Computational reengineering of natural proteins for Morita-Baylis-Hillman activity
Doğal proteinlerin Morita-Baylis-Hillman aktivitesi için yeniden yapılandırılması
- Tez No: 937990
- Danışmanlar: PROF. DR. NİHAN ÇELEBİ ÖLÇÜM
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 231
Özet
Morita-Baylis-Hillman (MBH) çok adımlı bir reaksiyon olup çeşitli kullanım alanı olan farklı ürünleri ile bilinmektedir. Çok adımlı yapısı ve aktif bölge içerisinde fazla katalitik grup barındırmasından ötürü dizayn konusunda problem yaratmaktadır. Hesapsal enzim tasarımında kullanılan içten dışa metodu tarama algoritmasında tüm katalitik elemanları yerleştirme konusunda yetersiz kalmaktadır. Bu tezde doğal yaklaşımı ile“içten-dışa”metodundan ayrılan yeni bir yöntem sunulmaktadır. Yeni metot, teorik aktif bölgelerin oluşturulması için katalitik elemanların etkisini anlamayı, doğal proteinlerin taranmasını, taranmış proteinlerin yeniden tasarımını, seçilmiş ve yeniden tasarlanmış enzimlerin test edilmesini içermektedir. Bu tezde üç ayrı teorik aktif bölge modeli için beş farklı protein (1NN6, 1YS2, 2HM7, 1CVL, 1YNO) yeniden dizayn edilmiştir. Dizayn evresinde bu beş proteinin mutasyon olan ya da olmayan veya yapısal iyonları eklenmiş ya da eklenmemiş olan beş varyasyonu Rosetta Enerji değerlerine göre test edilmek üzere seçilmiştir (Moleküler Dinamik). Sonuçlar çoğunlukla mutasyonların ve yapısal iyonların katalitik grupların etkileşimini olumlu yönde etkilediğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Morita-Baylis-Hillman (MBH) is a multistep reaction that is known for its diverse products with different application areas. The multistep nature of reaction and many catalytic group requirements present a challenge to design a biocatalyst for the process.“Inside-out”method that is used for computational enzyme design fails in fitting all required catalytic motifs into screening algorithm. In this dissertation, a new method is represented that differs from“inside-out”with its naturalistic approach. The new method requires understanding of the effect of catalytic elements to construct theozymes, screening of natural proteins for selection, redesigning screened and selected natural enzymes for improved activity as well as testing its improvement. In the dissertation, five proteins (1NN6, 1YS2, 2HM7, 1CVL, 1YNO) are redesigned for three different theozymes. Five variants selected from each redesigned protein, with or without mutations and inclusion of structural ions in the design, according their Rosetta Energy Score for testing (Molecular Dynamics). Results show mutations and adding structural ions into design improves the preservation of interactions between catalytic structures.
Benzer Tezler
- Manuel şanzıman vites çatalının yapısal analizi ve biyomimetik yaklaşım ile topoloji optimizasyonu
Structural analysis and topology optimization of manual transmission shift fork using a biomimetic approach
BİLAL AKYÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Makine MühendisliğiSakarya ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NESLİHAN ÖZSOY
- Örgütsel değişimin sağlanmasında temel başarı faktörü olarak yeniden yapılanma ve Sertrans International Transport Company Research
Reengineering as the main achievment factor for organizational change and at Sertrans International Transport Company Research
DİLEK SERT YAŞAR
- Yönetim sistem tasarımında yeniden süreçleme ve bir uygulama
Reengineering at management system design and an application
NEVA AKÇA
- İş akış sistemlerinin geliştirilmesi ve fiziksel ortamdaki iş akışlarının elektronik ortama taşınmasına yönelik bir uygulama örneği
Development of workflow systems and a case study on implementation e-workflow for a business process
H. GÖKÇE ÖZŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiYıldız Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUT ÖZGÜRLER
- Üretim planlaması ve kontrol faaliyetlerinin bir yazılım ile desteklenmesi ve malzeme ihtiyaç planlaması
Supporting production planning and control activities by a software and material requirement planning
ELVİN EDİZER