Computational reengineering of natural proteins for Morita-Baylis-Hillman activity
Doğal proteinlerin Morita-Baylis-Hillman aktivitesi için yeniden yapılandırılması
- Tez No: 937990
- Danışmanlar: PROF. DR. NİHAN ÇELEBİ ÖLÇÜM
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Morita-Baylis-Hillman (MBH) çok adımlı bir reaksiyon olup çeşitli kullanım alanı olan farklı ürünleri ile bilinmektedir. Çok adımlı yapısı ve aktif bölge içerisinde fazla katalitik grup barındırmasından ötürü dizayn konusunda problem yaratmaktadır. Hesapsal enzim tasarımında kullanılan içten dışa metodu tarama algoritmasında tüm katalitik elemanları yerleştirme konusunda yetersiz kalmaktadır. Bu tezde doğal yaklaşımı ile“içten-dışa”metodundan ayrılan yeni bir yöntem sunulmaktadır. Yeni metot, teorik aktif bölgelerin oluşturulması için katalitik elemanların etkisini anlamayı, doğal proteinlerin taranmasını, taranmış proteinlerin yeniden tasarımını, seçilmiş ve yeniden tasarlanmış enzimlerin test edilmesini içermektedir. Bu tezde üç ayrı teorik aktif bölge modeli için beş farklı protein (1NN6, 1YS2, 2HM7, 1CVL, 1YNO) yeniden dizayn edilmiştir. Dizayn evresinde bu beş proteinin mutasyon olan ya da olmayan veya yapısal iyonları eklenmiş ya da eklenmemiş olan beş varyasyonu Rosetta Enerji değerlerine göre test edilmek üzere seçilmiştir (Moleküler Dinamik). Sonuçlar çoğunlukla mutasyonların ve yapısal iyonların katalitik grupların etkileşimini olumlu yönde etkilediğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Morita-Baylis-Hillman (MBH) is a multistep reaction that is known for its diverse products with different application areas. The multistep nature of reaction and many catalytic group requirements present a challenge to design a biocatalyst for the process.“Inside-out”method that is used for computational enzyme design fails in fitting all required catalytic motifs into screening algorithm. In this dissertation, a new method is represented that differs from“inside-out”with its naturalistic approach. The new method requires understanding of the effect of catalytic elements to construct theozymes, screening of natural proteins for selection, redesigning screened and selected natural enzymes for improved activity as well as testing its improvement. In the dissertation, five proteins (1NN6, 1YS2, 2HM7, 1CVL, 1YNO) are redesigned for three different theozymes. Five variants selected from each redesigned protein, with or without mutations and inclusion of structural ions in the design, according their Rosetta Energy Score for testing (Molecular Dynamics). Results show mutations and adding structural ions into design improves the preservation of interactions between catalytic structures.
Benzer Tezler
- New algorithms and techniques for microprocessor-controlled PWM induction drives
Başlık çevirisi yok
OSMAN KÜKRER
Doktora
İngilizce
1987
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. H. BÜLENT ERTAN
- Dört zamanlı türbaşarj direk püskürtmeli bir dizel motorunun bilgisayar ile sümülasyonu
Computer aided simulation of a fourstroke turbocharged direct-anjection diesel engine
MUSTAFA BALCI
- Lityum ve üç elektronlu atom iyonlarının fermi değme terimlerinin hesaplanması
Başlık çevirisi yok
YILMAZ DAĞDEMİR
Doktora
Türkçe
1986
Fizik ve Fizik MühendisliğiGazi ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ATİLLA ÖZMEN
- Finite element analysis of saltwater intrusion in coastal aquifers
Başlık çevirisi yok
SALAH ALİ SADEG
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
Jeoloji MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiYRD. DOÇ. DR. NURKAN KARAHANOĞLU
- Merkezsel ve dışmerkezsel çapraz elemanlı çerçeve yapıların statik ve deprem yüküne göre optimum tasarımı
Optimum desing of concentrically and eccentrically braced frames under static and earthquake loading
F.GÜLTEN GÜLAY
- İç ve dış yöneltme elemanlarının bilinmesi durumunda uzaysal kestirme problemlerinin çözümü ve yersel fotogrametride uygulama olanaklarının araştırılması
The Investigation of the solution of spatial intersection problems and the application possibilities on terrestrial photogrammetry in the case of interior and exterior orientation parameters are known
HÜSEYİN GAZİ BAŞ