Adana-Mersin illerinde şeftali ve nektarin üretim alanlarında hastalıklara neden olan viroidlerin moleküler yöntemlerle saptanması ve karakterizasyonu
Detection and characterization of viroids causing diseases in peach and nectarine production areas in Adana-Mersin provinces by molecular methods
- Tez No: 932289
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUHARREM ARAP KAMBEROĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 144
Özet
Bu tez çalışması Adana, Mersin illerindeki şeftali ve nektarin üretim alanlarında viroidleri moleküler yöntemlerle saptamak, tespit edilen viroid etmenlerini tanımlamak, bu viroidlerin biyolojik özelliklerini ve patojenite etkilerini ortaya koymak amacıyla yürütülmüştür. 2022-2024 yılları arasında yapılan surveylerde, 92'si Adana (53 nektarin, 39 şeftali) ve 98'i Mersin (90 nektarin, 8 şeftali) ilinden olmak üzere toplam 190 örnek toplanmış ve tez çalışmasında kullanılmıştır. RT-PCR ve RT-qPCR testleri ile 23 örnekte Şeftali latent mozaik viroidi (Pelamoviroid latenspruni, PLMVd)'nin varlığı saptanmış olup, örneklerin hiçbirinde Şerbetçi otu cücelik viroidi (Hostuviroid impedihumuli, HSVd) tespit edilmemiştir. RT-PCR sonucuna göre PLMVd için 339 bp büyüklüğünde bant elde edilmiş olup, Adana ilinde toplanan nektarin örneklerinde bulaşıklık oranı %18.87, şeftali örneklerinde %10.26 iken, bu oran Mersin ilindeki nektarin örneklerinde %6.67, şeftali örneklerinde ise %37.5 olarak tespit edilmiştir. Genel olarak, toplanan örneklerde PLMVd'nin bulaşıklık oranı ise, %12.11 olarak hesaplanmıştır. Seçili bazı infekteli örneklerde PLMVd'nin farklı bitki dokularındaki (kök, yaprak, sürgün, çiçek, meyve) dağılımı incelenmiş, sürgün ve yaprak dokularında viroidin daha yoğun olduğu saptanmıştır. Ayrıca PLMVd etmeninin ağaçtaki dağılımını incelemek amacıyla seçili infekteli şeftali (Ufo-yassı şeftali) ve nektarin (Patagonia) ağaçlarının dört farklı yönünden (kuzey, güney, doğu, batı) alınan ve RT-PCR'ı yapılan yaprak örneklerinden de pozitif sonuç alınmıştır. Real-Time PCR sonuçlarına göre ise, PLMVd yoğunluğu örnekler arasında farklılık göstermiştir. Filogenetik analizler, Adana ve Mersin illerinde tespit edilen DNA dizilemesi yapılan tam genomlu PLMVd izolatlarının genbankasından seçilen dünya genelindeki diğer PLMVd izolatları ile %88-%91 oranda genetik benzerlik gösterdiğini ortaya koymuştur. Seçili bazı PLMVd izolatları ile yapılan ikincil yapı analizleri RNA yapısının çekiçbaşlı (hammerhead) ve çok dallanmış bir yapıya sahip olduğunu ve bu yapıların uluslararası referanslarla benzerlik taşıdığını göstermiştir. Bu yapıların herbirinde bir çekiçbaşı yapısı ve toplam 11 loop ile 11 pseudoknot bulunduğu tespit edilmiştir. Ayrıca çekiçbaşlı yapıda korunan dörtlü (4-bp) nükleotid dizileri görülmüş ve özellikle HHH (kissing hairpin) tipi 8. pseudoknot oluşturabileceği gözlemlenmiştir. Biyolojik tanılama çalışmalarında, kullanılan test bitkilerinde (Prunus persica GF-677 ve Prunus persica Garnem) yapraklarda mozaikleşme, albinizm, kloroz, şekil bozukluğu, buruşukluk, kıvırcıklaşma ve yaprakların daralması gibi belirtiler gözlenmiş, tespiti yapılan PLMVd etmenin varlığı biyolojik olarak da doğrulanmıştır.
Özet (Çeviri)
This thesis was conducted with the aim of detecting viroids in the peach and nectarine production areas of Adana and Mersin provinces using molecular methods, identifying the detected viroid agents, and revealing the biological characteristics and pathogenic effects of these viroids. During the surveys conducted between 2022 and 2024, a total of 190 samples were collected, with 92 from Adana (53 nectarine, 39 peach) and 98 from Mersin (90 nectarine, 8 peach), which were used in the thesis. The presence of Peach latent mosaic viroid (Pelamoviroid latenspruni, PLMVd) was detected in 23 samples using RT-PCR and RT-qPCR tests, while no Hop stunt viroid (Hostuviroid impedihumuli, HSVd) was detected in any of the samples. According to the RT-PCR results, a 339 bp band was obtained for PLMVd, and the infection rate in nectarine samples from Adana was 18.87%, in peach samples 10.26%, while in Mersin, the infection rate was 6.67% in nectarine samples and 37.5% in peach samples. Overall, the infection rate of PLMVd in the collected samples was calculated to be 12.11%. In some selected infected samples, the distribution of PLMVd in different plant tissues (root, leaf, shoot, flower, fruit) was investigated, and it was found to be more concentrated in shoot and leaf tissues. Additionally, in order to examine the distribution of PLMVd in trees, positive results were obtained from leaf samples collected from four different directions (north, south, east, west) of selected infected peach (Ufo-flattened peach) and nectarine (Patagonia) trees, which were subjected to RT-PCR. According to Real-Time PCR results, the PLMVd concentration varied between the samples. Phylogenetic analyses revealed that the full genome PLMVd isolates sequenced from Adana and Mersin provinces showed 88%-91% genetic similarity with other PLMVd isolates worldwide selected from the GenBank. Secondary structure analyses conducted with selected PLMVd isolates showed that the RNA structure had a hammerhead-like (hammerhead) and highly branched structure, and these structures were similar to international references. In each of these structures, one hammerhead structure and a total of 11 loops and 11 pseudoknots were found. Additionally, conserved 4-bp nucleotide sequences were observed in the hammerhead structure, and it was observed that an HHH (kissing hairpin) type 8th pseudoknot could be formed. In biological diagnosis studies, symptoms such as mosaic, albinism, chlorosis, deformation, wrinkling, curling, and narrowing of leaves were observed on the leaves of the test plants (Prunus persica GF-677 and Prunus persica Garnem), and the presence of the detected PLMVd agent was also confirmed biologically.
Benzer Tezler
- Doğu Akdeniz bölgesi şeftali ve nektarinlerde zararlı türler ile parazitoit ve predatörlerin saptanması, önemli zararlıların popülasyon gelişmesi ve mücadelede kullanılan bazı pestisitlerin Chilocorus bipustulatus L. (Coleoptera : Coccinellidae)'a etkisi
Studies on determination of pests, predators and parasitoits, population dynamics of major pests, and the effects of various pesticides on Chilocorus bipustulatus L. (Coleoptera: Coccinellidae) in peach and nectarine orchards in the East Mediterranean region
ADALET HAZIR
- Bazı meyve ağaçlarında kök boğazı çürüklük etmeni phytophthora türlerinin izolasyonu, tanısı ve moleküler karakterizasyonu
Identification, isolation and molecular characterization of phytophthora species from crown roted roots of some fruit trees
ALİ ENDES
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUKADDES KAYIM
- Yeşil hastane uygulamalarının hizmet alan perspektifinden değerlendirilmesi; Adana - Mersin örneği
Evaluation of green hospital practices from the service user perspective; Adana - Mersin case
BURHANETTİN ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Sağlık YönetimiTarsus ÜniversitesiSanat Yönetimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞÜKRÜ ANIL TOYGAR
- Sağlık sektöründe kriz yönetimi kapsamında erken uyarı sistemi: Adana-Mersin illerinde bir uygulama
In the context of crisis management the early warning system in health industry: A research in Aadana - Mersin provinces
BENGİ ECE TOĞRUL
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Sağlık Kurumları YönetimiÇağ Üniversitesiİşletme Yönetimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALUK KORKMAZYÜREK
- Örgütsel adaletin iş tatminine etkisi üzerine bir araştırma: Adana-Mersin örneği
A research on the effect of organizational justice to job satisfaction: Adana-Mersin example
EMRAH ÜNAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
TurizmMersin ÜniversitesiTurizm İşletmeciliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHAR TANER