Bağdat'ta klinik izolatlardan metisiline dirençli Staphylococcus aureus'un virülans faktör profili ve bakteriyofaj tespiti üzerine araştırma
Investigation on virulence factor profile and bacteriophage detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus from clinical isolates in Baghdad
- Tez No: 921420
- Danışmanlar: PROF. DR. MELDA DÖLARSLAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 136
Özet
Deri, yumuşak dokular, akciğerler, idrar yolları ve kemikler dahil olmak üzere vücudun herhangi bir bölgesi Staphylococcus aureus ile enfekte olabilir. Bir stafilokok enfeksiyonu fırsatçı enfeksiyonlara, sepsise ve septik şoka neden olabilir. Metisilin direncine sahip S. aureus, insan vakalarıyla ilişkili önemli bir patojendir. Metisiline dirençli S. aureus'un (MRSA) insanların burunlarında, derilerinde ve gastrointestinal sistemlerinde yaşadığı bilinmektedir. Kolonizasyon, MRSA enfeksiyonlarına yakalanma riskini artırmaktadır. Bu çalışmada, Özel laboratuvar ve Ulusal Eğitim Laboratuvarı Merkezi (NCTL) ile Bağdat Eğitim Hastanesi ve Gazzi Al-Harrii Hastanesi'ne başvuran hastalardan farklı kilinik örnekler alınmıştır. Her iki cinsiyetten toplam 200 farklı klinik (yara sürüntüleri, idrar, yanık, kulak, balgam) örnek toplanmıştır. Klinik örneklerden S. aureus'un tanımlanması kültür ve biyokimyasal testler ile belirlenmiş, ardından VITEK 2 kompakt sistemi ile doğrulanmıştır. Sonuçlar, S. auerus'un sırasıyla 96/200 (%48,0) ve 32/200 (%16,0) ile en çok yara ve idrar örneklerinden elde edildiğini göstermiştir. S. auerus'un 50/200'ünün (%25) MRSA olduğu, izolatların disk difüzyon yöntemi kullanılarak CLSI tarafından önerilen oksasilin (1 µg) ve sefoksitin (30 µg) diskine karşı test edilmesiyle doğrulanmıştır. Bu 50 MRSA izolatı Gentamisin (%88) ve Rifampin'e (%72,5) karşı yüksek duyarlılık, Penisilin (%100), Azitromisin (%80,4) ve Eritromisin'e (%80,4) karşı direnç göstermiştir. Makrolid antibiyotik gruplarına karşı fenotiplendirme direncine bakıldığında, sadece 10/50 (%20) izolat S-fenotipi, 13/50 (%26) izolat R fenotipi ve 27/50 (%54) izolat D-fenotipi belirlenmiştir. MRSA'nın biyofilm tespiti Kongo kırmızısı agar (CRA), tüp yöntemi ve mikrotitre plak kullanılarak gerçekleştirilmiştir. CRA yönteminin sonuçları, 35/50 (%70) MRSA'nın tüp yöntemi kullanılarak 18/50 (%36) biyofilm üreticisi olduğunu göstermiştir. Mikrotitre plak yöntemi kullanıldığında ise sadece 8/50 (%18) izolat güçlü biyofilm üreticisi, 14/50 (%28) izolat orta derecede biyofilm üreticisi, 12/50 (%24) izolat zayıf biyofilm üreticisi ve 16/50 (%32) izolat ise biyofilm üretmeyen izolat olarak sınıflandırılmıştır. Bu çalışmanın sonuçları ayrıca, MRSA izolatlarına (N=50) karşı Pencillin ve Cephalosporins antibiyotiklerinin antibiyotik duyarlılık durumu ile biyofilm oluşumu skoru arasında anlamlı olmayan bir fark olduğunu bildirmiştir. Cyprus rotundus, Oreganum vulgare ve i Syzygium aromaticum yağının antimikrobiyal etkisi, (N=21) MRSA izolatları için disk difüzyon yöntemi ve mikrotitre plak yöntemi kullanılarak değerlendirilmiştir. Disk difüzyon yöntemlerinde %100, %50 ve %25 olmak üzere 3 konsantrasyonda, sonuçlar, cyperus ve clove yağının artan dilüsyonu ile zon inhibisyon çaplarında (ZID'ler) bir artış olduğunu ve üç konsantrasyon arasında oldukça anlamlı farklılıklar olduğunu göstermiştir (P-değeri≤0,0001). Microtiter plaka yöntemlerinde ise %50-%0,3 konsantrasyonları arasındaki sonuçlar tüm konsantrasyonlarda oldukça anlamlı (p değeri≤0,0001) bulunmuştur. Bitki ekstraktı ve güçlü biyofilm üreticisi MRSA izolatları (n=8) üzerindeki etkisi ile ilgili olarak, disk difüzyon ve mikrotiter plaka yöntemleri ile sonuç disk difüzyon yönteminde %100 ve %50 konsantrasyonda yüksek derecede anlamlı (p-değeri≤0,0001), mikrotiter plaka yöntemlerinde ise tüm konsantrasyonlarda (%50 %0,3) yüksek derecede anlamlı (p-değeri≤0,0001) çıkmıştır. Tüm MRSA izolatları mecA, blaDHA-1 genlerini barındırma açısından taranmıştır. Sonuçlar tüm MRSA izolatlarının 50/50'sinin (%100) mecA geni taşıdığını, sadece 17/50 izolatın blaDHA-1 geni taşıdığını göstermiştir. Makrolid antibiyotik gruplarına karşı fenotipleme direnci göz önüne alındığında, MRSA izolatları sırasıyla 10/50 (%20), 13/50 (%26), 27/50 (%54) S, R, D fenotiplemesi göstermiştir. Genotipleme tespiti için her gruptan (S, R, D) sadece 6 izolat için fenotipleme yapılmıştır. ermA, B, C genleri üç MRSA izolat grubunda yüksek prevalans göstermiştir. Biyofilm oluşumuyla ilgili olarak, 50 MRSA izolatından yalnızca 8'i güçlü biyofilm üreticisi olarak değerlendirilmiş, beş gen (fnbA, fnbB) ve icaA, C ve D barındırmıştır. Tüm MRSA izolatları (N=50) plak testi yöntemi kullanılarak faj varlığına tabi tutulmuştur. Sonuçlar hiçbir MRSA izolatının faj taşıyamadığını göstermiştir
Özet (Çeviri)
Any part of the body can be infected with Staphylococcus aureus, including the skin, soft tissues, lungs, urinary tract and bones. A staph infection can cause opportunistic infections, sepsis and septic shock. Methicillin-resistant S. aureus is an important pathogen associated with human cases. Methicillin-resistant S. aureus (MRSA) is known to live in the noses, skin and gastrointestinal tract of humans. Colonization increases the risk of MRSA infections. In this study. Different clinical samples were collected from patients attending private laboratories and the National Center for Teaching Laboratory (NCTL), Baghdad Teaching Hospital and Gazzi Al-Harrii Hospital. A total of 200 different clinical samples (wound swabs, urine, burn, ear, sputum) were collected from both sexes. Identification of S. aureus from clinical samples was determined by culture and biochemical tests, followed by confirmation with the VITEK-2 compact system. The results showed that S. auerus was most recovered from wound and urine samples, 96/200 (48.0%) and 32/200 (16.0%), respectively. 50/200 (25%) of S. auerus were confirmed to be MRSA by testing the isolates against CLSI recommended oxacillin (1µg) and cefoxitin (30µg) using the disk diffusion method. These 50 MRSA isolates showed high susceptibility to Gentamicin (88%) and Rifampin (72.5%) and resistance to Penicillin (100%), Azithromycin (80.4%) and Erythromycin (80.4%). Regarding phenotyping resistance to macrolide antibiotic groups, only 10/50 (20%) isolates were S-phenotype, 13/50 (26%) isolates were R-phenotype and 27/50 (54%) isolates were D-phenotype. Biofilm detection of MRSA was performed using Congo red agar (CRA), tube method and microtiter plate. The results of the CRA method showed that 35/50 (70%) MRSA were biofilm producers compared to 18/50 (36%) using the tube method. Using the microtiter plate method, only 8/50 (18%) isolates were classified as strong biofilm producers, 14/50 (28%) as moderate biofilm producers, 12/50 (24%) as weak biofilm producers and 16/50 (32%) as non-biofilm producers. The results of this study also reported a non-significant difference between the antibiotic susceptibility status of Pencillin and Cephalosporins antibiotics against MRSA isolates (N=50) and biofilm formation score. The antimicrobial effect of Cyprus rotundus, Oreganum vulgare and Syzygium aromaticum oil was evaluated using disk diffusion method and microtiter plate iii method for (N=21) MRSA isolates. In the disk diffusion methods at 3 concentrations of 100%, 50% and 25%, the results showed an increase in zone inhibition diameters (ZIDs) with increasing dilution of cyperus and clove oil and highly significant differences between the three concentrations (P-value≤0.0001). In the microtiter plate methods, the results between 50% and 0.3% concentrations were highly significant (p-value≤0.0001) at all concentrations. Regarding the effect of the plant extract on MRSA isolates (n=8), the results of the disk diffusion and microtiter plate methods were highly significant (p value≤0.0001) at 100% and 50% concentrations in the disk diffusion method, and highly significant (p-value≤0.0001) at all concentrations (50%-0.3%) in the microtiter plate methods. All MRSA isolates were screened for harboring mecA, blaDHA-1 genes. The results showed that 50/50 (100%) of all MRSA isolates carried the mecA gene, while only 17/50 isolates carried the blaDHA-1 gene. Considering phenotyping resistance to macrolide antibiotic groups, 10/50 (20%), 13/50 (26%), 27/50 (54%) MRSA isolates showed S, R, D phenotyping, respectively. Only 6 isolates from each group (S, R, D) were phenotyped for genotyping detection. ermA, B, C genes showed high prevalence in three MRSA isolate groups. Regarding biofilm formation, only 8 out of 50 MRSA isolates were assessed as strong biofilm producers, harboring five genes (fnbA, fnbB) and icaA, C and D. All MRSA isolates (N=50) were subjected to the presence of phages using the plaque test method. The results showed that none of the MRSA isolates could carry phages.
Benzer Tezler
- Üropatojen escherichia coli'de bazı adezyon ilişkili genlerı̇n ekspresyonunun moleküler olarak tespı̇t ve Bağdat-Irak hastalarından elde edı̇len klinik ı̇zolatlarda antı̇bı̇yotı̇k dı̇rencı̇ ile ilişkisi
Molecular detection of the expression of some adhesion-related genes in uropathogenic escherichia coli and their relationship with antibiotic resistance in clinical isolates from patients from Baghdad and Iraq
ALAA ALI JAWAD MHANNAWEE
Doktora
Türkçe
2025
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERDAL TARHANE
- Hastalardan izole edilen Pseudomonas Aerugınosa'da Mvat, Cupa ve Cupb genleri ile gen ekspresyonu arasındaki ilişki
The relation between mvat, Cupa and Cupb genes with gene expression in Isolated Pseudomonas Aeruginosa from Patients
SURA YAHYA RAHEEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜGE FIRAT
- Finding the concentration of the level of abelin and some biochemical variables in the blood serum of women with breast cancer in Baghdad
Bağdat ili meme kanseri kadınların kan serumunda abelin seviyesi ve bazı biyokimyasal değişkenlerin konsantrasyonunun bulunması
MARWAN AZEEZ HASAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyokimyaÇankırı Karatekin ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. SALİHA ALYAR
PROF. DR. NADİA AHMED SALEH
- Assessment of human kallikrein 2 and 3 glycoproteins in some patients with prostate carcinoma in Baghdad city
Bağdat'ta prostat karsı̇nomlu bazı hastalarda ı̇nsan kallı̇kreı̇n 2 ve 3 glı̇koproteı̇nlerı̇nı̇n araştırılması
ABDULRAHEEM YAHYA MAHDI AL-FADHELI
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyokimyaÇankırı Karatekin ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMED ALTUN
DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMET SAADI
- Evaluation of the vitamin-D3, thyroid stimulation hormone, and some biochemical parameters among women with polycystic ovarian syndrome in Baghdad province
Bağdat ilindeki polikistik over sendromlu kadınlarda D3 vitamini, tiroid simülasyon hormonu ve bazı biyokimyasal parametrelerin değerlendirilmesi
RULA MOHAMMED JASIM AL-DOORI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyokimyaÇankırı Karatekin ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞEVKİ ADEM