Saç kıran tedavisi için bitki kaynaklı yeni aday etken moleküllerin in-siliko metotlar ile belirlenmesi
The identification of new plant-derived active molecules for the treatment of alopecia areata using in-silico methods
- Tez No: 938456
- Danışmanlar: PROF. DR. MUHSİN KONUK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Alopesi Areata, YKL40, Moleküler Kenetlenme, Alopecia Areata, YKL40, Molecular Docking
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 57
Özet
ÖZET Alopesi Areata, saç foliküllerini etkileyen kronik inflamatuar bir hastalık olup genetik ve çevresel faktörlerin katkısıyla otoimmün bir patoloji olarak tanımlandı. Alopesi Areata, genellikle kafa derisi ve vücut kıllarında ani, iz bırakmayan saç dökülmesi şeklinde ortaya çıkar ve bazı vakalarda Alopesi totalis veya Alopesi üniversalis olarak tanımlandı. Hastalığın kesin nedeni bilinmemekle birlikte, stres, genetik yatkınlık ve otoimmünite gibi faktörlerle ilişkisi araştırılmaktadır. Ayrıca, Alopesi Areata'nın psikolojik bozukluklarla güçlü bir bağlantısı olduğu ve hastaların depresyon, kaygı ve düşük özgüven gibi psiko-sosyal problemler yaşayabildiği belirtildi. Bu tez çalışmasında; bitki moleküllerinin YKL40 proteini ile gerçekleştirdiği kenetlenme sonucunda elde edilen verilerin, referans ilaç olan minoksidil ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada; ardıç katranı, sedir katranı, karanfil ve çam terebentin bitkilerinden elde edilen 870 molekül analiz edilerek, SwissADME programı ile test edilmiş ve sayısı 69'a indirildi. Bu moleküllerin bağlanma afiniteleri ve kimyasal parametreleri hesaplanmış, yapılan regresyon analizi sonucunda 31 molekül seçildi. Seçilen 31 molekülden 17'sinin referans ilaç olan minoksidilden daha yüksek aktiviteye sahip olduğu bulunmuş ve bu sonuç tez hipotezini destekledi. Çalışmanın sonuçları, moleküllerin YKL-40 proteininin aktif bölgesine uygun şekilde bağlandığını ve seçilen alanın doğru tayin edildiğini gösterdi. Aminoasitler ile yapılan etkileşim analizlerinde, Triptofan ve Asparajin gibi aminoasitlerle sıkça bağ kurulduğu, referans ilaç minoksidilin ise Prolin284 ile zayıf bir etkileşimde olduğu ve Aspertik asit ile en iyi etkileşimde olduğu tespit edildi. Çalışılan moleküllerin tamamının lipofilisite değerlerinin pozitif olması, proteinin aktif bölge karakteristiği ile uyumlu olduğunu desteklendi. Bu veriler ışığında, belirli moleküller saç kıran tedavisi için aday olarak değerlendirildi.
Özet (Çeviri)
Abstract Alopecia Areata is a chronic inflammatory disease that affects hair follicles and is classified as an autoimmune pathology, influenced by genetic and environmental factors. It typically manifests as sudden, non-scarring hair loss on the scalp and body, and in some cases, it is identified as Alopecia totalis or Alopecia universalis. Although the exact cause of the disease is unknown, its association with factors such as stress, genetic predisposition, and autoimmunity is under investigation. Additionally, it has been noted that Alopecia Areata is strongly linked to psychological disorders, with patients often experiencing depression, anxiety, and low self-esteem, leading to significant psychosocial challenges. In this thesis, the aim was to compare the docking results of plant-derived molecules with the YKL40 protein to those of the reference drug, minoxidil. A total of 870 molecules obtained from plants such as juniper tar, cedar tar, clove, and pine turpentine were analyzed and screened through the SwissADME program, reducing the number to 69. The binding affinities and chemical parameters of these molecules were calculated, and regression analysis led to the selection of 31 molecules. Of these, 17 were found to have higher activity than the reference drug minoxidil, supporting the thesis hypothesis. The results of the study demonstrated that the molecules effectively bound to the active site of the YKL40 protein, confirming the accuracy of the selected binding site. Interaction analysis revealed frequent binding with amino acids such as tryptophan and asparagine, while the reference drug minoxidil showed only weak interaction with leucine294. The positive lipophilicity values of all the studied molecules further supported their compatibility with the active site characteristics of the protein. Based on these findings, certain molecules have been considered as potential candidates for the treatment of Alopecia areata.
Benzer Tezler
- Mersin'deki eczanelerde ve aktarlarda fitoterepide kullanılan bitkiler
Plants used in phytotherapy in pharmacies and phytotherapy inMersin
FADİME YILDIRIM
- Karadeniz bölgesinde halk arasında geleneksel olarak kullanılan bitkilerin günümüze kadar yayınlanmış literatürden derlenmesi, tasnif edilmesi ve veritabanının oluşturulması
Compiling, classifying and creating a database of plants from the literature published to date which are traditionally used by the people in the black sea region
ÖZGÜL MELEK GENÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BotanikZonguldak Bülent Ecevit ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YASİN HAZER
- Manisa yöresinde demir eksikliği anemi prevalansı ve demir eksikliği anemisinde tarama testi olarak rutin hemogram, RDW ve ferritinin kullanımı
The prevalance of iron deficieny anemia in Manisa and using of hemogram, RDW and ferritin for searcing of iron deficiency anemia
VİLDAN ÜRK TAŞYENEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıCelal Bayar ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ALİ ONAĞ
- Katılım finansında kamusal müdahale yöntemi olarak kamu girişimciliği ve yeni bir model önerisi
Public entrepreneurship as a method of public intervention in participation finance and a new model proposal
YASİN LAÇİNBALA
Doktora
Türkçe
2021
BankacılıkAnkara Hacı Bayram Veli ÜniversitesiMaliye Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİLMİ ÜNSAL
- Molecular characterization of tomato spotted wilt virus (Orthotospovirus tomatomaculae) and development of resistant tomato (Solanum lycopersicum L.) lines using RNAi technology
Domates lekeli solgunluk virüsü (Orthotospovirus tomatomaculae)'nün moleküler karakterizasyonu ve RNAi teknolojisi aracılığıyla dayanıklı domates (Solanum lycopersicum L.) hatlarının geliştirilmesi
QURAT UL AIN SAJID
Doktora
İngilizce
2024
ZiraatNiğde Ömer Halisdemir ÜniversitesiBitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMİNUR ELÇİ