Geri Dön

Isolation of monobromoacetate and dichlaroacetate degrading bacteria from polluten seawater and analysis of haloacid de halogenaze geofypes by using polymerase choun reaction (PCR)

Monobromoasetat ve dikloroasetat parçalayan bakterilerin kirlenmiş deniz suyundan izolasyonu ve haloasit dehalogenaz genotiplerinin polimeraz zincir reaksiyonu ile analizi

  1. Tez No: 93297
  2. Yazar: BANU FIRAT
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), haloasit dehalogenaz, halojeni i bileşikler, monobromoasetat, dikloroasetat, biyolojik yıkım. * ı, £ ırteroĞırriM ismim P3K(MANTASY0N MEMESİ, Polymerase chain reaction (PCR), haloacid dehalogenase, halogenated compounds, monobromoacetate, dichloroacetate, biodegradation. IV
  7. Yıl: 2000
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 113

Özet

öz MONOBROMOASETAT VE DİKLOROASETAT PARÇALAYAN BAKTERİLERİN, KİRLENMİŞ DENİZ SUYUNDAN İZOLASYONU VE HALOASİT DEHALOGENAZ GENOTİPLERİNİN POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PCR) İLE ANALİZİ Banu FIRAT M.S., Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Semra Kocabıyık Nisan 2000, 98 sayfa Bu çalışmada, MBA ve DCA seçici zenginleştirme tekniği ile kirli deniz suyundan 79 bakteri susu izole edilmiştir. İki MBA (5MBA ve 7MBA) ve iki DCA (5DCA ve 7DCA) zenginleştirme grupları, MCA den serbest CI“ iyonlarını uzaklaştırma potensiyelleri dikkate alınarak, 3 grupta sınıflanmalardın zayıf parçalayıcılar (1-15 ppm arası CI”çıkışı); orta dereceli parçalayıcılar (16-20 ppm arası CI“ çıkışı); ve güçlü parçalayıcılar (>21 ppm CI”çıkışı). Bu suşlardan 18' inin dehalogenasyondan sorumlu genotipleri PCR yöntemiyle analiz edilmiştir. PCR deneylerinde 3 farklı primer seti kullanılmıştır; dhlB ve dehH2 gen dizilerinin amplifikasyonu için dejenere olmayan primer setleri ve bir dejenere primer seti (SKF1 Ve SKR1 ). dhlB primeri ile PCR amplifikasyonu“MBA zenginleştirme grubundan”elde edilen DNAlarla, biri dışında başarılı sonuç vermiştir. Şablon DNAların büyük kısmıyla büyüklükleri 940 ile 190 bp arasında değişen birçok amplifikasyon fragment! elde edilmiştir. dhlB primerleri kullanıldığında 4 izolattan beklenen büyüklükte (330 bp) PCR fragment! elde edilmiştir.Bununla birlikte, MBA zenginleştirme grubu suşlarının DNA' sının dehH2 primeri ile analizi genellikle pozitif sonuç vermemiştir. DCA zenginleştirme grubu suşlarının DNA' larının dehH2 primeriyle PCR amplifikasyonu çeşitli büyüklüklerde fragmentler üretmiştir (2,160-260 bp). Tahmin edilen PCR fragmenti (506 bp) 4 susun DNAsından elde edilebilmiştir. Ayrıca, orjinal olarak topraktan MCA zenginleştirmesi ile izole ettiğimiz 15 laboratuvar izolatı DNA'sı kullanılarak da PCR yürütülmüştür. Bu bakterilerin DNAları kullanıldığında dhlB ve dehH2 ya özgü primerlerin her ikisiyle de pozitif sonuçlar elde edilmiştir. Aynı şablon DNA'lar kullanıldığında, dejenere ve dejenere olmayan primer setleri ile elde edilen PCR amplifikasyon profilleri arasında bir korelasyon görülmemiştir. Spesifik dehalogenaz genlerine özgü primer setleri ile elde edilen PCR sonuçları doğal su ve toprak habitatlarından izole edilmiş MBA, DCA ve MCA parçalayıcı suşlar arasında genotipik çeşitliliğin fazla olduğunu göstermiştir.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT ISOLATION OF MONOBROMOACETATE AND DICHLOROACETATE DEGRADING BACTERIA FROM POLLUTED SEAWATER AND ANALYSIS OF HALOACID DEHALOGENASE GENOTYPES BY USING POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Banu FIRAT M.S., Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Semra KOCABIYIK April 2000, 98 pages In this study, we have isolated a total of 79 bacterial strains from polluted seawater through monobromoacetate (MBA) and dichloroacetate (DCA) enrichments. Two MBA (5MBA and 7MBA) and two DCA (5DCA and 7DCA) enrichment groups were pooled into 2 groups and each group of strains were classified according to the amount of free CI' released from monochloroaceate (MCA). The classification was as follows: poor degraders (CI“ release between 1-15 ppm); medium degraders (CI”release between 16- 20 ppm); and high degraders (Cl~ release between >21 ppm). Among these, 18 strains from 5 mM and 7.5 mM enrichment cultures were randomly selected to be analyzed for their dehalogenase genotypes by using PCR. Three different primer sets were used in PCR experiments; two undegenerated primer sets for amplification of dhIB and dehH2 specific gene sequences, and one degenerated primer set (SKFI and SKRI). PCR amplification with oligonucleotide primers dhIB, has been successful with the genomic DNA extracted from the all“MBA enrichment IIIgroup”strains, except one. Multiple amplification fragments, sizes ranging between 940 and 190 bp, were obtained, with the most of the template DNAs at the stringencies usually employed. PCR fragments of the expected size (330 bp) were generated with 4 isolates using the dhIB primers. Analysis of genomic DNA from“ MBA enrichment group”strains using the dehH2 primers, however, generally failed to detect any positives. PCR amplification with dehH2 primers with the DNA extracted from the most of the“ DCA enrichment group”strains produced fragments of various sizes (2,160-260 bp). The predicted PCR fragment (506 bp) was generated with DNAs from four strains. Also, PCR was conducted with the DNAs from 15 laboratory strains originally isolated from soil by MCA enrichment. In general, positive results were obtained both with dhIB and dehH2 specific primers using the DNA extracted from these bacteria. The PCR amplification patterns obtained with the same template DNAs, by using degenerate and undegenerate primers, however, did not correlate with each other. PCR with the specific dehalogenase genes' primer sets revealed an abundance of genotypic diversity among MBA, DCA and MCA degrading strains isolated from natural water and soil habitats.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    80187

    Köpek ve kedi gaitalarından clostridium difficile izolasyonu ve toksin-A saptanması

    Isolation of clostridium difficile from dog and cat faeceses and detection of toxin A

    ALİ ERDEMOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ÖMER AKAY

  2. Tez No

    80233

    Hayvanlardan helicobacter türlerinin izolasyonu

    Isolation of helicobacter species from animals

    MURAT YILDIRIM

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. K. SERDAR DİKER

  3. Tez No

    86803

    Helicobacter Pylori'nin izolasyonu, tanı metodlarının karşılaştırılması ve antibiyotik direnci

    Isolation of helicobacter pylori, comparasion of methods of identification and antibiotic resistance

    FADİLE YILDIZ ZEYREK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    MikrobiyolojiDicle Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KADRİ GÜL

  4. Tez No

    86809

    Elazığ yöresinde boğaz sürüntü örneklerinden branhamella catarrhalis izolasyonu ve beta-laktamaz aktivitesinin araştırılması

    Isolation of branhamella catarrhalis in nasopharyngeal swab specimens and investigation of beta-lactamase activity in Elazığ region

    SÜLEYMAN AKPINAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    MikrobiyolojiFırat Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZÜLAL AŞÇI

  5. Tez No

    88489

    Aydın yöresindeki konjunktivitisli ev köpeklerinden etken izolasyonu ve duyarlı antibiyotiklerin saptanması

    Isolation of effector from pet dogs with conjunctivitis in Aydın and detection of sensetional antibiotics

    BİRGÜL ÜNAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Veteriner HekimliğiAdnan Menderes Üniversitesi

    Veteriner Hekimliği Tarihi ve Deontoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA GÜREL

Geri Dön