S. aureus'ta yara enfeksiyonlarından kaynaklanan 16S rRNA ve mecA genlerinin genetik değişikliklerinin araştırılması ve Ag nanopartiküllerinin mecA gen ifadesi üzerindeki etkisi
Investigation of genetic variations of 16S rRNA and mecA genes in S. aureus found in wound infections and the effect of Ag nanoparticles on mecA gene expression
- Tez No: 933553
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN, PROF. DR. ABBAS DAKHEEL MUTAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 93
Özet
Bu çalışmada, yara enfeksiyonlarından izole edilen Staphylococcus aureus'un 16S rRNA ve mecA genlerindeki genetik farklılıklar araştırılmış ve metisiline dirençli Staphylococcus aureus'ta nanopartiküllerin (özellikle gümüş nanopartiküller) mecA gen ekspresyonu üzerindeki etkisi tespit edilmiştir. Nisan 2022-Mayıs 2023 tarihleri arasında Irak Thi-Qar ilinde bulunan AL-Hussein Eğitim Hastanesine başvuran kişilerden 175 Yara örneği toplanmıştır. Alınan örneklerde kültürel ve biyokimyasal testlere dayanarak 175 örneğin 60'ında Staphylococcus aureus tespit edilmiştir. Sefoksitin disk difüzyon testi ile 40 izolatta metisiline dirençli Staphylococcus aureus belirlenmiştir. Daha sonra tüm metisiline dirençli Staphylococcus aureus izolatları, 16S rRNA ve mecA genleri kullanılarak PCR tekniği ile moleküler olarak tanımlanmış ve tüm izolatlar pozitif sonuç göstermiştir. Ayrıca amplifiye edilmiş genetik lokusta tespit edilen PCR amplikonları ile ilgili olarak doğrudan bir dizileme yaklaşımı kullanılmıştır. Ardından, tespit edilen varyantlar kullanılarak, diğer ilgili bakteriyel genomlara ek olarak spesifik filogenetik mesafeleri değerlendirmek için bir filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Elde edilen sonuçlar, S. aureus ve incelenen örneklerde 16S rRNA ve mecA genleri arasında sırasıyla yaklaşık %97 ve %99 homoloji olduğunu göstermiştir. Bu araştırmada kullanılan S. aureus izolatları mecA geninin bir genetik varyasyonunu ve 16S rRNA geninin on sekiz genetik varyasyonunu içermektedir. Ag NP'ler S. aureus izolatlarına karşı 3.75 mg/mL minimum inhibitör konsantrasyona (MIC) sahip olmuştur. Metisiline dirençli izolatların on tanesi oksasilin, gümüş nanopartiküller ve her ikisinin kombinasyonunun etkisi altında büyütülmüştür. MecA geninin gen ekspresyon seviyeleri daha sonra kantitatif RT-qPCR ile belirlenmiştir. Sonuçlar, kontrol grubunun aksine, tek başına oksasilin veya tek başına gümüş nanopartiküllerin etkisi altında yetiştirilen izolatlar için gen ekspresyon seviyelerinde önemli bir fark olmadığını göstermiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, genetic differences in 16S rRNA and mecA genes of Staphylococcus aureus isolated from wound infections were investigated and the effect of nanoparticles (especially silver nanoparticles) on mecA gene expression in methicillin-resistant Staphylococcus aureus was determined. Between April 2022 and May 2023, 175 wound samples were collected from patients admitted to AL-Hussein Teaching Hospital in ThiQar province, Iraq. Based on cultural and biochemical tests, Staphylococcus aureus was detected in 60 of 175 samples. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus was detected in 40 isolates by cefoxitin disc diffusion test. Then, all methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates were molecularly identified by PCR technique using 16S rRNA and mecA genes and all isolates showed positive results. In addition, a direct sequencing approach was used in relation to the PCR amplicons detected at the amplified genetic locus. Subsequently, a phylogenetic tree was constructed using the detected variants to assess specific phylogenetic distances in addition to other related bacterial genomes. The results obtained showed approximately 97% and 99% homology between 16S rRNA and mecA genes in S. aureus and the samples analysed, respectively. The S. aureus isolates used in this study contained one genetic variation of the mecA gene and eighteen genetic variations of the 16S rRNA gene. Ag NPs had a minimum inhibitory concentration (MIC) of 3.75 mg/mL against S. aureus isolates. Ten methicillin-resistant isolates were grown under the influence of oxacillin, silver nanoparticles or a combination of both. The gene expression levels of the MecA gene were then determined by quantitative RT-qPCR. The results showed that, in contrast to the control group, there was no significant difference in gene expression levels for isolates grown under the influence of oxacillin alone or silver nanoparticles alone.
Benzer Tezler
- Staphylococcus aureus teichoic asit antikorlarının çeşitli serolojik yöntemlerle araştırılması
Başlık çevirisi yok
MELİKE ATASEVER
- Bağdat'ta klinik izolatlardan metisiline dirençli Staphylococcus aureus'un virülans faktör profili ve bakteriyofaj tespiti üzerine araştırma
Investigation on virulence factor profile and bacteriophage detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus from clinical isolates in Baghdad
RUSUL ATIYAH HASAN AL-ITHAWI
Doktora
Türkçe
2025
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELDA DÖLARSLAN
- Investigation of efflux pump and aminoglycoside resistance genes in Staphylococcus aureus strains isolated from clinical specimens in Iraq
Irak'ta klinik numunelerden izole edilen Staphylococcus aureus suşlarında atım pompası ve aminoglikosit direnç genlerinin incelenmesi
AHMED AWAD FATTOOH MUSLMAWI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAŞAR KEMAL YAZGAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ HİBA JASİM HAMZA
- Antibakteriyel özelliklere sahip ve kendi kendini iyileştirebilen yara örtüsü olarak kullanılabilecek polivilin alkol esaslı hidrojellerin geliştirilmesi
Development of polyvinyl alcohol based hydrogels with antibacterial properties and can be self-heali̇ng used as wound dressings
NİMET RUMEYSA KARAKUŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikSakarya ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHMUT ÖZACAR
- Çeşitli klinik örneklerden izole edilen stafilokokların biyokimyasal özelliklerine göre tiplendirilmesi
Identification staphylococci isolated from various clinical specimens based on biochemical characteristics
GÜLNUR KAYMAKÇI