F allele burden in essential thrombocythemia and primary myelofibrosis on clinical course
İPEK YÖNAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Hematolojiİstanbul Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA DENİZ SARGIN