Structural and functional studies of trag from the F plasmid and the major pilin from coxiella burnetii
F plazmidinden trag ve coxiella burnetii'den elde edilen ana pilinin yapisal ve fonksiyonel çalişmalari
- Tez No: 937853
- Danışmanlar: DR. GERALD F. AUDETTE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: York University
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
Escherichia coli F-plazmidi, başarılı DNA transferini aracı olan konjugatif mekanizmasının montajı için gerekli tüm genleri barındırır. TraG, konjugatif transferi aracı oldugu bilinen F-plazmidinin transfer (tra) bölgesinde kodlanan en büyük proteinlerden biridir (102 kDa). TraG'nin N-terminal bölgesinin pilus sentezinde ve montajında rol aldığı bilinirken, C-terminal periplazmik alanı plazmid-spesifik giriş dışlama ve çiftleşme çifti stabilizasyonu için gereklidir. TraG'nin işlevine ilişkin yapısal içgörüler sağlamak için, TraG'nin C-terminal bölgesinin (TraG*, 52,7 kDa olarak adlandırılır) saflaştırdık ve kristalizasyon çalışmalarını başlattık ve TraG*'nin ilk kristallerini elde ettik. Sıvı kromatografisi ile birleştirilmiş kütle spektrometrisi (LC-MS), boyut dışlama kromatografisi ile birleştirilmiş çok açılı ışık saçılması (SEC-MALS) ve protein jel elektroforezi kullanılarak TraG*'nin fonksiyonel ve dinamik karakterizasyonu üzerine yaptığımız deneyler, TraG* kristalleşme stratejilerinin yanı sıra konjugasyon sırasında olası TraG etki mekanizması hakkında önemli bilgiler edindik.
Özet (Çeviri)
The Escherichia coli F-plasmid houses all genes necessary for the assembly of its conjugative machinery to facilitate successful DNA transfer. TraG is one of the largest proteins (102 kDa) encoded in the transfer (tra) region of the F-plasmid that is known to facilitate conjugative transfer. The N-terminal region of TraG is known to be involved in pilus synthesis and assembly, while the C-terminal periplasmic domain is required for plasmid-specific entry exclusion and mating pair stabilization. In order to provide structural insights into TraG's function,we have expressed, purified and initiated crystallization studies of the C-terminal region of TraG (designated TraG*, 52.7 kDa) and have obtained initial crystals of TraG*. Our experiments on functional and dynamic characterization of TraG* using liquid chromatography coupled mass spectrometry (LC-MS), size exclusion chromatography coupled multi-angle light scattering (SEC- MALS) and protein gel electrophoresis has given significant insight into TraG* crystallization strategies as well as potential TraG mechanism of action during conjugation.
Benzer Tezler
- Recombinant production and characterization of aquaporin protein isolated from geobacillus thermoleovorans ARTR1 and virgibacillus sp. agtr strains
Vırgıbacıllus sp. agtr, geobacıllus thermoleovorans ARTR1 suşlarından izole edilen akuaporin proteininin rekombinant üretimi ve karakterizasyonu
ŞEVVAL UYSALCAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DR. ÖĞR. ÜYESİ NACİYE ESRA ATEŞ GENCELİ
- Initial characterization of CXXC5 as a putative DNA binding protein
Potensiyel olarak DNA'ya bağlanan CXXC5 proteininin ön karakterizasyonu
PELİN YAŞAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUT MUYAN
- Structural and functional characterization of an intramembrane peptidase and a non-peptidase homolog
Başlık çevirisi yok
SİBEL KALYONCU
- 'Subtractive' hibridizasyon cDNA kütüphanesinden elde edilen kalbe özgü yeni genlerin genomik organizasyonlarının belirlenmesi ve fonksiyonel analizleri
Prediction of genomic organization and functional analysis of the heart specific novel genes isolated from the subtractive hybridization cDNA library
BİLGE ŞADAN ÖZSAİT SELÇUK
- Biophysical and functional characterization of wheat metallothionein at molecular level
Moleküler düzeyde buğday metallothionein'nin biyofiziksel ve fonksiyonel karakterizasyonu
FİLİZ YEŞİLIRMAK
Doktora
İngilizce
2008
BiyofizikSabancı ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HİKMET BUDAK
PROF. DR. ZEHRA SAYERS GÖKHAN
