Prostat adenokarsinom ilişkili küçük nükleolar RNA'ların prognostik değerinin RNA dizileme tabanlı analizi
RNA sequencing-based analysis of prognostic value of prostate adenocarcinoma associated small nucleolar RNAs
- Tez No: 945140
- Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA DEMOKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Onkoloji, Genetik, Oncology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: snoRNA, prostat kanseri, TCGA-data, in silico metod, sağkalım analizi, Kodlamayan RNA, Moleküler genetik, snoRNA, prostate cancer, TCGA-data, in silico metod, survey analyses, Non-coding RNA, Molecular genetic
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Deneysel ve Moleküler Onkoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Küçük nükleolar RNA'lar (snoRNA'lar), ribozomal RNA modifikasyonu ve gen ekspresyon regülasyonu gibi temel hücresel işlevlerde rol oynayan küçük nükleolus lokalizasyonlu RNA molekülleridir. Prostat adenokarsinomunda snoRNA'ların prognostik rolleri henüz tam olarak aydınlatılamamıştır. Bu çalışmada, 403 prostat kanseri hastanın snoRNA ekspresyonunun prognostik değerini araştırmak amacıyla TCGA-PRAD kohortuna ait veriler ve SNORic veri portalı kullanılmıştır. Toplam 920 snoRNA'nın ekspresyon verileri analiz edilmiş, eşlenmiş tümör ve normal örnekler arasında diferansiyel ekspresyon analizi gerçekleştirilmiş ve 177 snoRNA anlamlı bulunmuştur (FDR < 0,05, |log2FC| > 1,5). Sağkalımla ilişkili snoRNA'ları belirlemek için tek değişenli Cox analizi yapılmış, otuz snoRNA anlamlı bulunmuştur. Klinik değişkenlerin dahil edildiği çok değişkenli Cox analizinde altı snoRNA bağımsız prognostik faktör olarak saptanmıştır. Bu altı snoRNA üzerinden hesaplanan risk skoru ile hastalar düşük ve yüksek risk gruplarına ayrılmış, risk skoruna dayalı prognostik sınıflamanın sağkalım üzerindeki etkisini ise Kaplan–Meier analizi ile anlamlı sağkalım farkı gösterilmiştir. Prognostik modelin sağkalım üzerindeki öngörü gücünü gösteren ROC analizinde 3 ve 5 yıllık AUC değerleri bulunarak modelin prognostik gücü doğrulanmıştır. Sonuçlar, snoRNA'ların prostat kanserinde potansiyel prognostik biyobelirteçler olabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Small nucleolar RNAs (snoRNAs) are small RNA molecules localized in the nucleolus that play essential roles in ribosomal RNA modification and gene expression regulation. The prognostic roles of snoRNAs in prostate adenocarcinoma have not yet been fully elucidated. In this study, we aimed to investigate the prognostic potential of snoRNAs in prostate cancer using data from the TCGA-PRAD cohort and the SNORic database. A total of 920 snoRNAs were analyzed, and differential expression analysis between paired tumor and normal samples identified 177 significantly deregulated snoRNAs (FDR < 0.05, |log2FC| > 1.5). To determine the prognostic relevance, univariate Cox regression analysis was performed, revealing 30 thirty snoRNAs significantly associated with overall survival. Multivariate Cox analysis including clinical variables identified six snoRNAs as independent prognostic factors. Based on these six snoRNAs, a risk score was calculated, and patients were stratified into low- and high-risk groups. The impact of this risk-based stratification on survival was evaluated using Kaplan–Meier analysis, which revealed a significant difference in overall survival between the groups. The predictive performance of the prognostic model was validated through ROC analysis, where the 3- and 5-year AUC values confirmed the model's prognostic accuracy. These results suggest that snoRNAs may serve as potential prognostic biomarkers in prostate cancer.
Benzer Tezler
- Testosteron dihidrotestosteron ve östrojenin benign prostat hiperplazisindeki etyolojik rolleri
The roles of testosterone, dihydrotestosterone and estradiole on the etiology of benign prostatic hyperplasia
HALUK TOKUÇOĞLU
- Subrapubik transvezikal prostatektomi ile transüretral prostat rezeksiyonunun karşılaştırmalı değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
ORHAN YALÇIN
- Zonguldak taşkömür havzasındaki ani gaz ve kömür püskürmesi olaylarının incelenmesi ve olaya eğilimli zonların belirlenebilirliğinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
GÜNDÜZ ÖKTEN
Doktora
Türkçe
1983
Maden Mühendisliği ve Madencilikİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF. DR. SENAİ SALTOĞLU
- Prostat hastalıklarında transabdominal ve transrektal yöntemlerle yapılan ultrasonografik tanı değeri
Başlık çevirisi yok
METİN YILDIZAY